CZI 변환

Windows 및 Mac에서 CZI를 TIFF 또는 OME-TIFF로 변환하기

CZI 파일은 채널 이름과 픽셀 크기를 유지하는 개방형 TIFF인 OME-TIFF로 변환하세요. 제조사 소프트웨어, 무료 Fiji나 bfconvert, 몇 줄의 Python 코드, 또는 코드 없이 SlideScope로 변환할 수 있습니다. 일반 TIFF보다 OME-TIFF를 권장합니다. 일반 TIFF는 보통 교정 정보와 채널 메타데이터를 잃습니다. 또한 미발표 데이터는 파일을 업로드하는 온라인 변환기에 올리지 마세요.

SlideScope 다운로드모든 변환 방법
무손실 OME-TIFF채널과 교정 정보 유지업로드 없음

CZI를 TIFF로 변환하는 방법

도구비용플랫폼비고
ZEISS ZEN유료, ZEN lite는 무료Windows 전용Image Export(TIFF)와 OME TIFF Export, OME TIFF Export에서는 타일을 사용할 수 없음
Fiji / ImageJ와 Bio-Formats무료, 오픈 소스Windows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter로 OME-TIFF 저장, Apple silicon에서는 JPEG-XR CZI를 읽을 수 없음
bfconvert(Bio-Formats 도구)무료, 오픈 소스Windows, macOS, Linux명령줄, 일괄 처리, BigTIFF, 피라미드, 압축
Python(bioio, pylibCZIrw)무료, 오픈 소스Windows, macOS, Linux스크립트 기반 변환, Python 필요
SlideScope유료, 내 파일을 내보내려면 구독 필요Windows 10/11, macOS 14+채널과 교정 정보를 유지하는 무손실 OME-TIFF, 멀티 장면 CZI의 모든 장면, 코드 불필요, 업로드 없음

연구 데이터에는 온라인 변환기만큼은 피해야 합니다. 파일을 다른 사람의 서버에 업로드하며, 여러 변환기는 CZI를 아예 읽지 못합니다(예를 들어 convert.guru는 ZEN이 필요하다고 안내합니다).

ZEISS ZEN에서 CZI를 TIFF로 변환하기(Windows)

  1. ZEN에서 CZI를 열고 Processing 탭으로 이동합니다.
  2. Method에서 Export/Import › OME TIFF Export를 선택합니다(일반 TIFF, BMP 또는 JPEG는 Image Export).
  3. 출력 폴더와 옵션을 설정하고 Apply를 클릭합니다. 파일이 많다면 Processing › Batch에서 Image Export 방법을 사용하세요.

ZEISS는 OME TIFF Export에서 타일을 사용할 수 없다고 밝히고 있습니다. ZEN lite는 ZEISS의 무료 버전입니다. ZEISS는 그 내보내기 기능을 명시하지 않지만, University of Arizona의 설치 가이드에는 내보내기에 사용하는 방법이 설명되어 있습니다. ZEN은 Windows에서만 실행됩니다.

Fiji 또는 bfconvert로 CZI를 OME-TIFF로 변환하기(무료)

  1. Fiji에서 CZI 파일을 엽니다(Bio-Formats 가져오기 도구를 거칩니다).
  2. Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter를 선택하고 .ome.tif로 저장합니다. 4 GB를 넘는 파일에는 .ome.btf 같은 BigTIFF 확장자를 사용하세요. 일반 .tif는 4 GB로 제한됩니다.

Fiji를 열지 않고도 Bio-Formats 명령줄 도구로 터미널에서 변환할 수 있습니다(Bio-Formats 사이트에서 bftools.zip을 다운로드하세요):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

출력 형식은 확장자를 따릅니다. -compression을 지정하지 않으면 압축되지 않은 파일이 출력되며, -series 0은 시리즈 하나만 변환합니다. 피라미드 형식에는 -noflat이 필요하며, 이는 OME-TIFF에서만 지원됩니다.

Python으로 CZI 변환하기

bioio는 CZI를 읽고(bioio-czi 플러그인 사용) OME-TIFF를 씁니다(bioio-ome-tiff 사용).

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

ZEISS의 자체 라이브러리 pylibCZIrw는 CZI의 평면과 영역을 읽지만(pyczi.open_czi(path) 후 read(plane=...)) TIFF는 쓰지 않습니다. 기록되는 내용을 완전히 제어해야 한다면 tifffile과 함께 사용하세요.

SlideScope에서 CZI를 OME-TIFF로 변환하기(코드 불필요)

  1. Windows 또는 Mac의 SlideScope에서 CZI 파일을 엽니다.
  2. File › Export Current Image as TIFF…를 선택하고 저장 위치를 고릅니다. SlideScope는 채널 이름, 색상, 픽셀 크기를 담은 무손실 OME-TIFF(.ome.tif)를 기록하며 원본 파일은 절대 변경하지 않습니다. 멀티 장면 CZI를 한 번에 한 장면씩 보고 있다면 화면에 표시된 장면을 그 장면 고유의 해상도로 내보냅니다.
  3. 파일이 많다면 File › Open Folder를 선택하고 파일을 고른 다음 “Export the selected files…”를 실행하세요. 파일마다 OME-TIFF 하나가 만들어지며, 각 장면이나 위치는 그 안에 별도의 이미지로 유지됩니다. 반면 “Extract scenes from the selected files…”는 각 장면이나 위치를 별도 파일로 저장합니다. 대용량 슬라이드 스캔에는 “Full resolution: every scanned pixel”을 선택하세요.
  4. 결과를 Fiji, QuPath 또는 다른 OME-TIFF 리더에서 엽니다. Fiji는 .ome.tif 파일을 Bio-Formats로 넘기며, Bio-Formats가 교정 정보와 채널을 읽습니다.

내 파일을 내보내려면 구독이 필요하며, 내장 샘플은 무료로 내보낼 수 있습니다. 변환은 내 컴퓨터에서 실행되며 아무것도 업로드되지 않습니다.

CZI 변환 관련 질문

CZI를 TIFF로 무료로 변환할 수 있나요?

예. 무료인 Fiji는 Bio-Formats로 CZI를 열고 Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter로 OME-TIFF를 저장하며, 무료 bfconvert 명령은 터미널에서 같은 작업을 합니다. Windows PC에서는 ZEISS ZEN으로도 CZI를 TIFF와 OME-TIFF로 내보낼 수 있습니다.

TIFF와 OME-TIFF 중 무엇으로 내보내야 하나요?

OME-TIFF입니다. 대부분의 프로그램이 여는 TIFF이면서도 채널 이름, 픽셀 크기, Z 및 시간 구조를 메타데이터에 유지합니다. 일반 TIFF는 보통 픽셀만 남기므로 다른 소프트웨어에서 측정하면 µm 대신 픽셀 단위로 나옵니다.

내보낸 TIFF가 검게 또는 아주 어둡게 보이는 이유는 무엇인가요?

대부분의 현미경 이미지는 12비트 또는 16비트여서, 0-65,535 전체 범위를 표시하는 뷰어에서는 어둡게 보입니다. 데이터에는 문제가 없습니다. 정보를 버리는 8비트 변환 대신 밝기와 대비를 조정하세요(Fiji에서는 Image › Adjust › Brightness/Contrast).

Mac의 Fiji에서 CZI가 열리지 않는 이유는 무엇인가요?

QuPath 문서에 따르면 많은 CZI 파일이 JPEG-XR로 압축되어 있고, Bio-Formats는 Apple silicon Mac에서 JPEG-XR을 디코딩할 수 없습니다. Windows나 Intel 컴퓨터에서 변환하거나, Windows와 Mac 모두에서 자체 내장 JPEG XR 디코더로 CZI를 읽는 SlideScope를 사용하세요.

CZI 파일이 들어 있는 폴더 전체를 변환하려면 어떻게 하나요?

ZEN에서는 Processing › Batch에서 Image Export 방법을 사용합니다. bfconvert는 셸 스크립트에서 파일을 반복 처리하면 됩니다. SlideScope에서는 폴더를 열고 파일을 선택한 뒤, 파일마다 OME-TIFF 하나를 원하면 “Export the selected files…”를, 장면마다 파일 하나를 원하면 “Extract scenes from the selected files…”를 실행하세요.

SlideScope는 무료인가요?

SlideScope는 무료 샘플 라이브러리(모든 도구 포함)가 있는 유료 앱이며, 내 이미지를 열려면 월 $35부터 시작하는 구독이 필요합니다.

내장 샘플 라이브러리는 모든 도구와 함께 무료로 둘러볼 수 있습니다. 내 이미지를 열려면 구독이 필요합니다. 월 $35이며 구독하는 시점에 청구되고(PayPal 또는 카드), 계정에서 언제든지 취소할 수 있습니다. 연간 결제는 연 $349.99로, 약 두 달 무료에 해당합니다.

업로드 없이 변환하기

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