ND2 변환

Windows 및 Mac에서 ND2를 TIFF 또는 OME-TIFF로 변환하기

ND2 파일은 채널 이름과 픽셀 크기를 유지하는 개방형 TIFF인 OME-TIFF로 변환하세요. 제조사 소프트웨어, 무료 Fiji나 bfconvert, 몇 줄의 Python 코드, 또는 코드 없이 SlideScope로 변환할 수 있습니다. 일반 TIFF보다 OME-TIFF를 권장합니다. 일반 TIFF는 보통 교정 정보와 채널 메타데이터를 잃습니다. 또한 미발표 데이터는 파일을 업로드하는 온라인 변환기에 올리지 마세요.

SlideScope 다운로드모든 변환 방법
무손실 OME-TIFF채널과 교정 정보 유지업로드 없음

ND2를 TIFF로 변환하는 방법

도구비용플랫폼비고
Nikon NIS-Elements Viewer무료Windows(5.22), macOS 1.10(내보내기 기능은 문서화되지 않음)File › Export ND Document(TIF, 멀티페이지 TIFF, ND2, JPEG2000), OME-TIFF 옵션이 있는 Save/Export to TIFF Files
Fiji / ImageJ와 Bio-Formats무료, 오픈 소스Windows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter로 OME-TIFF 저장
bfconvert(Bio-Formats 도구)무료, 오픈 소스Windows, macOS, Linux명령줄, 일괄 처리, BigTIFF, 압축
Python(nd2, bioio)무료, 오픈 소스Windows, macOS, Linuxnd2는 호출 한 번으로 OME-TIFF를 저장
SlideScope유료, 내 파일을 내보내려면 구독 필요Windows 10/11, macOS 14+채널, 교정 정보, 스테이지 위치를 유지하는 무손실 OME-TIFF, 코드 불필요, 업로드 없음

연구 데이터에는 온라인 변환기를 피하세요. 파일을 다른 사람의 서버에 업로드하며, ND2에 대해 추천할 만한 변환기는 찾지 못했습니다.

NIS-Elements Viewer에서 ND2를 TIFF로 변환하기(무료)

  1. NIS-Elements Viewer(Nikon에서 무료 제공)에서 ND2를 엽니다.
  2. File › Save/Export to TIFF Files를 선택하고 Standard TIFF 또는 OME-TIFF를 고릅니다. 교정 정보를 유지하려면 “Include OME Metadata”를, 시리즈마다 파일 하나로 저장하려면 “Store into Multipage TIFF”를 체크하세요.
  3. 또는 File › Export ND Document…를 선택해 TIF, 멀티페이지 TIFF, ND2 또는 JPEG2000으로 저장합니다.

이 단계는 Nikon의 Windows 사용자 가이드(5.21)를 따른 것입니다. Mac 뷰어(1.10)는 핵심 기능만 갖춘 초기 릴리스이며, Nikon은 그 내보내기 옵션을 문서화하지 않았습니다.

Fiji 또는 bfconvert로 ND2를 OME-TIFF로 변환하기(무료)

  1. Fiji에서 ND2 파일을 엽니다(Bio-Formats 가져오기 도구를 거칩니다).
  2. Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter를 선택하고 .ome.tif로 저장합니다. 4 GB를 넘는 파일에는 .ome.btf 같은 BigTIFF 확장자를 사용하세요. 일반 .tif는 4 GB로 제한됩니다.

Fiji를 열지 않고도 Bio-Formats 명령줄 도구로 터미널에서 변환할 수 있습니다(Bio-Formats 사이트에서 bftools.zip을 다운로드하세요):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

출력 형식은 확장자를 따릅니다. -compression을 지정하지 않으면 압축되지 않은 파일이 출력되며, -series 0은 시리즈 하나만 변환합니다. 피라미드 형식에는 -noflat이 필요하며, 이는 OME-TIFF에서만 지원됩니다.

Python으로 ND2 변환하기

nd2 패키지는 ND2를 읽으며, 버전 0.10.0부터 OME-TIFF를 직접 저장합니다:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

NumPy 배열이 필요하면 nd2.imread("input.nd2") 또는 f.asarray()를 사용하세요. bioio-nd2 플러그인을 쓰는 bioio로도 ND2를 읽을 수 있습니다.

SlideScope에서 ND2를 OME-TIFF로 변환하기(코드 불필요)

  1. Windows 또는 Mac의 SlideScope에서 ND2 파일을 엽니다.
  2. File › Export Current Image as TIFF…를 선택하고 저장 위치를 고릅니다. SlideScope는 채널 이름, 색상, 픽셀 크기를 담은 무손실 OME-TIFF(.ome.tif)를 저장하며, 원본 파일은 절대 변경하지 않습니다.
  3. 파일이 많다면 File › Open Folder를 선택하고 파일을 고른 다음 “Export the selected files…”를 실행하면 파일마다 OME-TIFF 하나가 만들어지며, 각 스테이지 위치는 그 안에 별도 이미지로 유지됩니다. “Extract scenes from the selected files…”를 실행하면 각 스테이지 위치가 별도 파일로 저장됩니다.
  4. 결과를 Fiji, QuPath 또는 다른 OME-TIFF 리더에서 엽니다. Fiji는 .ome.tif 파일을 Bio-Formats로 넘기며, Bio-Formats가 교정 정보와 채널을 읽습니다.

내 파일을 내보내려면 구독이 필요하며, 내장 샘플은 무료로 내보낼 수 있습니다. 변환은 내 컴퓨터에서 실행되며 아무것도 업로드되지 않습니다.

ND2 변환 관련 질문

ND2를 TIFF로 무료로 변환할 수 있나요?

네. Nikon의 무료 NIS-Elements Viewer는 Windows에서 ND2를 TIFF와 멀티페이지 TIFF로 내보내고, Fiji(무료)는 Bio-Formats Exporter로 OME-TIFF를 저장하며, 무료 도구인 bfconvert와 nd2 Python 패키지로 스크립트에서 변환할 수 있습니다.

TIFF와 OME-TIFF 중 무엇으로 내보내야 하나요?

OME-TIFF입니다. 채널 이름, 픽셀 크기, Z·시간·위치 구조를 유지합니다. 일반 TIFF는 보통 픽셀만 유지하므로 다른 프로그램에서 측정하면 µm가 아니라 픽셀 단위로 나옵니다.

내보낸 TIFF가 검게 또는 아주 어둡게 보이는 이유는 무엇인가요?

ND2 이미지는 보통 12비트 또는 16비트이며, 0-65,535 전체 범위를 그대로 표시하는 뷰어에서는 어둡게 보입니다. 데이터에는 문제가 없습니다. 정보가 손실되는 8비트 변환 대신 밝기와 대비를 조정하세요.

여러 ND2 파일을 한 번에 변환하려면 어떻게 하나요?

bfconvert나 nd2 Python 패키지로 파일을 반복 처리하세요. SlideScope에서는 폴더를 열고 파일을 선택한 다음 “Export the selected files…”를 실행하면 파일마다 OME-TIFF 하나가 만들어집니다.

SlideScope는 무료인가요?

SlideScope는 무료 샘플 라이브러리(모든 도구 포함)가 있는 유료 앱이며, 내 이미지를 열려면 월 $35부터 시작하는 구독이 필요합니다.

내장 샘플 라이브러리는 모든 도구와 함께 무료로 둘러볼 수 있습니다. 내 이미지를 열려면 구독이 필요합니다. 월 $35이며 구독하는 시점에 청구되고(PayPal 또는 카드), 계정에서 언제든지 취소할 수 있습니다. 연간 결제는 연 $349.99로, 약 두 달 무료에 해당합니다.

업로드 없이 변환하기

내장 샘플로 무료로 사용해 본 다음, 구독하면 내 ND2 파일을 열고 무손실 OME-TIFF로 내보낼 수 있습니다. 이미 결정하셨나요? 지금 구독하기.

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