ND2 を TIFF に変換する方法
研究データにはオンライン変換サービスを使わないでください。ファイルが他者のサーバーにアップロードされます。また、ND2 についてお勧めできるサービスは見つかりませんでした。
NIS-Elements Viewer で ND2 を TIFF に変換する（無料）
- NIS-Elements Viewer（Nikon が無料で提供）で ND2 を開きます。
- File › Save/Export to TIFF Files を選び、Standard TIFF または OME-TIFF を選択します。校正情報を保持するには “Include OME Metadata” に、シリーズごとに 1 ファイルにするには “Store into Multipage TIFF” にチェックを入れます。
- または File › Export ND Document… を選び、TIF、マルチページ TIFF、ND2、JPEG2000 として保存します。
この手順は Nikon の Windows 版ユーザーガイド（5.21）に基づいています。Mac 版ビューア（1.10）は主要機能のみの初期リリースで、Nikon は書き出しオプションについて記載していません。
Fiji または bfconvert で ND2 を OME-TIFF に変換する（無料）
- Fiji で ND2 ファイルを開きます（Bio-Formats インポーターを経由します）。
- Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter を選び、
.ome.tif として保存します。4 GB を超えるファイルには .ome.btf などの BigTIFF 拡張子を使ってください。通常の .tif は 4 GB が上限です。
Fiji を開かなくても、Bio-Formats のコマンドラインツールでターミナルから変換できます（Bio-Formats のサイトから bftools.zip をダウンロードしてください）：
bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff
出力形式は拡張子で決まります。-compression を指定しない限り出力は非圧縮です。-series 0 を指定すると 1 つのシリーズだけを変換します。ピラミッド形式には -noflat が必要で、これに対応しているのは OME-TIFF だけです。
Python で ND2 を変換する
nd2 パッケージは ND2 を読み込めるうえ、バージョン 0.10.0 以降は OME-TIFF を直接書き出せます：
import nd2
with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")
NumPy 配列として扱いたい場合は、nd2.imread("input.nd2") または f.asarray() を使います。bioio も bioio-nd2 プラグインで ND2 を読み込めます。
SlideScope で ND2 を OME-TIFF に変換する（コード不要）
- Windows または Mac の SlideScope で ND2 ファイルを開きます。
- File › Export Current Image as TIFF… を選び、保存先を指定します。SlideScope はチャンネル名、色、ピクセルサイズを含む可逆の OME-TIFF（
.ome.tif）を書き出し、元のファイルは一切変更しません。
- 多数のファイルを扱う場合は、File › Open Folder を選んでファイルを選択し、“Export the selected files…” を実行すると、ファイルごとに 1 つの OME-TIFF が作成され、各ステージ位置はその中の個別の画像として保持されます。代わりに “Extract scenes from the selected files…” を使うと、各ステージ位置が別々のファイルとして書き出されます。
- 結果を Fiji、QuPath、または任意の OME-TIFF リーダーで開きます。Fiji は
.ome.tif ファイルを Bio-Formats に渡し、Bio-Formats が校正情報とチャンネルを読み取ります。
ご自身のファイルの書き出しにはサブスクリプションが必要です。内蔵サンプルは無料で書き出せます。変換はご自身のコンピューター上で行われ、何もアップロードされません。
ND2 の変換に関するよくある質問
ND2 を無料で TIFF に変換できますか？
はい。Nikon の無料の NIS-Elements Viewer は Windows で ND2 を TIFF やマルチページ TIFF に書き出せます。無料の Fiji は Bio-Formats Exporter で OME-TIFF を保存でき、無料の bfconvert と nd2 Python ツールを使えばスクリプトから変換できます。
TIFF と OME-TIFF のどちらで書き出すべきですか？
OME-TIFF です。チャンネル名、ピクセルサイズ、Z・時間・位置の構造が保持されます。通常の TIFF はたいていピクセルしか保持しないため、別のソフトで計測すると結果が µm ではなくピクセル単位になります。
書き出した TIFF が真っ黒、または非常に暗く見えるのはなぜですか？
ND2 画像は通常 12 ビットまたは 16 ビットで、0〜65,535 の全範囲を表示するビューアでは暗く見えます。データ自体には問題ありません。情報が失われる 8 ビットへの変換ではなく、明るさとコントラストを調整してください。
多数の ND2 ファイルを一度に変換するには？
bfconvert または nd2 Python パッケージでファイルをループ処理します。SlideScope では、フォルダーを開いてファイルを選択し、“Export the selected files…” を実行すると、ファイルごとに 1 つの OME-TIFF が作成されます。
SlideScope は無料ですか？
SlideScope は無料のサンプルライブラリ（全ツール利用可）が付属する有料アプリです。ご自身の画像を開くには月額 $35 からのサブスクリプションが必要です。
内蔵のサンプルライブラリは、すべてのツールとともに無料でお使いいただけます。ご自身の画像を開くにはサブスクリプションが必要です：月額 $35、ご登録時に請求（PayPal またはカード）、アカウントからいつでも解約できます。年額払いは年 $349.99 で、約 2 か月分お得です。
出典