ND2 dönüştürme

Windows ve Mac’te ND2’yi TIFF veya OME-TIFF’e dönüştürme

ND2 dosyalarını, kanal adlarını ve piksel boyutunu koruyan açık TIFF biçimi OME-TIFF’e üreticinin yazılımıyla, ücretsiz Fiji veya bfconvert ile, birkaç satır Python ile ya da kod yazmadan SlideScope ile dönüştürün. Düz TIFF yerine OME-TIFF’i tercih edin: düz bir TIFF genellikle kalibrasyonu ve kanal meta verilerini kaybeder. Yayımlanmamış verileri de dosyanızı yükleyen çevrim içi dönüştürücülerden uzak tutun.

SlideScope’u indirinTüm dönüştürme seçenekleri
Kayıpsız OME-TIFFKanallar ve kalibrasyon korunurYükleme yok

ND2’yi TIFF’e dönüştürmenin yolları

AraçÜcretPlatformlarNotlar
Nikon NIS-Elements ViewerÜcretsizWindows (5.22); macOS 1.10, dışa aktarma belgelenmemişFile › Export ND Document (TIF, çok sayfalı TIFF, ND2, JPEG2000); OME-TIFF seçeneğiyle Save/Export to TIFF Files
Bio-Formats ile Fiji / ImageJÜcretsiz, açık kaynakWindows, macOS, LinuxOME-TIFF’e Bio-Formats Exporter
bfconvert (Bio-Formats araçları)Ücretsiz, açık kaynakWindows, macOS, LinuxKomut satırı; toplu işlem, BigTIFF, sıkıştırma
Python (nd2, bioio)Ücretsiz, açık kaynakWindows, macOS, Linuxnd2 tek bir çağrıyla OME-TIFF yazar
SlideScopeÜcretli; kendi dosyalarınızı dışa aktarmak için abonelik gerekirWindows 10/11, macOS 14+Kanallar, kalibrasyon ve tabla konumlarıyla kayıpsız OME-TIFF; kod yok, yükleme yok

Araştırma verileri için çevrim içi dönüştürücülerden kaçının: dosyayı başkasının sunucusuna yüklerler ve ND2 için önerebileceğimiz hiçbirini bulamadık.

NIS-Elements Viewer’da ND2’yi TIFF’e dönüştürme (ücretsiz)

  1. ND2’yi NIS-Elements Viewer’da (Nikon’dan ücretsiz) açın.
  2. File › Save/Export to TIFF Files’ı seçin ve Standard TIFF veya OME-TIFF’i belirleyin; kalibrasyonu korumak için “Include OME Metadata” seçeneğini, seri başına tek dosya için “Store into Multipage TIFF” seçeneğini işaretleyin.
  3. Ya da TIF, çok sayfalı TIFF, ND2 veya JPEG2000 olarak kaydetmek için File › Export ND Document… seçeneğini kullanın.

Bu adımlar Nikon’un Windows kullanım kılavuzundan (5.21) alınmıştır. Mac görüntüleyicisi (1.10) temel özelliklere sahip ilk sürümdür ve Nikon dışa aktarma seçeneklerini belgelememiştir.

Fiji’de veya bfconvert ile ND2’yi OME-TIFF’e dönüştürme (ücretsiz)

  1. Fiji’de ND2 dosyasını açın (Bio-Formats içe aktarıcısından geçer).
  2. Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter’ı seçin ve .ome.tif olarak kaydedin. 4 GB’tan büyük dosyalar için .ome.btf gibi bir BigTIFF uzantısı kullanın; düz bir .tif 4 GB ile sınırlıdır.

Fiji’yi açmadan, Bio-Formats komut satırı araçları bir terminalden dönüştürme yapar (bftools.zip dosyasını Bio-Formats sitesinden indirin):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

Çıktı biçimi uzantıya göre belirlenir; -compression vermediğiniz sürece çıktı sıkıştırılmamıştır; -series 0 yalnızca bir seriyi dönüştürür. Piramit biçimi -noflat gerektirir ve bunu yalnızca OME-TIFF destekler.

Python’da ND2 dönüştürme

nd2 paketi ND2 okur ve 0.10.0 sürümünden bu yana doğrudan OME-TIFF yazar:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Bunun yerine bir NumPy dizisi için nd2.imread("input.nd2") veya f.asarray() kullanın; bioio-nd2 eklentisiyle bioio da ND2 okur.

SlideScope’ta ND2’yi OME-TIFF’e dönüştürme (kod yok)

  1. ND2 dosyasını Windows veya Mac’te SlideScope ile açın.
  2. File › Export Current Image as TIFF… seçeneğini seçin ve bir hedef belirleyin. SlideScope; kanal adları, renkleri ve piksel boyutuyla kayıpsız bir OME-TIFF (.ome.tif) yazar ve orijinal dosyayı asla değiştirmez.
  3. Çok sayıda dosya için File › Open Folder’ı seçin, dosyaları işaretleyin ve dosya başına bir OME-TIFF için “Export the selected files…” komutunu çalıştırın; her tabla konumu dosyanın içinde ayrı bir görüntü olarak korunur. “Extract scenes from the selected files…” ise her tabla konumunu ayrı bir dosya olarak yazar.
  4. Sonucu Fiji’de, QuPath’te veya herhangi bir OME-TIFF okuyucusunda açın: Fiji, .ome.tif dosyalarını kalibrasyonu ve kanalları okuyan Bio-Formats’a iletir.

Kendi dosyalarınızı dışa aktarmak için abonelik gerekir; yerleşik örnekler ücretsiz dışa aktarılır. Dönüştürme kendi bilgisayarınızda çalışır; hiçbir şey yüklenmez.

ND2 dönüştürme hakkında sorular

ND2’yi ücretsiz olarak TIFF’e dönüştürebilir miyim?

Evet. Nikon’un ücretsiz NIS-Elements Viewer’ı Windows’ta ND2’yi TIFF ve çok sayfalı TIFF olarak dışa aktarır, Fiji (ücretsiz) Bio-Formats Exporter üzerinden OME-TIFF kaydeder, ücretsiz bfconvert ve nd2 Python araçları da bir betikten dönüştürme yapar.

TIFF mi yoksa OME-TIFF mi dışa aktarmalıyım?

OME-TIFF. Kanal adlarını, piksel boyutunu ve Z, zaman ve konum yapısını korur; düz bir TIFF genellikle yalnızca pikselleri tutar, bu yüzden başka yerlerde yapılan ölçümler µm yerine piksel cinsinden çıkar.

Dışa aktardığım TIFF neden siyah veya çok karanlık görünüyor?

ND2 görüntüleri genellikle 12 veya 16 bittir ve 0–65.535 aralığının tamamını gösteren bir görüntüleyici onları karanlık gösterir. Veriler sağlamdır: bilgiyi atan 8 bite dönüştürme yerine parlaklığı ve kontrastı ayarlayın.

Çok sayıda ND2 dosyasını aynı anda nasıl dönüştürürüm?

bfconvert veya nd2 Python paketiyle dosyalar üzerinde döngü kurun. SlideScope’ta klasörü açın, dosyaları seçin ve dosya başına bir OME-TIFF için “Export the selected files…” komutunu çalıştırın.

SlideScope ücretsiz mi?

SlideScope, ücretsiz bir örnek kitaplığı (tüm araçlarla) sunan ücretli bir uygulamadır; kendi görüntüleriniz için aylık $35 başlangıç fiyatlı abonelik gerekir.

Yerleşik örnek kitaplığını tüm araçlarla ücretsiz keşfedin. Kendi görüntülerinizi açmak için abonelik gerekir: aylık $35, abone olduğunuzda faturalandırılır (PayPal veya kart) ve hesabınızdan istediğiniz zaman iptal edebilirsiniz. Yıllık faturalandırma $349.99/yıl fiyatla sunulur; bu da yaklaşık iki ay ücretsiz demektir.

Yüklemeden dönüştürün

Yerleşik örneklerde ücretsiz deneyin; ardından abonelikle kendi ND2 dosyalarınızı açın ve kayıpsız OME-TIFF olarak dışa aktarın. Kararınızı verdiniz mi? Hemen abone olun.

SlideScope’u indirin