CZI の変換

Windows と Mac で CZI を TIFF または OME-TIFF に変換する

CZI ファイルは、チャンネル名とピクセルサイズを保持するオープンな TIFF である OME-TIFF に変換できます。方法は、ベンダーのソフトウェア、無料の Fiji や bfconvert、数行の Python、またはコード不要の SlideScope です。通常の TIFF より OME-TIFF をお勧めします。通常の TIFF では、たいてい校正情報とチャンネルのメタデータが失われるためです。また、未発表のデータはファイルをアップロードするオンライン変換サービスに渡さないでください。

SlideScope をダウンロードすべての変換方法
可逆の OME-TIFFチャンネルと校正情報を保持アップロードなし

CZI を TIFF に変換する方法

ツール費用プラットフォーム備考
ZEISS ZEN有料。ZEN lite は無料Windows のみImage Export（TIFF）と OME TIFF Export。OME TIFF Export ではタイルは利用できません
Fiji / ImageJ（Bio-Formats 使用）無料、オープンソースWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter で OME-TIFF に。Apple シリコンでは JPEG-XR 圧縮の CZI を読み込めません
bfconvert（Bio-Formats ツール）無料、オープンソースWindows, macOS, Linuxコマンドライン。バッチ、BigTIFF、ピラミッド、圧縮に対応
Python（bioio、pylibCZIrw）無料、オープンソースWindows, macOS, Linuxスクリプトによる変換。Python が必要
SlideScope有料。ご自身のファイルの書き出しにはサブスクリプションが必要Windows 10/11, macOS 14+チャンネルと校正情報を保持した可逆の OME-TIFF。マルチシーン CZI のすべてのシーンに対応。コード不要、アップロードなし

研究データについて避けるべき唯一の選択肢はオンライン変換サービスです。ファイルが他者のサーバーにアップロードされるうえ、CZI をまったく読み込めないサービスもいくつかあります（たとえば convert.guru は ZEN が必要だと案内しています）。

ZEISS ZEN で CZI を TIFF に変換する（Windows）

  1. ZEN で CZI を開き、Processing タブに移動します。
  2. Method で Export/Import › OME TIFF Export を選びます（通常の TIFF、BMP、JPEG の場合は Image Export）。
  3. 出力フォルダーとオプションを設定し、Apply をクリックします。多数のファイルを扱う場合は、Processing › Batch で Image Export メソッドを使います。

ZEISS は、OME TIFF Export ではタイルを利用できないと記載しています。ZEN lite は ZEISS の無料版です。ZEISS はその書き出し機能を明記していませんが、University of Arizona のインストールガイドには書き出しに使う方法が説明されています。ZEN は Windows でのみ動作します。

Fiji または bfconvert で CZI を OME-TIFF に変換する（無料）

  1. Fiji で CZI ファイルを開きます（Bio-Formats インポーターを経由します）。
  2. Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter を選び、.ome.tif として保存します。4 GB を超えるファイルには .ome.btf などの BigTIFF 拡張子を使ってください。通常の .tif は 4 GB が上限です。

Fiji を開かなくても、Bio-Formats のコマンドラインツールでターミナルから変換できます（Bio-Formats のサイトから bftools.zip をダウンロードしてください）：

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

出力形式は拡張子で決まります。-compression を指定しない限り出力は非圧縮です。-series 0 を指定すると 1 つのシリーズだけを変換します。ピラミッド形式には -noflat が必要で、これに対応しているのは OME-TIFF だけです。

Python で CZI を変換する

bioio は CZI を読み込み（bioio-czi プラグインを使用）、OME-TIFF を書き出せます（bioio-ome-tiff を使用）：

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

ZEISS 純正の pylibCZIrw は CZI の平面と領域を読み込めます（pyczi.open_czi(path) の後に read(plane=...)）が、TIFF は書き出せません。書き出す内容を細かく制御したい場合は tifffile と組み合わせてください。

SlideScope で CZI を OME-TIFF に変換する（コード不要）

  1. Windows または Mac の SlideScope で CZI ファイルを開きます。
  2. File › Export Current Image as TIFF… を選び、保存先を指定します。SlideScope はチャンネル名、色、ピクセルサイズを含む可逆の OME-TIFF（.ome.tif）を書き出し、元のファイルは一切変更しません。マルチシーン CZI をシーンごとに表示している場合は、画面上のシーンがそのシーン本来の解像度で書き出されます。
  3. 多数のファイルを扱う場合は、File › Open Folder を選んでファイルを選択し、“Export the selected files…” を実行すると、ファイルごとに 1 つの OME-TIFF が作成され、各シーンや各位置はその中の個別の画像として保持されます。代わりに “Extract scenes from the selected files…” を使うと、各シーンや各位置が別々のファイルとして書き出されます。大きなスライドスキャンでは “Full resolution: every scanned pixel” を選んでください。
  4. 結果を Fiji、QuPath、または任意の OME-TIFF リーダーで開きます。Fiji は .ome.tif ファイルを Bio-Formats に渡し、Bio-Formats が校正情報とチャンネルを読み取ります。

ご自身のファイルの書き出しにはサブスクリプションが必要です。内蔵サンプルは無料で書き出せます。変換はご自身のコンピューター上で行われ、何もアップロードされません。

CZI の変換に関するよくある質問

CZI を無料で TIFF に変換できますか？

はい。無料の Fiji は Bio-Formats を通じて CZI を開き、Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter で OME-TIFF を保存できます。無料の bfconvert コマンドを使えば、ターミナルから同じことができます。Windows PC であれば、ZEISS ZEN でも CZI を TIFF や OME-TIFF に書き出せます。

TIFF と OME-TIFF のどちらで書き出すべきですか？

OME-TIFF です。多くのプログラムで開ける TIFF であることに変わりはありませんが、チャンネル名、ピクセルサイズ、Z と時間の構造がメタデータに保持されます。通常の TIFF はたいていピクセルしか保持しないため、別のソフトで計測すると結果が µm ではなくピクセル単位になります。

書き出した TIFF が真っ黒、または非常に暗く見えるのはなぜですか？

顕微鏡画像の多くは 12 ビットまたは 16 ビットで、0-65,535 の全範囲を表示するビューアでは暗く見えます。データ自体には問題ありません。情報が失われる 8 ビットへの変換ではなく、明るさとコントラストを調整してください（Fiji では Image › Adjust › Brightness/Contrast）。

Mac の Fiji で CZI が開けないのはなぜですか？

QuPath のドキュメントによると、多くの CZI ファイルは JPEG-XR で圧縮されており、Bio-Formats は Apple シリコン搭載の Mac では JPEG-XR をデコードできません。Windows または Intel のコンピューターで変換するか、Windows と Mac の両方で独自に同梱した JPEG XR デコーダーを使って CZI を読み込む SlideScope をお使いください。

フォルダー内の CZI ファイルをまとめて変換するには？

ZEN では、Processing › Batch で Image Export メソッドを使います。bfconvert では、シェルスクリプトでファイルをループ処理します。SlideScope では、フォルダーを開いてファイルを選択し、“Export the selected files…” を実行するとファイルごとに 1 つの OME-TIFF が、“Extract scenes from the selected files…” を実行するとシーンごとに 1 つのファイルが作成されます。

SlideScope は無料ですか？

SlideScope は無料のサンプルライブラリ（全ツール利用可）が付属する有料アプリです。ご自身の画像を開くには月額 $35 からのサブスクリプションが必要です。

内蔵のサンプルライブラリは、すべてのツールとともに無料でお使いいただけます。ご自身の画像を開くにはサブスクリプションが必要です：月額 $35、ご登録時に請求（PayPal またはカード）、アカウントからいつでも解約できます。年額払いは年 $349.99 で、約 2 か月分お得です。

アップロードせずに変換

内蔵サンプルで無料でお試しいただき、サブスクリプションでご自身の CZI ファイルを開いて可逆の OME-TIFF に書き出せます。もうお決まりですか？今すぐ登録。

SlideScope をダウンロード