המרת CZI

המרת CZI ל-TIFF או ל-OME-TIFF ב-Windows וב-Mac

המירו קובצי CZI ל-OME-TIFF, ה-TIFF הפתוח ששומר את שמות הערוצים ואת גודל הפיקסל: בתוכנה של היצרן, ב-Fiji או ב-bfconvert החינמיים, בכמה שורות Python, או ב-SlideScope בלי קוד. העדיפו OME-TIFF על פני TIFF רגיל: TIFF רגיל בדרך כלל מאבד את הכיול ואת המטא-נתונים של הערוצים. והרחיקו נתונים שלא פורסמו מממירים מקוונים, שמעלים את הקובץ שלכם.

הורדת SlideScopeכל אפשרויות ההמרה
OME-TIFF ללא אובדןהערוצים והכיול נשמריםבלי העלאה

דרכים להמיר CZI ל-TIFF

כליעלותפלטפורמותהערות
ZEISS ZENבתשלום; ZEN lite חינמיWindows בלבדImage Export ‏(TIFF) ו-OME TIFF Export; אריחים אינם זמינים ב-OME TIFF Export
Fiji / ImageJ עם Bio-Formatsחינמי, קוד פתוחWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter ל-OME-TIFF; לא יכול לקרוא CZI בדחיסת JPEG-XR ב-Apple silicon
bfconvert (כלי Bio-Formats)חינמי, קוד פתוחWindows, macOS, Linuxשורת פקודה; עיבוד באצווה, BigTIFF, פירמידות, דחיסה
Python ‏(bioio,‏ pylibCZIrw)חינמי, קוד פתוחWindows, macOS, Linuxהמרה באמצעות סקריפט; דורש Python
SlideScopeבתשלום; ייצוא הקבצים שלכם דורש מנויWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF ללא אובדן עם ערוצים וכיול, כל סצנה של CZI מרובה סצנות, בלי קוד, בלי העלאה

ממירים מקוונים הם האפשרות היחידה שכדאי להימנע ממנה עם נתוני מחקר: הם מעלים את הקובץ לשרת של מישהו אחר, וכמה מהם לא יכולים לקרוא CZI בכלל (convert.guru, למשל, אומר שצריך את ZEN).

המרת CZI ל-TIFF ב-ZEISS ZEN ‏(Windows)

  1. פתחו את ה-CZI ב-ZEN ועברו ללשונית Processing.
  2. תחת Method, בחרו Export/Import › OME TIFF Export (או Image Export ל-TIFF רגיל, BMP או JPEG).
  3. הגדירו את תיקיית הפלט ואת האפשרויות ולחצו Apply. לקבצים רבים, השתמשו ב-Processing › Batch עם השיטה Image Export.

ZEISS מציינת שאריחים אינם זמינים ב-OME TIFF Export. ‏ZEN lite היא המהדורה החינמית של ZEISS; ‏ZEISS לא מפרטת את פונקציות הייצוא שלה, אם כי מדריך התקנה של University of Arizona מתאר שימוש בה לייצוא. ‏ZEN רצה ב-Windows בלבד.

המרת CZI ל-OME-TIFF ב-Fiji או עם bfconvert (בחינם)

  1. ב-Fiji, פתחו את קובץ ה-CZI (הוא עובר דרך ה-importer של Bio-Formats).
  2. בחרו Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter ושמרו בתור .ome.tif. לקבצים מעל 4 GB השתמשו בסיומת BigTIFF כמו .ome.btf; קובץ .tif רגיל מוגבל ל-4 GB.

בלי לפתוח את Fiji, כלי שורת הפקודה של Bio-Formats ממירים מהטרמינל (הורידו את bftools.zip מאתר Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

פורמט הפלט נקבע לפי הסיומת; הפלט אינו דחוס אלא אם מעבירים -compression; ‏-series 0 ממיר סדרה אחת בלבד. הצורה הפירמידלית דורשת -noflat, שנתמך רק ב-OME-TIFF.

המרת CZI ב-Python

bioio קורא CZI (עם התוסף bioio-czi) וכותב OME-TIFF (עם bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

pylibCZIrw של ZEISS עצמה קורא מישורים ואזורים מ-CZI (pyczi.open_czi(path), ואחר כך read(plane=...)) אבל לא כותב TIFF: שלבו אותו עם tifffile אם אתם צריכים שליטה מלאה במה שנכתב.

המרת CZI ל-OME-TIFF ב-SlideScope (בלי קוד)

  1. פתחו את קובץ ה-CZI ב-SlideScope ב-Windows או ב-Mac.
  2. בחרו File › Export Current Image as TIFF… ובחרו יעד. SlideScope כותב OME-TIFF ללא אובדן (.ome.tif) עם שמות הערוצים, הצבעים וגודל הפיקסל, ולעולם אינו משנה את הקובץ המקורי. כשצופים ב-CZI מרובה סצנות סצנה אחת בכל פעם, מיוצאת הסצנה שעל המסך, ברזולוציה של אותה סצנה.
  3. לקבצים רבים, בחרו File › Open Folder, בחרו את הקבצים והריצו “Export the selected files…” לקבלת OME-TIFF אחד לכל קובץ, כשכל סצנה או מיקום נשמרים בתוכו כתמונה נפרדת; לחלופין “Extract scenes from the selected files…” כותב כל סצנה או מיקום כקובץ נפרד. לסריקות שקופית גדולות בחרו “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. פתחו את התוצאה ב-Fiji, ב-QuPath או בכל קורא OME-TIFF: Fiji מעביר קובצי .ome.tif ל-Bio-Formats, שקורא את הכיול ואת הערוצים.

ייצוא הקבצים שלכם דורש מנוי; את הדוגמאות המובנות אפשר לייצא בחינם. ההמרה רצה במחשב שלכם; שום דבר לא מועלה.

שאלות על המרת CZI

אפשר להמיר CZI ל-TIFF בחינם?

כן. Fiji (חינמי) פותח CZI דרך Bio-Formats ושומר OME-TIFF דרך Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, ופקודת bfconvert החינמית עושה את אותו הדבר מהטרמינל. במחשב Windows, גם ZEISS ZEN מייצאת CZI ל-TIFF ול-OME-TIFF.

לייצא TIFF או OME-TIFF?

OME-TIFF. הוא עדיין TIFF שרוב התוכנות פותחות, אבל הוא שומר במטא-נתונים שלו את שמות הערוצים, את גודל הפיקסל ואת מבנה ה-Z והזמן. TIFF רגיל בדרך כלל שומר רק את הפיקסלים, כך שמדידות בתוכנות אחרות יוצאות בפיקסלים במקום ב-µm.

למה ה-TIFF שייצאתי נראה שחור או כהה מאוד?

רוב תמונות המיקרוסקופ הן של 12 או 16 ביט, ומציג שמראה את כל הטווח 0-65,535 גורם להן להיראות כהות. הנתונים תקינים: כווננו בהירות וניגודיות (Image › Adjust › Brightness/Contrast ב-Fiji) במקום להמיר ל-8 ביט, שמשליך מידע.

למה ה-CZI שלי לא נפתח ב-Fiji ב-Mac?

קובצי CZI רבים דחוסים ב-JPEG-XR, ולפי התיעוד של QuPath, ‏Bio-Formats לא יכול לפענח JPEG-XR במחשבי Mac עם Apple silicon. המירו במחשב Windows או Intel, או השתמשו ב-SlideScope, שקורא CZI עם מפענח JPEG XR משלו שמגיע איתו, גם ב-Windows וגם ב-Mac.

איך ממירים תיקייה שלמה של קובצי CZI?

ב-ZEN, השתמשו ב-Processing › Batch עם השיטה Image Export. עם bfconvert, עברו בלולאה על הקבצים בסקריפט shell. ב-SlideScope, פתחו את התיקייה, בחרו את הקבצים והריצו “Export the selected files…” לקבלת OME-TIFF אחד לכל קובץ, או “Extract scenes from the selected files…” לקבלת קובץ אחד לכל סצנה.

האם SlideScope חינמי?

SlideScope היא אפליקציה בתשלום עם ספריית דוגמאות חינמית (כל הכלים); התמונות שלכם דורשות מנוי החל מ-$35 לחודש.

גלו את ספריית הדוגמאות המובנית בחינם, עם כל הכלים. כדי לפתוח את התמונות שלכם נדרש מנוי: $35 לחודש, בחיוב ברגע ההרשמה (PayPal או כרטיס), ואפשר לבטל בכל עת מהחשבון. קיים גם חיוב שנתי ב-$349.99 לשנה, שיוצא בערך חודשיים חינם.

המרה בלי העלאה

נסו בחינם על הדוגמאות המובנות, ואחר כך פתחו את קובצי ה-CZI שלכם וייצאו OME-TIFF ללא אובדן עם מנוי. כבר החלטתם? הירשמו למנוי עכשיו.

הורדת SlideScope