Převod ND2

Převod ND2 do TIFF nebo OME-TIFF ve Windows a na Macu

Soubory ND2 převedete do OME-TIFF, otevřeného TIFF, který zachovává názvy kanálů a velikost pixelu, v softwaru výrobce, v bezplatném Fiji nebo pomocí bfconvert, několika řádky v Pythonu nebo ve SlideScope bez kódu. Dejte přednost OME-TIFF před obyčejným TIFF: obyčejný TIFF obvykle ztratí kalibraci a metadata kanálů. A nepublikovaná data nedávejte do online převodníků, které váš soubor nahrávají.

Stáhnout SlideScopeVšechny možnosti převodu
Bezeztrátový OME-TIFFKanály a kalibrace zůstanou zachoványBez nahrávání

Způsoby převodu ND2 do TIFF

NástrojCenaPlatformyPoznámky
Nikon NIS-Elements ViewerZdarmaWindows (5.22); macOS 1.10, export není zdokumentovánFile › Export ND Document (TIF, vícestránkový TIFF, ND2, JPEG2000); Save/Export to TIFF Files s možností OME-TIFF
Fiji / ImageJ s Bio-FormatsZdarma, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter do OME-TIFF
bfconvert (nástroje Bio-Formats)Zdarma, open sourceWindows, macOS, LinuxPříkazový řádek; dávkové zpracování, BigTIFF, komprese
Python (nd2, bioio)Zdarma, open sourceWindows, macOS, Linuxnd2 zapíše OME-TIFF jedním voláním
SlideScopePlacený; export vlastních souborů vyžaduje předplatnéWindows 10/11, macOS 14+Bezeztrátový OME-TIFF s kanály, kalibrací a pozicemi stolku, bez kódu, bez nahrávání

U výzkumných dat se online převodníkům vyhněte: nahrávají soubor na cizí server a pro ND2 jsme nenašli žádný, který bychom mohli doporučit.

Převod ND2 do TIFF v NIS-Elements Viewer (zdarma)

  1. Otevřete ND2 v NIS-Elements Viewer (zdarma od společnosti Nikon).
  2. Zvolte File › Save/Export to TIFF Files a vyberte Standard TIFF nebo OME-TIFF; zaškrtněte „Include OME Metadata“, aby se zachovala kalibrace, nebo „Store into Multipage TIFF“ pro jeden soubor na sérii.
  3. Nebo zvolte File › Export ND Document… a uložte soubor jako TIF, vícestránkový TIFF, ND2 nebo JPEG2000.

Tyto kroky vycházejí z uživatelské příručky Nikon pro Windows (5.21). Prohlížeč pro Mac (1.10) je první vydání se základními funkcemi a Nikon jeho možnosti exportu nedokumentuje.

Převod ND2 do OME-TIFF ve Fiji nebo pomocí bfconvert (zdarma)

  1. Ve Fiji otevřete soubor ND2 (projde importérem Bio-Formats).
  2. Zvolte Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter a uložte jako .ome.tif. U souborů nad 4 GB použijte příponu BigTIFF, například .ome.btf; obyčejný .tif je omezen na 4 GB.

Bez otevírání Fiji převedou soubor z terminálu nástroje Bio-Formats pro příkazový řádek (stáhněte bftools.zip z webu Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

Výstupní formát se řídí příponou; výstup je nekomprimovaný, pokud nezadáte -compression; -series 0 převede pouze jednu sérii. Pyramidová podoba vyžaduje -noflat, což podporuje jen OME-TIFF.

Převod ND2 v Pythonu

Balíček nd2 čte ND2 a od verze 0.10.0 zapisuje přímo OME-TIFF:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Pokud chcete místo toho pole NumPy, použijte nd2.imread("input.nd2") nebo f.asarray(); ND2 čte také bioio se svým pluginem bioio-nd2.

Převod ND2 do OME-TIFF ve SlideScope (bez kódu)

  1. Otevřete soubor ND2 ve SlideScope ve Windows nebo na Macu.
  2. Zvolte File › Export Current Image as TIFF… a vyberte cíl. SlideScope zapíše bezeztrátový OME-TIFF (.ome.tif) s názvy kanálů, barvami a velikostí pixelu a původní soubor nikdy nezmění.
  3. U většího počtu souborů zvolte File › Open Folder, vyberte soubory a spusťte „Export the selected files…“, čímž získáte jeden OME-TIFF na soubor, v němž je každá pozice stolku uložena jako samostatný obraz; „Extract scenes from the selected files…“ naopak zapíše každou pozici stolku jako samostatný soubor.
  4. Výsledek otevřete ve Fiji, QuPath nebo v jakémkoli programu, který čte OME-TIFF: Fiji předává soubory .ome.tif knihovně Bio-Formats, která načte kalibraci i kanály.

Export vlastních souborů vyžaduje předplatné; vestavěné ukázky se exportují zdarma. Převod probíhá ve vašem počítači; nic se nenahrává.

Otázky k převodu ND2

Mohu převést ND2 do TIFF zdarma?

Ano. Bezplatný NIS-Elements Viewer od společnosti Nikon exportuje ND2 do TIFF a vícestránkového TIFF ve Windows, Fiji (zdarma) ukládá OME-TIFF přes Bio-Formats Exporter a bezplatné nástroje bfconvert a nd2 pro Python převádějí ze skriptu.

Mám exportovat TIFF, nebo OME-TIFF?

OME-TIFF. Zachovává názvy kanálů, velikost pixelu a strukturu Z, času a pozic; obyčejný TIFF obvykle uchová jen pixely, takže měření v jiném programu vyjdou v pixelech místo v µm.

Proč můj exportovaný TIFF vypadá černě nebo velmi tmavě?

Snímky ND2 jsou obvykle 12bitové nebo 16bitové a prohlížeč, který zobrazuje celý rozsah 0–65 535, je ukáže tmavé. Data jsou v pořádku: upravte jas a kontrast, místo abyste je převáděli na 8 bitů, čímž byste přišli o informace.

Jak převést mnoho souborů ND2 najednou?

Projděte soubory ve smyčce pomocí bfconvert nebo balíčku nd2 pro Python. Ve SlideScope otevřete složku, vyberte soubory a spusťte „Export the selected files…“, čímž získáte jeden OME-TIFF na soubor.

Je SlideScope zdarma?

SlideScope je placená aplikace s bezplatnou knihovnou ukázek (všechny nástroje); pro vlastní snímky potřebujete předplatné od $35/měsíc.

Prozkoumejte vestavěnou knihovnu ukázek zdarma, se všemi nástroji. Pro otevírání vlastních snímků potřebujete předplatné: $35/měsíc, účtované při předplacení (PayPal nebo karta), a zrušit ho můžete kdykoli ve svém účtu. K dispozici je i roční platba za $349.99/rok, což vychází zhruba na dva měsíce zdarma.

Převod bez nahrávání

Vyzkoušejte si to zdarma na vestavěných ukázkách, pak s předplatným otevírejte vlastní soubory ND2 a exportujte bezeztrátový OME-TIFF. Už máte jasno? Předplatit nyní.

Stáhnout SlideScope