在 Windows 和 Mac 上将 ND2 转换为 TIFF 或 OME-TIFF

将 ND2 转换为 TIFF 的方法

科研数据请避免使用在线转换器：它们会把文件上传到别人的服务器，而且我们没有找到任何一款值得推荐用于 ND2 的在线转换器。

在 NIS-Elements Viewer 中将 ND2 转换为 TIFF（免费）

1. 在 NIS-Elements Viewer（Nikon 免费提供）中打开 ND2。
2. 选择 File › Save/Export to TIFF Files，然后选择 Standard TIFF 或 OME-TIFF；勾选“Include OME Metadata”以保留校准信息，或勾选“Store into Multipage TIFF”使每个序列保存为一个文件。
3. 或者选择 File › Export ND Document…，保存为 TIF、多页 TIFF、ND2 或 JPEG2000。

以上步骤来自 Nikon 的 Windows 用户指南（5.21）。Mac 版查看器（1.10）是仅包含核心功能的初始版本，Nikon 未提供其导出选项的文档。

在 Fiji 中或使用 bfconvert 将 ND2 转换为 OME-TIFF（免费）

1. 在 Fiji 中打开 ND2 文件（会经由 Bio-Formats 导入器）。
2. 选择 Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter，保存为 .ome.tif。超过 4 GB 的文件请使用 BigTIFF 扩展名，例如 .ome.btf；普通 .tif 的上限为 4 GB。

无需打开 Fiji，也可以在终端中用 Bio-Formats 命令行工具进行转换（从 Bio-Formats 网站下载 bftools.zip）：

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

输出格式由扩展名决定；除非传入 -compression，否则输出不压缩；-series 0 只转换一个序列。金字塔形式需要 -noflat，且只有 OME-TIFF 支持。

用 Python 转换 ND2

nd2 包可以读取 ND2，并且自 0.10.0 版起可以直接写出 OME-TIFF：

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

如果需要 NumPy 数组，请使用 nd2.imread("input.nd2") 或 f.asarray()；bioio 配合其 bioio-nd2 插件也能读取 ND2。

在 SlideScope 中将 ND2 转换为 OME-TIFF（无需代码）

1. 在 Windows 或 Mac 上用 SlideScope 打开 ND2 文件。
2. 选择 File › Export Current Image as TIFF…，并选择保存位置。SlideScope 会写出无损 OME-TIFF（.ome.tif），保留通道名称、颜色和像素尺寸，并且绝不修改原始文件。
3. 如需处理大量文件，选择 File › Open Folder，选中文件后运行“Export the selected files…”，每个文件生成一个 OME-TIFF，其中每个载物台位置都保留为单独的图像；“Extract scenes from the selected files…”则会把每个载物台位置写成单独的文件。
4. 在 Fiji、QuPath 或任何 OME-TIFF 读取器中打开结果：Fiji 会把 .ome.tif 文件交给 Bio-Formats，由它读取校准和通道信息。

导出您自己的文件需要订阅；内置示例可免费导出。转换在您自己的电脑上运行；不会上传任何内容。

ND2 转换常见问题

资料来源

• Nikon — NIS-Elements Viewer
• Nikon — NIS-Elements Viewer 用户指南（5.21）
• ImageJ — Bio-Formats（Exporter、OME-TIFF、BigTIFF）
• Bio-Formats — bfconvert
• nd2 (Python)
• bioio 文档