Conversion CZI

Convertir un CZI en TIFF ou OME-TIFF sous Windows et Mac

Convertissez des fichiers CZI en OME-TIFF, le TIFF ouvert qui conserve les noms des canaux et la taille de pixel, avec le logiciel du fabricant, avec Fiji ou bfconvert (gratuits), avec quelques lignes de Python, ou dans SlideScope sans code. Préférez l’OME-TIFF à un TIFF simple : un TIFF simple perd généralement l’étalonnage et les métadonnées des canaux. Et tenez les données non publiées à l’écart des convertisseurs en ligne, qui téléversent votre fichier.

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OME-TIFF sans perteCanaux et étalonnage conservésAucun téléversement

Les façons de convertir un CZI en TIFF

OutilCoûtPlateformesRemarques
ZEISS ZENPayant ; ZEN lite est gratuitWindows uniquementImage Export (TIFF) et OME TIFF Export ; les tuiles ne sont pas disponibles pour OME TIFF Export
Fiji / ImageJ avec Bio-FormatsGratuit, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter vers OME-TIFF ; ne peut pas lire les CZI JPEG-XR sur Apple silicon
bfconvert (outils Bio-Formats)Gratuit, open sourceWindows, macOS, LinuxLigne de commande ; traitement par lots, BigTIFF, pyramides, compression
Python (bioio, pylibCZIrw)Gratuit, open sourceWindows, macOS, LinuxConversion par script ; nécessite Python
SlideScopePayant ; l’export de vos propres fichiers nécessite un abonnementWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF sans perte avec canaux et étalonnage, chaque scène d’un CZI multi-scènes, sans code ni téléversement

Les convertisseurs en ligne sont la seule option à éviter pour les données de recherche : ils téléversent le fichier sur le serveur de quelqu’un d’autre, et plusieurs ne savent pas du tout lire le CZI (convert.guru, par exemple, indique qu’il faut ZEN).

Convertir un CZI en TIFF dans ZEISS ZEN (Windows)

  1. Ouvrez le CZI dans ZEN et allez dans l’onglet Processing.
  2. Sous Method, choisissez Export/Import › OME TIFF Export (ou Image Export pour du TIFF simple, du BMP ou du JPEG).
  3. Définissez le dossier de sortie et les options, puis cliquez sur Apply. Pour de nombreux fichiers, utilisez Processing › Batch avec la méthode Image Export.

ZEISS précise que les tuiles ne sont pas disponibles pour OME TIFF Export. ZEN lite est l’édition gratuite de ZEISS ; ZEISS ne détaille pas ses fonctions d’export, mais un guide d’installation de l’Université de l’Arizona décrit son utilisation pour l’export. ZEN ne fonctionne que sous Windows.

Convertir un CZI en OME-TIFF dans Fiji ou avec bfconvert (gratuit)

  1. Dans Fiji, ouvrez le fichier CZI (il passe par l’importateur Bio-Formats).
  2. Choisissez Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter et enregistrez au format .ome.tif. Pour les fichiers de plus de 4 Go, utilisez une extension BigTIFF comme .ome.btf ; un simple .tif est limité à 4 Go.

Sans ouvrir Fiji, les outils Bio-Formats en ligne de commande convertissent depuis un terminal (téléchargez bftools.zip sur le site de Bio-Formats) :

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Le format de sortie dépend de l’extension ; la sortie n’est pas compressée sauf si vous passez -compression ; -series 0 ne convertit qu’une seule série. La forme pyramidale nécessite -noflat, que seul l’OME-TIFF prend en charge.

Convertir un CZI en Python

bioio lit les CZI (avec le plugin bioio-czi) et écrit de l’OME-TIFF (avec bioio-ome-tiff) :

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

pylibCZIrw, la bibliothèque de ZEISS, lit les plans et les régions des CZI (pyczi.open_czi(path), puis read(plane=...)) mais n’écrit pas de TIFF : associez-la à tifffile si vous voulez contrôler entièrement ce qui est écrit.

Convertir un CZI en OME-TIFF dans SlideScope (sans code)

  1. Ouvrez le fichier CZI dans SlideScope sous Windows ou Mac.
  2. Choisissez File › Export Current Image as TIFF… et une destination. SlideScope écrit un OME-TIFF sans perte (.ome.tif) avec les noms des canaux, leurs couleurs et la taille de pixel, et ne modifie jamais le fichier d’origine. Un CZI multi-scènes affiché une scène à la fois exporte la scène à l’écran, à la résolution propre à cette scène.
  3. Pour de nombreux fichiers, choisissez File › Open Folder, sélectionnez les fichiers et lancez “Export the selected files…” pour obtenir un OME-TIFF par fichier, chaque scène ou position y étant conservée comme une image distincte ; “Extract scenes from the selected files…” écrit au contraire chaque scène ou position dans un fichier séparé. Pour les grandes numérisations de lames, choisissez “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Ouvrez le résultat dans Fiji, QuPath ou tout lecteur OME-TIFF : Fiji confie les fichiers .ome.tif à Bio-Formats, qui lit l’étalonnage et les canaux.

L’export de vos propres fichiers nécessite un abonnement ; les échantillons intégrés s’exportent gratuitement. La conversion s’exécute sur votre propre ordinateur ; rien n’est téléversé.

Questions sur la conversion des CZI

Puis-je convertir un CZI en TIFF gratuitement ?

Oui. Fiji (gratuit) ouvre les CZI via Bio-Formats et enregistre de l’OME-TIFF avec Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, et la commande gratuite bfconvert fait de même depuis un terminal. Sur un PC Windows, ZEISS ZEN exporte aussi les CZI en TIFF et en OME-TIFF.

Dois-je exporter en TIFF ou en OME-TIFF ?

En OME-TIFF. C’est toujours un TIFF que la plupart des programmes ouvrent, mais il conserve dans ses métadonnées les noms des canaux, la taille de pixel et la structure Z et temps. Un TIFF simple ne conserve généralement que les pixels, si bien que les mesures faites dans d’autres logiciels sont exprimées en pixels au lieu de µm.

Pourquoi mon TIFF exporté apparaît-il noir ou très sombre ?

La plupart des images de microscope sont en 12 ou 16 bits, et une visionneuse qui affiche toute la plage 0-65 535 les fait paraître sombres. Les données sont intactes : ajustez la luminosité et le contraste (Image › Adjust › Brightness/Contrast dans Fiji) plutôt que de convertir en 8 bits, ce qui détruit de l’information.

Pourquoi mon CZI ne s’ouvre-t-il pas dans Fiji sur Mac ?

De nombreux fichiers CZI sont compressés en JPEG-XR, et Bio-Formats ne peut pas décoder le JPEG-XR sur les Mac Apple silicon, d’après la documentation de QuPath. Convertissez sur un ordinateur Windows ou Intel, ou utilisez SlideScope, qui lit les CZI avec son propre décodeur JPEG XR intégré, sous Windows comme sur Mac.

Comment convertir tout un dossier de fichiers CZI ?

Dans ZEN, utilisez Processing › Batch avec la méthode Image Export. Avec bfconvert, parcourez les fichiers en boucle dans un script shell. Dans SlideScope, ouvrez le dossier, sélectionnez les fichiers et lancez “Export the selected files…” pour obtenir un OME-TIFF par fichier, ou “Extract scenes from the selected files…” pour obtenir un fichier par scène.

SlideScope est-il gratuit ?

SlideScope est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) ; vos propres images nécessitent un abonnement à partir de $35/mois.

Explorez gratuitement la bibliothèque d’échantillons intégrée, avec tous les outils. Pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement : $35/mois, facturé dès la souscription (PayPal ou carte), annulable à tout moment depuis votre compte. Une facturation annuelle est proposée à $349.99/an, soit environ deux mois offerts.

Convertir sans téléverser

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