Konversi CZI

Konversi CZI ke TIFF atau OME-TIFF di Windows dan Mac

Konversikan berkas CZI ke OME-TIFF, format TIFF terbuka yang mempertahankan nama kanal dan ukuran piksel, dengan perangkat lunak vendor, dengan Fiji atau bfconvert yang gratis, dengan beberapa baris Python, atau di SlideScope tanpa kode. Pilih OME-TIFF daripada TIFF biasa: TIFF biasa umumnya kehilangan kalibrasi dan metadata kanal. Dan jauhkan data yang belum dipublikasikan dari konverter online, yang mengunggah berkas Anda.

Unduh SlideScopeSemua opsi konversi
OME-TIFF losslessKanal dan kalibrasi dipertahankanTanpa unggahan

Cara mengonversi CZI ke TIFF

AlatBiayaPlatformCatatan
ZEISS ZENBerbayar; ZEN lite gratisHanya WindowsImage Export (TIFF) dan OME TIFF Export; tile tidak tersedia untuk OME TIFF Export
Fiji / ImageJ dengan Bio-FormatsGratis, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter ke OME-TIFF; tidak dapat membaca CZI JPEG-XR di Apple silicon
bfconvert (alat Bio-Formats)Gratis, open sourceWindows, macOS, LinuxBaris perintah; batch, BigTIFF, piramida, kompresi
Python (bioio, pylibCZIrw)Gratis, open sourceWindows, macOS, LinuxKonversi berbasis skrip; memerlukan Python
SlideScopeBerbayar; mengekspor berkas Anda sendiri memerlukan langgananWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF lossless dengan kanal dan kalibrasi, setiap scene dari CZI multi-scene, tanpa kode, tanpa unggahan

Konverter online adalah satu-satunya opsi yang sebaiknya dihindari untuk data riset: konverter tersebut mengunggah berkas ke server pihak lain, dan beberapa di antaranya sama sekali tidak dapat membaca CZI (convert.guru, misalnya, menyatakan bahwa Anda memerlukan ZEN).

Konversi CZI ke TIFF di ZEISS ZEN (Windows)

  1. Buka CZI di ZEN lalu masuk ke tab Processing.
  2. Di bawah Method, pilih Export/Import › OME TIFF Export (atau Image Export untuk TIFF biasa, BMP, atau JPEG).
  3. Tentukan folder keluaran dan opsinya, lalu klik Apply. Untuk banyak berkas, gunakan Processing › Batch dengan metode Image Export.

ZEISS mencatat bahwa tile tidak tersedia untuk OME TIFF Export. ZEN lite adalah edisi gratis dari ZEISS; ZEISS tidak mencantumkan fungsi ekspornya, meskipun panduan instalasi dari University of Arizona menjelaskan penggunaannya untuk ekspor. ZEN hanya berjalan di Windows.

Konversi CZI ke OME-TIFF di Fiji atau dengan bfconvert (gratis)

  1. Di Fiji, buka berkas CZI (berkas melewati importer Bio-Formats).
  2. Pilih Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter dan simpan sebagai .ome.tif. Untuk berkas di atas 4 GB, gunakan ekstensi BigTIFF seperti .ome.btf; .tif biasa terbatas pada 4 GB.

Tanpa membuka Fiji, alat baris perintah Bio-Formats dapat mengonversi dari terminal (unduh bftools.zip dari situs Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Format keluaran mengikuti ekstensinya; keluaran tidak dikompresi kecuali Anda menambahkan -compression; -series 0 hanya mengonversi satu series. Bentuk piramida memerlukan -noflat, yang hanya didukung oleh OME-TIFF.

Konversi CZI dengan Python

bioio membaca CZI (dengan plugin bioio-czi) dan menulis OME-TIFF (dengan bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

pylibCZIrw milik ZEISS sendiri membaca plane dan region CZI (pyczi.open_czi(path), lalu read(plane=...)) tetapi tidak menulis TIFF: pasangkan dengan tifffile jika Anda memerlukan kendali penuh atas apa yang ditulis.

Konversi CZI ke OME-TIFF di SlideScope (tanpa kode)

  1. Buka berkas CZI di SlideScope di Windows atau Mac.
  2. Pilih File › Export Current Image as TIFF… lalu tentukan tujuannya. SlideScope menulis OME-TIFF lossless (.ome.tif) dengan nama kanal, warna, dan ukuran piksel, serta tidak pernah mengubah berkas asli. CZI multi-scene yang dilihat satu scene sekaligus akan mengekspor scene yang tampil di layar, pada resolusi scene itu sendiri.
  3. Untuk banyak berkas, pilih File › Open Folder, pilih berkas-berkasnya, lalu jalankan “Export the selected files…” untuk satu OME-TIFF per berkas, dengan setiap scene atau posisi disimpan sebagai citra tersendiri di dalamnya; “Extract scenes from the selected files…” justru menulis setiap scene atau posisi sebagai berkas terpisah. Untuk hasil pemindaian slide yang besar, pilih “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Buka hasilnya di Fiji, QuPath, atau pembaca OME-TIFF mana pun: Fiji meneruskan berkas .ome.tif ke Bio-Formats, yang membaca kalibrasi dan kanalnya.

Mengekspor berkas Anda sendiri memerlukan langganan; sampel bawaan dapat diekspor secara gratis. Konversi berjalan di komputer Anda sendiri; tidak ada yang diunggah.

Pertanyaan seputar konversi CZI

Bisakah saya mengonversi CZI ke TIFF secara gratis?

Bisa. Fiji (gratis) membuka CZI melalui Bio-Formats dan menyimpan OME-TIFF dengan Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, dan perintah bfconvert yang gratis melakukan hal yang sama dari terminal. Di PC Windows, ZEISS ZEN juga dapat mengekspor CZI ke TIFF dan OME-TIFF.

Sebaiknya saya mengekspor TIFF atau OME-TIFF?

OME-TIFF. Format ini tetap berupa TIFF yang dapat dibuka sebagian besar program, tetapi menyimpan nama kanal, ukuran piksel, serta struktur Z dan waktu dalam metadatanya. TIFF biasa umumnya hanya menyimpan pikselnya, sehingga pengukuran di perangkat lunak lain keluar dalam piksel, bukan µm.

Mengapa TIFF hasil ekspor saya tampak hitam atau sangat gelap?

Sebagian besar citra mikroskop berkedalaman 12 atau 16-bit, dan penampil yang menampilkan rentang penuh 0-65.535 membuatnya tampak gelap. Datanya tidak bermasalah: sesuaikan kecerahan dan kontras (Image › Adjust › Brightness/Contrast di Fiji) alih-alih mengonversi ke 8-bit, yang membuang informasi.

Mengapa CZI saya tidak terbuka di Fiji pada Mac?

Banyak berkas CZI dikompresi dengan JPEG-XR, dan Bio-Formats tidak dapat mendekode JPEG-XR di Mac Apple silicon, menurut dokumentasi QuPath. Lakukan konversi di komputer Windows atau Intel, atau gunakan SlideScope, yang membaca CZI dengan dekoder JPEG XR bawaannya sendiri di Windows maupun Mac.

Bagaimana cara mengonversi satu folder penuh berkas CZI?

Di ZEN, gunakan Processing › Batch dengan metode Image Export. Dengan bfconvert, ulangi perintah untuk setiap berkas dalam skrip shell. Di SlideScope, buka folder, pilih berkas-berkasnya, lalu jalankan “Export the selected files…” untuk satu OME-TIFF per berkas, atau “Extract scenes from the selected files…” untuk satu berkas per scene.

Apakah SlideScope gratis?

SlideScope adalah aplikasi berbayar dengan pustaka sampel gratis (semua alat); citra Anda sendiri memerlukan langganan mulai $35/bulan.

Jelajahi pustaka sampel bawaan secara gratis, dengan semua alat. Membuka citra Anda sendiri memerlukan langganan: $35/bulan, ditagih saat Anda berlangganan (PayPal atau kartu), dan Anda dapat membatalkan kapan saja dari akun Anda. Tagihan tahunan tersedia seharga $349.99/tahun, setara dengan sekitar dua bulan gratis.

Konversi tanpa mengunggah

Coba gratis pada sampel bawaan, lalu buka berkas CZI Anda sendiri dan ekspor OME-TIFF lossless dengan langganan. Sudah memutuskan? Berlangganan sekarang.

Unduh SlideScope