تحويل CZI

تحويل CZI إلى TIFF أو OME-TIFF على Windows وMac

حوّل ملفات CZI إلى OME-TIFF، وهي صيغة TIFF المفتوحة التي تحتفظ بأسماء القنوات وحجم البكسل، باستخدام برنامج الشركة المصنّعة، أو Fiji المجاني أو bfconvert، أو بضعة أسطر من Python، أو في SlideScope دون شيفرة. فضّل OME-TIFF على TIFF العادي: فملف TIFF العادي يفقد عادةً بيانات المعايرة والقنوات الوصفية. وأبعِد البيانات غير المنشورة عن المحوّلات عبر الإنترنت، فهي ترفع ملفك.

نزّل SlideScopeكل خيارات التحويل
OME-TIFF دون فقدانالاحتفاظ بالقنوات والمعايرةدون رفع

طرق تحويل CZI إلى TIFF

الأداةالتكلفةالأنظمةملاحظات
ZEISS ZENمدفوع؛ ZEN lite مجانيWindows فقطImage Export (TIFF) وOME TIFF Export؛ البلاطات غير متاحة في OME TIFF Export
Fiji / ImageJ مع Bio-Formatsمجاني ومفتوح المصدرWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter إلى OME-TIFF؛ لا يستطيع قراءة ملفات CZI بضغط JPEG-XR على معالجات Apple silicon
bfconvert (أدوات Bio-Formats)مجاني ومفتوح المصدرWindows, macOS, Linuxسطر الأوامر؛ معالجة دفعية، وBigTIFF، وأهرامات، وضغط
Python (bioio، pylibCZIrw)مجاني ومفتوح المصدرWindows, macOS, Linuxتحويل بالبرمجة النصية؛ يتطلب Python
SlideScopeمدفوع؛ يتطلب تصدير ملفاتك الخاصة اشتراكًاWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF دون فقدان مع القنوات والمعايرة، وكل مشهد من ملف CZI متعدد المشاهد، دون شيفرة ودون رفع

المحوّلات عبر الإنترنت هي الخيار الوحيد الذي ينبغي تجنّبه لبيانات البحث: فهي ترفع الملف إلى خادم جهة أخرى، وكثير منها لا يستطيع قراءة CZI أصلًا (convert.guru مثلًا يذكر أنك تحتاج إلى ZEN).

تحويل CZI إلى TIFF في ZEISS ZEN (Windows)

  1. افتح ملف CZI في ZEN وانتقل إلى علامة التبويب Processing.
  2. تحت Method، اختر Export/Import › OME TIFF Export (أو Image Export للحصول على TIFF عادي أو BMP أو JPEG).
  3. حدّد مجلد الإخراج والخيارات وانقر Apply. ولعدد كبير من الملفات، استخدم Processing › Batch مع الطريقة Image Export.

تشير ZEISS إلى أن البلاطات غير متاحة في OME TIFF Export. وZEN lite هو الإصدار المجاني من ZEISS؛ ولا تُدرج ZEISS وظائف التصدير فيه، وإن كان دليل تثبيت من جامعة أريزونا يصف استخدامه للتصدير. يعمل ZEN على Windows فقط.

تحويل CZI إلى OME-TIFF في Fiji أو باستخدام bfconvert (مجاني)

  1. في Fiji، افتح ملف CZI (يمر عبر مستورد Bio-Formats).
  2. اختر Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter واحفظ بصيغة .ome.tif. للملفات التي تتجاوز 4 GB استخدم امتداد BigTIFF مثل .ome.btf؛ فملف .tif العادي محدود بـ 4 GB.

دون فتح Fiji، تحوّل أدوات سطر الأوامر الخاصة بـ Bio-Formats الملفات من الطرفية (نزّل bftools.zip من موقع Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

تتبع صيغة الإخراج الامتداد؛ ويكون الإخراج غير مضغوط ما لم تمرّر -compression؛ و-series 0 يحوّل سلسلة واحدة فقط. أما الشكل الهرمي فيحتاج إلى -noflat، ولا يدعمه إلا OME-TIFF.

تحويل CZI في Python

تقرأ bioio ملفات CZI (مع الإضافة bioio-czi) وتكتب OME-TIFF (مع bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

تقرأ مكتبة pylibCZIrw الخاصة بـ ZEISS مستويات CZI ومناطقها (pyczi.open_czi(path)، ثم read(plane=...)) لكنها لا تكتب TIFF: استخدمها مع tifffile إذا احتجت إلى تحكم كامل فيما يُكتب.

تحويل CZI إلى OME-TIFF في SlideScope (دون شيفرة)

  1. افتح ملف CZI في SlideScope على Windows أو Mac.
  2. اختر File › Export Current Image as TIFF… وحدّد وجهة الحفظ. يكتب SlideScope ملف OME-TIFF دون فقدان (.ome.tif) مع أسماء القنوات وألوانها وحجم البكسل، ولا يغيّر الملف الأصلي أبدًا. وملف CZI متعدد المشاهد الذي يُعرض مشهدًا تلو الآخر يُصدَّر منه المشهد الظاهر على الشاشة، بالدقة الخاصة بذلك المشهد.
  3. لعدد كبير من الملفات، اختر File › Open Folder، وحدّد الملفات، وشغّل “Export the selected files…” للحصول على ملف OME-TIFF واحد لكل ملف، مع الاحتفاظ بكل مشهد أو موضع كصورة مستقلة داخله؛ أما “Extract scenes from the selected files…” فيكتب كل مشهد أو موضع في ملف منفصل بدلًا من ذلك. ولمسوحات الشرائح الكبيرة اختر “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. افتح الناتج في Fiji أو QuPath أو أي قارئ OME-TIFF: يمرّر Fiji ملفات .ome.tif إلى Bio-Formats، الذي يقرأ المعايرة والقنوات.

يتطلب تصدير ملفاتك الخاصة اشتراكًا؛ أما العينات المدمجة فتُصدَّر مجانًا. يجري التحويل على حاسوبك؛ ولا يُرفع أي شيء.

أسئلة حول تحويل CZI

هل يمكنني تحويل CZI إلى TIFF مجانًا؟

نعم. يفتح Fiji (المجاني) ملفات CZI عبر Bio-Formats ويحفظها بصيغة OME-TIFF عبر Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter، ويؤدي الأمر المجاني bfconvert المهمة نفسها من الطرفية. وعلى حاسوب Windows، يصدّر ZEISS ZEN أيضًا ملفات CZI إلى TIFF وOME-TIFF.

هل أصدّر بصيغة TIFF أم OME-TIFF؟

OME-TIFF. فهو يبقى ملف TIFF تفتحه معظم البرامج، لكنه يحتفظ في بياناته الوصفية بأسماء القنوات وحجم البكسل وبنية Z والزمن. أما TIFF العادي فلا يحتفظ عادةً إلا بالبكسلات، فتظهر القياسات في البرامج الأخرى بالبكسل بدلًا من µm.

لماذا يبدو ملف TIFF المُصدَّر أسود أو داكنًا جدًا؟

معظم صور المجهر بعمق 12 أو 16 بت، والعارض الذي يعرض النطاق الكامل 0-65,535 يجعلها تبدو داكنة. البيانات سليمة: اضبط السطوع والتباين (Image › Adjust › Brightness/Contrast في Fiji) بدلًا من التحويل إلى 8 بت، الذي يُهدر المعلومات.

لماذا لا يُفتح ملف CZI في Fiji على Mac؟

كثير من ملفات CZI مضغوطة بـ JPEG-XR، ولا يستطيع Bio-Formats فك ترميز JPEG-XR على أجهزة Mac بمعالجات Apple silicon، وفقًا لتوثيق QuPath. حوّل الملف على حاسوب Windows أو حاسوب بمعالج Intel، أو استخدم SlideScope، الذي يقرأ CZI بمفكّك JPEG XR المضمَّن فيه على Windows وMac كليهما.

كيف أحوّل مجلدًا كاملًا من ملفات CZI؟

في ZEN، استخدم Processing › Batch مع الطريقة Image Export. ومع bfconvert، كرّر الأمر على الملفات في نص برمجي للطرفية. وفي SlideScope، افتح المجلد، وحدّد الملفات، وشغّل “Export the selected files…” للحصول على ملف OME-TIFF واحد لكل ملف، أو “Extract scenes from the selected files…” للحصول على ملف واحد لكل مشهد.

هل SlideScope مجاني؟

SlideScope تطبيق مدفوع مع مكتبة عينات مجانية (بكل الأدوات)؛ أما صورك الخاصة فتحتاج إلى اشتراك يبدأ من $35 شهريًا.

استكشف مكتبة العينات المدمجة مجانًا، مع جميع الأدوات. يتطلب فتح صورك الخاصة اشتراكًا: $35 شهريًا، يُدفع عند الاشتراك (PayPal أو بطاقة)، ويمكنك الإلغاء في أي وقت من حسابك. تتوفر الفوترة السنوية بسعر $349.99 سنويًا، أي ما يعادل شهرين مجانيين تقريبًا.

حوّل دون رفع

جرّبه مجانًا على العينات المدمجة، ثم افتح ملفات CZI الخاصة بك وصدّرها بصيغة OME-TIFF دون فقدان مع اشتراك. هل حسمت قرارك؟ اشترك الآن.

نزّل SlideScope