המרת ND2 ל-TIFF או ל-OME-TIFF ב-Windows וב-Mac

דרכים להמיר ND2 ל-TIFF

הימנעו מממירים מקוונים לנתוני מחקר: הם מעלים את הקובץ לשרת של מישהו אחר, ולא מצאנו אף אחד שנוכל להמליץ עליו עבור ND2.

המרת ND2 ל-TIFF ב-NIS-Elements Viewer (חינם)

1. פתחו את ה-ND2 ב-NIS-Elements Viewer (חינמי מ-Nikon).
2. בחרו File › Save/Export to TIFF Files, ובחרו Standard TIFF או OME-TIFF; סמנו “Include OME Metadata” כדי לשמור את הכיול, או “Store into Multipage TIFF” לקובץ אחד לכל סדרה.
3. או בחרו File › Export ND Document… כדי לשמור כ-TIF, ‏TIFF מרובה עמודים, ND2 או JPEG2000.

הצעדים האלה לקוחים ממדריך המשתמש של Nikon ל-Windows ‏(5.21). המציג ל-Mac ‏(1.10) הוא גרסה ראשונית עם תכונות בסיסיות, ו-Nikon אינה מתעדת את אפשרויות הייצוא שלו.

המרת ND2 ל-OME-TIFF ב-Fiji או עם bfconvert (חינם)

1. ב-Fiji, פתחו את קובץ ה-ND2 (הוא עובר דרך ה-Bio-Formats importer).
2. בחרו Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter ושמרו בתור .ome.tif. לקבצים מעל 4 GB השתמשו בסיומת BigTIFF כמו .ome.btf; קובץ .tif רגיל מוגבל ל-4 GB.

בלי לפתוח את Fiji, כלי שורת הפקודה של Bio-Formats ממירים מהטרמינל (הורידו את bftools.zip מאתר Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

פורמט הפלט נקבע לפי הסיומת; הפלט אינו דחוס אלא אם מעבירים -compression; ‏-series 0 ממיר סדרה אחת בלבד. הצורה הפירמידלית דורשת -noflat, שנתמך רק ב-OME-TIFF.

המרת ND2 ב-Python

החבילה nd2 קוראת ND2, ומאז גרסה 0.10.0 כותבת OME-TIFF ישירות:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

כדי לקבל מערך NumPy במקום זאת, השתמשו ב-nd2.imread("input.nd2") או ב-f.asarray(); גם bioio עם התוסף bioio-nd2 שלו קורא ND2.

המרת ND2 ל-OME-TIFF ב-SlideScope (בלי קוד)

1. פתחו את קובץ ה-ND2 ב-SlideScope ב-Windows או ב-Mac.
2. בחרו File › Export Current Image as TIFF… ובחרו יעד. SlideScope כותב OME-TIFF ללא אובדן (.ome.tif) עם שמות הערוצים, הצבעים וגודל הפיקסל, ולעולם אינו משנה את הקובץ המקורי.
3. לקבצים רבים, בחרו File › Open Folder, בחרו את הקבצים והריצו “Export the selected files…” לקבלת OME-TIFF אחד לכל קובץ, כשכל מיקום במה נשמר בתוכו כתמונה נפרדת; לחלופין “Extract scenes from the selected files…” כותב כל מיקום במה כקובץ נפרד.
4. פתחו את התוצאה ב-Fiji, ב-QuPath או בכל קורא OME-TIFF: Fiji מעביר קובצי .ome.tif ל-Bio-Formats, שקורא את הכיול ואת הערוצים.

ייצוא הקבצים שלכם דורש מנוי; את הדוגמאות המובנות אפשר לייצא בחינם. ההמרה רצה במחשב שלכם; שום דבר לא מועלה.

שאלות על המרת ND2

מקורות

• Nikon — NIS-Elements Viewer
• Nikon — NIS-Elements Viewer user guide (5.21)
• ImageJ — Bio-Formats (Exporter, OME-TIFF, BigTIFF)
• Bio-Formats — bfconvert
• nd2 (Python)
• התיעוד של bioio