Lokale Quantifizierung

Zellkerne, Zellen und Partikel quantifizieren, ohne ein einziges Pixel aus der Hand zu geben

Die lokale Quantifizierung macht aus dem Präparat, das Sie ohnehin ansehen, belastbare Zahlen. Segmentierung und Messung laufen auf Ihrem eigenen Rechner, unveröffentlichte und patientenbezogene Bilder verlassen die Maschine also nie, und das Ergebnis erscheint im selben Fenster wie das Bild.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Warum hier quantifizieren

Ihre Pixel bleiben auf Ihrem Rechner

Segmentierung und Messung laufen lokal. Heruntergeladen werden nur die Modellgewichte, und SlideScope prüft deren SHA-256-Prüfsumme, bevor es sie lädt. Vom Bild wird nichts hochgeladen — genau darauf kommt es bei unveröffentlichten Daten, patientenbezogenem Material und Ethikkommissionen an.

Zwei Verfahren, beide nachvollziehbar

Nutzen Sie geprüfte InstanSeg-Deep-Learning-Gewichte für Zellkerne und Zellen oder einen expliziten klassischen Schwellenwert mit Otsu-Automatik, Polaritätserkennung, Glättung und Flächengrenzen. Sie wissen immer, welches Verfahren eine Zahl erzeugt hat, und die Methodenzusammenfassung hält es fest.

Auf Reproduzierbarkeit ausgelegt

Jeder Durchlauf wird durch ein gespeichertes Rezept beschrieben: Objekttyp, Verfahren, Kanal, Schwellenwerte, Flächengrenzen, Markerkanäle. Rezept laden, Ordner erneut verarbeiten, gleiche Auswertung. Die exportierte Methodenzusammenfassung ist so formuliert, dass sie in ein Manuskript passt.

Was herauskommt

  • Objektanzahlen samt kalibrierter Dichte pro Quadratmillimeter, sofern die Pixelgröße hinterlegt ist
  • Fläche, Umfang und Formparameter für jedes Objekt
  • Mittlere Intensität in jedem Kanal, nicht nur im Segmentierungskanal
  • Optionale Klassifikation markerpositiver Objekte über ein oder zwei Markerkanäle
  • Größen- und Intensitätsverteilungen über die gesamte Objektpopulation
  • Bearbeitbare Overlays, damit falsch segmentierte Objekte vor dem Export ausgeschlossen werden können

Exporte, die in echte Arbeitsabläufe passen

  • CSV-Objekttabelle für Statistik in R, Python, Prism oder einer Tabellenkalkulation
  • GeoJSON-Umrisse, die QuPath und ASAP direkt importieren
  • Beschriftetes Masken-TIFF mit dem Rezept in den Dateimetadaten
  • Annotiertes PNG für Abbildungen und Präsentationen
  • Zusammenfassungs-JSON für die programmatische Weiterverarbeitung
  • Eine ausformulierte Methodenzusammenfassung zum Einfügen ins Manuskript

Fünf Minuten vom Bild zur Zahl

  1. Region wählen

    Quantifizieren Sie das ganze Bild oder nur die ausgewählte Region. Auf einer Region bleibt auch ein Gigapixel-Präparat flüssig, und die Auswertung bleibt auf dem Gewebe, das Sie wirklich interessiert.

  2. Objekte und Verfahren festlegen

    Zellkerne, Zellen oder Partikel. InstanSeg für Zellkerne und Zellen, klassische Schwellenwerte für alles Übrige oder wenn Sie eine vollständig explizite Regel brauchen.

  3. Overlay prüfen

    Ergebnisse erscheinen als Overlay auf dem Bild. Gehen Sie die Objekttabelle durch, sehen Sie sich Ausreißer an und schließen Sie aus, was die Segmentierung falsch gelesen hat. Nichts ist endgültig, bevor Sie es bestätigen.

  4. Exportieren oder Ordner stapelweise verarbeiten

    Exportieren Sie das Paket, oder speichern Sie die Einstellungen als Rezept und lassen Sie dieselbe Auswertung in einem Durchgang über einen ganzen Ordner laufen — mit gemeinsamer Stapelzusammenfassung.

Häufige Fragen

Verlassen meine Bilddaten den Rechner?

Nein. Segmentierung und Messung laufen im SlideScope-Prozess auf Ihrem eigenen Rechner. Die einzige Netzwerkanfrage ist ein einmaliger Download der Modellgewichte, und SlideScope prüft die SHA-256-Prüfsumme von Archiv und Modell, bevor überhaupt Code geladen wird.

Welches Verfahren soll ich nehmen?

InstanSeg für Zellkerne und Zellen in Hellfeld oder Fluoreszenz: Es trennt sich berührende Objekte deutlich besser als ein Schwellenwert. Das klassische Verfahren für Partikel, für ungewöhnliche Färbungen oder immer dann, wenn Sie eine Regel brauchen, die Sie im Methodenteil exakt angeben können.

Kann ich den Zahlen für eine Publikation trauen?

Behandeln Sie sie als Forschungsergebnis, das Ihre Qualitätskontrolle braucht. SlideScope zeigt die Segmentierung genau deshalb als bearbeitbares Overlay, damit Sie sie prüfen können, und exportiert eine Methodenzusammenfassung, die beschreibt, wie jede Zahl entstanden ist. Die Ergebnisse sind nicht für Diagnostik oder klinische Entscheidungen validiert.

Nur für Forschungszwecke. Ergebnisse erfordern visuelle Qualitätskontrolle und sind nicht für Diagnostik oder klinische Entscheidungen validiert.

Quantifizieren Sie diese Woche Ihre eigenen Präparate

Die 14-tägige Testphase bietet vollen Zugriff, einschließlich lokaler Quantifizierung und Ordner-Stapelläufen. Probieren Sie es an den Bildern aus, mit denen Ihr Labor tatsächlich arbeitet.

Testversion starten