CZI-Konvertierung

CZI in TIFF oder OME-TIFF umwandeln unter Windows und Mac

Konvertieren Sie CZI-Dateien in OME-TIFF, das offene TIFF, das Kanalnamen und Pixelgröße behält: mit der Software des Herstellers, mit dem kostenlosen Fiji oder bfconvert, mit ein paar Zeilen Python oder ohne Code in SlideScope. Ziehen Sie OME-TIFF einem einfachen TIFF vor: Ein einfaches TIFF verliert meist die Kalibrierung und die Kanal-Metadaten. Und halten Sie unveröffentlichte Daten von Online-Konvertern fern, die Ihre Datei hochladen.

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Verlustfreies OME-TIFFKanäle und Kalibrierung bleiben erhaltenKein Upload

Wege, CZI in TIFF umzuwandeln

WerkzeugKostenPlattformenHinweise
ZEISS ZENKostenpflichtig; ZEN lite ist kostenlosNur WindowsImage Export (TIFF) und OME TIFF Export; Kacheln sind beim OME TIFF Export nicht verfügbar
Fiji / ImageJ mit Bio-FormatsKostenlos, Open SourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter nach OME-TIFF; kann JPEG-XR-CZI auf Apple Silicon nicht lesen
bfconvert (Bio-Formats-Tools)Kostenlos, Open SourceWindows, macOS, LinuxKommandozeile; Stapelverarbeitung, BigTIFF, Pyramiden, Komprimierung
Python (bioio, pylibCZIrw)Kostenlos, Open SourceWindows, macOS, LinuxKonvertierung per Skript; erfordert Python
SlideScopeKostenpflichtig; für den Export Ihrer eigenen Dateien benötigen Sie ein AbonnementWindows 10/11, macOS 14+Verlustfreies OME-TIFF mit Kanälen und Kalibrierung, jede Szene einer CZI mit mehreren Szenen, ohne Code, ohne Upload

Online-Konverter sind die eine Option, die Sie für Forschungsdaten meiden sollten: Sie laden die Datei auf den Server eines Dritten hoch, und mehrere können CZI überhaupt nicht lesen (convert.guru etwa gibt an, dass Sie dafür ZEN brauchen).

CZI in ZEISS ZEN in TIFF umwandeln (Windows)

  1. Öffnen Sie die CZI-Datei in ZEN und wechseln Sie zur Registerkarte Processing.
  2. Wählen Sie unter Method Export/Import › OME TIFF Export (oder Image Export für einfaches TIFF, BMP oder JPEG).
  3. Legen Sie Ausgabeordner und Optionen fest und klicken Sie auf Apply. Für viele Dateien verwenden Sie Processing › Batch mit der Methode Image Export.

ZEISS weist darauf hin, dass Kacheln beim OME TIFF Export nicht verfügbar sind. ZEN lite ist die kostenlose Edition von ZEISS; ZEISS führt deren Exportfunktionen nicht auf, allerdings beschreibt eine Installationsanleitung der University of Arizona, wie man sie zum Exportieren nutzt. ZEN läuft nur unter Windows.

CZI in Fiji oder mit bfconvert in OME-TIFF umwandeln (kostenlos)

  1. Öffnen Sie die CZI-Datei in Fiji (sie läuft über den Bio-Formats-Importer).
  2. Wählen Sie Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter und speichern Sie als .ome.tif. Für Dateien über 4 GB verwenden Sie eine BigTIFF-Endung wie .ome.btf; ein einfaches .tif ist auf 4 GB begrenzt.

Ohne Fiji zu öffnen, konvertieren die Bio-Formats-Kommandozeilentools aus einem Terminal heraus (laden Sie bftools.zip von der Bio-Formats-Website herunter):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Das Ausgabeformat richtet sich nach der Dateiendung; die Ausgabe ist unkomprimiert, sofern Sie nicht -compression angeben; -series 0 konvertiert nur eine Serie. Die Pyramidenform erfordert -noflat, was nur OME-TIFF unterstützt.

CZI in Python konvertieren

bioio liest CZI (mit dem Plugin bioio-czi) und schreibt OME-TIFF (mit bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

ZEISS’ eigenes pylibCZIrw liest CZI-Ebenen und -Bereiche (pyczi.open_czi(path), dann read(plane=...)), schreibt aber kein TIFF: Kombinieren Sie es mit tifffile, wenn Sie volle Kontrolle darüber brauchen, was geschrieben wird.

CZI in SlideScope in OME-TIFF umwandeln (ohne Code)

  1. Öffnen Sie die CZI-Datei in SlideScope unter Windows oder auf dem Mac.
  2. Wählen Sie File › Export Current Image as TIFF… und ein Ziel. SlideScope schreibt ein verlustfreies OME-TIFF (.ome.tif) mit Kanalnamen, Farben und Pixelgröße und verändert die Originaldatei nie. Bei einer CZI mit mehreren Szenen, die Szene für Szene angezeigt wird, wird die Szene auf dem Bildschirm exportiert, in der eigenen Auflösung dieser Szene.
  3. Für viele Dateien wählen Sie File › Open Folder, markieren die Dateien und führen “Export the selected files…” aus, um ein OME-TIFF pro Datei zu erhalten, in dem jede Szene oder Position als eigenes Bild erhalten bleibt; “Extract scenes from the selected files…” schreibt stattdessen jede Szene oder Position als separate Datei. Für große Präparatscans wählen Sie “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Öffnen Sie das Ergebnis in Fiji, QuPath oder jedem anderen OME-TIFF-Reader: Fiji übergibt .ome.tif-Dateien an Bio-Formats, das Kalibrierung und Kanäle ausliest.

Für den Export Ihrer eigenen Dateien benötigen Sie ein Abonnement; die mitgelieferten Beispiele lassen sich kostenlos exportieren. Die Konvertierung läuft auf Ihrem eigenen Computer; es wird nichts hochgeladen.

Fragen zur CZI-Konvertierung

Kann ich CZI kostenlos in TIFF umwandeln?

Ja. Fiji (kostenlos) öffnet CZI über Bio-Formats und speichert OME-TIFF mit Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, und der kostenlose Befehl bfconvert erledigt dasselbe im Terminal. Auf einem Windows-PC exportiert auch ZEISS ZEN CZI nach TIFF und OME-TIFF.

Soll ich TIFF oder OME-TIFF exportieren?

OME-TIFF. Es ist weiterhin ein TIFF, das die meisten Programme öffnen, behält aber Kanalnamen, Pixelgröße sowie die Z- und Zeitstruktur in seinen Metadaten. Ein einfaches TIFF behält meist nur die Pixel, sodass Messungen in anderer Software in Pixeln statt in µm herauskommen.

Warum sieht mein exportiertes TIFF schwarz oder sehr dunkel aus?

Die meisten Mikroskopiebilder haben 12 oder 16 Bit, und ein Viewer, der den vollen Bereich 0-65.535 anzeigt, lässt sie dunkel aussehen. Die Daten sind in Ordnung: Passen Sie Helligkeit und Kontrast an (Image › Adjust › Brightness/Contrast in Fiji), statt in 8 Bit zu konvertieren, was Information verwirft.

Warum öffnet sich meine CZI-Datei in Fiji auf dem Mac nicht?

Viele CZI-Dateien sind mit JPEG-XR komprimiert, und laut der Dokumentation von QuPath kann Bio-Formats JPEG-XR auf Macs mit Apple Silicon nicht dekodieren. Konvertieren Sie auf einem Windows- oder Intel-Computer oder verwenden Sie SlideScope, das CZI unter Windows und auf dem Mac mit einem eigenen mitgelieferten JPEG-XR-Decoder liest.

Wie konvertiere ich einen ganzen Ordner mit CZI-Dateien?

In ZEN verwenden Sie Processing › Batch mit der Methode Image Export. Mit bfconvert durchlaufen Sie die Dateien in einem Shell-Skript. In SlideScope öffnen Sie den Ordner, markieren die Dateien und führen „Export the selected files…“ aus, um ein OME-TIFF pro Datei zu erhalten, oder „Extract scenes from the selected files…“ für eine Datei pro Szene.

Ist SlideScope kostenlos?

SlideScope ist eine kostenpflichtige App mit kostenloser Beispielbibliothek (alle Werkzeuge); für Ihre eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement ab $35/Monat.

Erkunden Sie die mitgelieferte Beispielbibliothek kostenlos und mit allen Werkzeugen. Zum Öffnen Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement: $35/Monat, abgerechnet bei Abschluss (PayPal oder Karte) und jederzeit in Ihrem Konto kündbar. Bei jährlicher Abrechnung kostet es $349.99/Jahr, das entspricht etwa zwei Gratismonaten.

Konvertieren ohne Upload

Probieren Sie es kostenlos mit den mitgelieferten Beispielen aus, öffnen Sie dann mit einem Abonnement Ihre eigenen CZI-Dateien und exportieren Sie verlustfreies OME-TIFF. Schon entschieden? Jetzt abonnieren.

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