Převod CZI

Převod CZI do TIFF nebo OME-TIFF ve Windows a na Macu

Soubory CZI převedete do OME-TIFF, otevřeného TIFF, který zachovává názvy kanálů a velikost pixelu, v softwaru výrobce, v bezplatném Fiji nebo pomocí bfconvert, několika řádky v Pythonu nebo ve SlideScope bez kódu. Dejte přednost OME-TIFF před obyčejným TIFF: obyčejný TIFF obvykle ztratí kalibraci a metadata kanálů. A nepublikovaná data nedávejte do online převodníků, které váš soubor nahrávají.

Stáhnout SlideScopeVšechny možnosti převodu
Bezeztrátový OME-TIFFKanály a kalibrace zůstanou zachoványBez nahrávání

Způsoby převodu CZI do TIFF

NástrojCenaPlatformyPoznámky
ZEISS ZENPlacený; ZEN lite je zdarmaPouze WindowsImage Export (TIFF) a OME TIFF Export; dlaždice nejsou pro OME TIFF Export k dispozici
Fiji / ImageJ s Bio-FormatsZdarma, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter do OME-TIFF; na Apple silicon neumí přečíst CZI s kompresí JPEG-XR
bfconvert (nástroje Bio-Formats)Zdarma, open sourceWindows, macOS, LinuxPříkazový řádek; dávkové zpracování, BigTIFF, pyramidy, komprese
Python (bioio, pylibCZIrw)Zdarma, open sourceWindows, macOS, LinuxPřevod skriptem; vyžaduje Python
SlideScopePlacený; export vlastních souborů vyžaduje předplatnéWindows 10/11, macOS 14+Bezeztrátový OME-TIFF s kanály a kalibrací, každá scéna CZI s více scénami, bez kódu, bez nahrávání

U výzkumných dat se online převodníkům vyhněte: nahrávají soubor na cizí server a několik z nich CZI vůbec neumí přečíst (například convert.guru uvádí, že potřebujete ZEN).

Převod CZI do TIFF v ZEISS ZEN (Windows)

  1. Otevřete CZI v ZEN a přejděte na kartu Processing.
  2. V části Method zvolte Export/Import › OME TIFF Export (nebo Image Export pro obyčejný TIFF, BMP či JPEG).
  3. Nastavte výstupní složku a možnosti a klikněte na Apply. U většího počtu souborů použijte Processing › Batch s metodou Image Export.

ZEISS uvádí, že dlaždice nejsou pro OME TIFF Export k dispozici. ZEN lite je bezplatná edice od společnosti ZEISS; ZEISS její exportní funkce neuvádí, i když instalační příručka University of Arizona popisuje její použití k exportu. ZEN běží pouze ve Windows.

Převod CZI do OME-TIFF ve Fiji nebo pomocí bfconvert (zdarma)

  1. Ve Fiji otevřete soubor CZI (projde importérem Bio-Formats).
  2. Zvolte Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter a uložte jako .ome.tif. U souborů nad 4 GB použijte příponu BigTIFF, například .ome.btf; obyčejný .tif je omezen na 4 GB.

Bez otevírání Fiji převedou soubor z terminálu nástroje Bio-Formats pro příkazový řádek (stáhněte bftools.zip z webu Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Výstupní formát se řídí příponou; výstup je nekomprimovaný, pokud nezadáte -compression; -series 0 převede pouze jednu sérii. Pyramidová podoba vyžaduje -noflat, což podporuje jen OME-TIFF.

Převod CZI v Pythonu

bioio čte CZI (s pluginem bioio-czi) a zapisuje OME-TIFF (s bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

Vlastní knihovna ZEISS pylibCZIrw čte roviny a oblasti CZI (pyczi.open_czi(path), pak read(plane=...)), ale TIFF nezapisuje: pokud potřebujete plnou kontrolu nad tím, co se zapíše, zkombinujte ji s tifffile.

Převod CZI do OME-TIFF ve SlideScope (bez kódu)

  1. Otevřete soubor CZI ve SlideScope ve Windows nebo na Macu.
  2. Zvolte File › Export Current Image as TIFF… a vyberte cíl. SlideScope zapíše bezeztrátový OME-TIFF (.ome.tif) s názvy kanálů, barvami a velikostí pixelu a původní soubor nikdy nezmění. Pokud CZI s více scénami prohlížíte po jedné scéně, exportuje se scéna na obrazovce, ve vlastním rozlišení této scény.
  3. U většího počtu souborů zvolte File › Open Folder, vyberte soubory a spusťte „Export the selected files…“, čímž získáte jeden OME-TIFF na soubor, v němž je každá scéna nebo pozice uložena jako samostatný obraz; „Extract scenes from the selected files…“ naopak zapíše každou scénu nebo pozici jako samostatný soubor. U velkých skenů preparátů zvolte „Full resolution: every scanned pixel“.
  4. Výsledek otevřete ve Fiji, QuPath nebo v jakémkoli programu, který čte OME-TIFF: Fiji předává soubory .ome.tif knihovně Bio-Formats, která načte kalibraci i kanály.

Export vlastních souborů vyžaduje předplatné; vestavěné ukázky se exportují zdarma. Převod probíhá ve vašem počítači; nic se nenahrává.

Otázky k převodu CZI

Mohu převést CZI do TIFF zdarma?

Ano. Fiji (zdarma) otevře CZI přes Bio-Formats a uloží OME-TIFF pomocí Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter a bezplatný příkaz bfconvert udělá totéž z terminálu. Na počítači s Windows exportuje CZI do TIFF a OME-TIFF také ZEISS ZEN.

Mám exportovat TIFF, nebo OME-TIFF?

OME-TIFF. Pořád je to TIFF, který otevře většina programů, ale v metadatech zachovává názvy kanálů, velikost pixelu a strukturu Z a času. Obyčejný TIFF obvykle uchová jen pixely, takže měření v jiném programu vyjdou v pixelech místo v µm.

Proč můj exportovaný TIFF vypadá černě nebo velmi tmavě?

Většina mikroskopických snímků je 12bitová nebo 16bitová a prohlížeč, který zobrazuje celý rozsah 0–65 535, je ukáže tmavé. Data jsou v pořádku: upravte jas a kontrast (ve Fiji Image › Adjust › Brightness/Contrast), místo abyste je převáděli na 8 bitů, čímž byste přišli o informace.

Proč se můj CZI na Macu ve Fiji neotevře?

Mnoho souborů CZI používá kompresi JPEG-XR a Bio-Formats podle dokumentace QuPath neumí JPEG-XR na Macích s Apple silicon dekódovat. Převeďte soubor na počítači s Windows nebo s procesorem Intel, nebo použijte SlideScope, který čte CZI vlastním přibaleným dekodérem JPEG XR ve Windows i na Macu.

Jak převést celou složku souborů CZI?

V ZEN použijte Processing › Batch s metodou Image Export. S bfconvert projděte soubory ve smyčce ve shellovém skriptu. Ve SlideScope otevřete složku, vyberte soubory a spusťte „Export the selected files…“ pro jeden OME-TIFF na soubor, nebo „Extract scenes from the selected files…“ pro jeden soubor na scénu.

Je SlideScope zdarma?

SlideScope je placená aplikace s bezplatnou knihovnou ukázek (všechny nástroje); pro vlastní snímky potřebujete předplatné od $35/měsíc.

Prozkoumejte vestavěnou knihovnu ukázek zdarma, se všemi nástroji. Pro otevírání vlastních snímků potřebujete předplatné: $35/měsíc, účtované při předplacení (PayPal nebo karta), a zrušit ho můžete kdykoli ve svém účtu. K dispozici je i roční platba za $349.99/rok, což vychází zhruba na dva měsíce zdarma.

Převod bez nahrávání

Vyzkoušejte si to zdarma na vestavěných ukázkách, pak s předplatným otevírejte vlastní soubory CZI a exportujte bezeztrátový OME-TIFF. Už máte jasno? Předplatit nyní.

Stáhnout SlideScope