Konwersja CZI

Konwersja CZI do TIFF lub OME-TIFF na Windows i Macu

Konwertuj pliki CZI do OME-TIFF, otwartego formatu TIFF, który zachowuje nazwy kanałów i rozmiar piksela: w oprogramowaniu producenta, w bezpłatnym Fiji lub bfconvert, kilkoma linijkami Pythona albo w SlideScope bez pisania kodu. Wybieraj OME-TIFF zamiast zwykłego TIFF: zwykły TIFF zazwyczaj traci kalibrację i metadane kanałów. Nie wrzucaj też nieopublikowanych danych do konwerterów online, które wysyłają Twój plik.

Pobierz SlideScopeWszystkie sposoby konwersji
Bezstratny OME-TIFFKanały i kalibracja zachowaneBez wysyłania plików

Sposoby konwersji CZI do TIFF

NarzędzieKosztPlatformyUwagi
ZEISS ZENPłatny; ZEN lite jest bezpłatnyTylko WindowsImage Export (TIFF) i OME TIFF Export; kafelki nie są dostępne w OME TIFF Export
Fiji / ImageJ z Bio-FormatsBezpłatne, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter do OME-TIFF; nie odczytuje CZI z kompresją JPEG-XR na komputerach z Apple silicon
bfconvert (narzędzia Bio-Formats)Bezpłatne, open sourceWindows, macOS, LinuxWiersz poleceń; przetwarzanie wsadowe, BigTIFF, piramidy, kompresja
Python (bioio, pylibCZIrw)Bezpłatne, open sourceWindows, macOS, LinuxKonwersja skryptowa; wymaga Pythona
SlideScopePłatny; eksport własnych plików wymaga subskrypcjiWindows 10/11, macOS 14+Bezstratny OME-TIFF z kanałami i kalibracją, każda scena wieloscenowego pliku CZI, bez kodu, bez wysyłania plików

Konwertery online to jedyna opcja, której należy unikać w przypadku danych badawczych: wysyłają plik na cudzy serwer, a kilka z nich w ogóle nie odczytuje CZI (convert.guru na przykład informuje, że potrzebny jest ZEN).

Konwersja CZI do TIFF w ZEISS ZEN (Windows)

  1. Otwórz plik CZI w ZEN i przejdź na kartę Processing.
  2. W sekcji Method wybierz Export/Import › OME TIFF Export (lub Image Export dla zwykłego TIFF, BMP albo JPEG).
  3. Ustaw folder docelowy i opcje, a następnie kliknij Apply. W przypadku wielu plików użyj Processing › Batch z metodą Image Export.

ZEISS zaznacza, że kafelki nie są dostępne w OME TIFF Export. ZEN lite to bezpłatna edycja ZEISS; ZEISS nie wymienia jej funkcji eksportu, choć przewodnik instalacji University of Arizona opisuje użycie jej do eksportu. ZEN działa tylko na Windows.

Konwersja CZI do OME-TIFF w Fiji lub za pomocą bfconvert (bezpłatnie)

  1. W Fiji otwórz plik CZI (zostanie wczytany przez importer Bio-Formats).
  2. Wybierz Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter i zapisz jako .ome.tif. Dla plików powyżej 4 GB użyj rozszerzenia BigTIFF, np. .ome.btf; zwykły .tif jest ograniczony do 4 GB.

Bez otwierania Fiji narzędzia wiersza poleceń Bio-Formats konwertują pliki z terminala (pobierz bftools.zip ze strony Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Format wyjściowy wynika z rozszerzenia; wynik jest nieskompresowany, chyba że podasz -compression; -series 0 konwertuje tylko jedną serię. Postać piramidalna wymaga -noflat, co obsługuje tylko OME-TIFF.

Konwersja CZI w Pythonie

bioio odczytuje CZI (z wtyczką bioio-czi) i zapisuje OME-TIFF (z bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

Własna biblioteka ZEISS pylibCZIrw odczytuje płaszczyzny i regiony CZI (pyczi.open_czi(path), a następnie read(plane=...)), ale nie zapisuje TIFF: połącz ją z tifffile, jeśli potrzebujesz pełnej kontroli nad tym, co zostanie zapisane.

Konwersja CZI do OME-TIFF w SlideScope (bez kodu)

  1. Otwórz plik CZI w SlideScope na Windows lub Macu.
  2. Wybierz File › Export Current Image as TIFF… i wskaż miejsce zapisu. SlideScope zapisuje bezstratny OME-TIFF (.ome.tif) z nazwami kanałów, kolorami i rozmiarem piksela i nigdy nie zmienia oryginalnego pliku. Wieloscenowy plik CZI oglądany po jednej scenie eksportuje scenę widoczną na ekranie, we własnej rozdzielczości tej sceny.
  3. W przypadku wielu plików wybierz File › Open Folder, zaznacz pliki i uruchom “Export the selected files…”, aby uzyskać jeden OME-TIFF na plik, w którym każda scena lub pozycja jest osobnym obrazem; “Extract scenes from the selected files…” zapisuje natomiast każdą scenę lub pozycję jako osobny plik. W przypadku dużych skanów preparatów wybierz “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Otwórz wynik w Fiji, QuPath lub dowolnym czytniku OME-TIFF: Fiji przekazuje pliki .ome.tif do Bio-Formats, które odczytuje kalibrację i kanały.

Eksport własnych plików wymaga subskrypcji; wbudowane przykłady eksportuje się bezpłatnie. Konwersja odbywa się na Twoim komputerze; nic nie jest wysyłane.

Pytania o konwersję CZI

Czy mogę bezpłatnie przekonwertować CZI do TIFF?

Tak. Bezpłatne Fiji otwiera CZI przez Bio-Formats i zapisuje OME-TIFF przez Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, a bezpłatne polecenie bfconvert robi to samo z terminala. Na komputerze z Windows ZEISS ZEN również eksportuje CZI do TIFF i OME-TIFF.

Eksportować do TIFF czy OME-TIFF?

Do OME-TIFF. To nadal TIFF, który otwiera większość programów, ale w metadanych zachowuje nazwy kanałów, rozmiar piksela oraz strukturę Z i czasu. Zwykły TIFF zazwyczaj zachowuje tylko piksele, więc pomiary w innych programach wychodzą w pikselach zamiast w µm.

Dlaczego wyeksportowany TIFF jest czarny lub bardzo ciemny?

Większość obrazów mikroskopowych jest 12- lub 16-bitowa, a przeglądarka pokazująca pełny zakres 0-65 535 sprawia, że wyglądają na ciemne. Dane są w porządku: dostosuj jasność i kontrast (Image › Adjust › Brightness/Contrast w Fiji), zamiast konwertować do 8 bitów, co powoduje utratę informacji.

Dlaczego mój plik CZI nie otwiera się w Fiji na Macu?

Wiele plików CZI ma kompresję JPEG-XR, a według dokumentacji QuPath Bio-Formats nie potrafi dekodować JPEG-XR na Macach z Apple silicon. Przekonwertuj plik na komputerze z Windows lub procesorem Intel albo użyj SlideScope, który odczytuje CZI własnym, dołączonym dekoderem JPEG XR zarówno na Windows, jak i na Macu.

Jak przekonwertować cały folder plików CZI?

W ZEN użyj Processing › Batch z metodą Image Export. Z bfconvert przetwarzaj pliki w pętli w skrypcie powłoki. W SlideScope otwórz folder, zaznacz pliki i uruchom “Export the selected files…”, aby uzyskać jeden OME-TIFF na plik, albo “Extract scenes from the selected files…”, aby uzyskać jeden plik na scenę.

Czy SlideScope jest bezpłatny?

SlideScope to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia); własne obrazy wymagają subskrypcji od $35/miesiąc.

Przeglądaj bezpłatnie wbudowaną bibliotekę przykładów, ze wszystkimi narzędziami. Do otwierania własnych obrazów potrzebna jest subskrypcja: $35/miesiąc, płatne w chwili jej wykupienia (PayPal lub karta), a anulujesz ją w dowolnym momencie na swoim koncie. Dostępne jest rozliczenie roczne za $349.99/rok, co daje około dwóch miesięcy gratis.

Konwersja bez wysyłania plików

Wypróbuj za darmo na wbudowanych przykładach, a potem z subskrypcją otwieraj własne pliki CZI i eksportuj bezstratny OME-TIFF. Już zdecydowane? Subskrybuj teraz.

Pobierz SlideScope