Conversão de CZI

Converta CZI para TIFF ou OME-TIFF no Windows e no Mac

Converta arquivos CZI para OME-TIFF, o TIFF aberto que mantém os nomes dos canais e o tamanho de pixel, com o software do fabricante, com o Fiji ou o bfconvert gratuitos, com algumas linhas de Python ou no SlideScope, sem código. Prefira OME-TIFF a um TIFF simples: um TIFF simples costuma perder a calibração e os metadados dos canais. E não coloque dados não publicados em conversores online, que enviam o seu arquivo.

Baixar o SlideScopeTodas as opções de conversão
OME-TIFF sem perdasCanais e calibração preservadosSem upload

Formas de converter CZI para TIFF

FerramentaCustoPlataformasObservações
ZEISS ZENPago; o ZEN lite é gratuitoSomente WindowsImage Export (TIFF) e OME TIFF Export; blocos não estão disponíveis no OME TIFF Export
Fiji / ImageJ com Bio-FormatsGratuito, de código abertoWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter para OME-TIFF; não lê CZI com JPEG-XR em Apple silicon
bfconvert (ferramentas do Bio-Formats)Gratuito, de código abertoWindows, macOS, LinuxLinha de comando; lote, BigTIFF, pirâmides, compressão
Python (bioio, pylibCZIrw)Gratuito, de código abertoWindows, macOS, LinuxConversão por script; exige Python
SlideScopePago; exportar os seus próprios arquivos exige uma assinaturaWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF sem perdas com canais e calibração, todas as cenas de um CZI com várias cenas, sem código e sem upload

Os conversores online são a única opção a evitar para dados de pesquisa: eles enviam o arquivo para o servidor de outra pessoa, e vários nem conseguem ler CZI (o convert.guru, por exemplo, diz que você precisa do ZEN).

Converta CZI para TIFF no ZEISS ZEN (Windows)

  1. Abra o CZI no ZEN e vá até a aba Processing.
  2. Em Method, escolha Export/Import › OME TIFF Export (ou Image Export para TIFF simples, BMP ou JPEG).
  3. Defina a pasta de saída e as opções e clique em Apply. Para muitos arquivos, use Processing › Batch com o método Image Export.

A ZEISS informa que blocos não estão disponíveis no OME TIFF Export. O ZEN lite é a edição gratuita da ZEISS; a ZEISS não lista as funções de exportação dele, embora um guia de instalação da University of Arizona descreva seu uso para exportar. O ZEN roda apenas no Windows.

Converta CZI para OME-TIFF no Fiji ou com o bfconvert (grátis)

  1. No Fiji, abra o arquivo CZI (ele passa pelo importador do Bio-Formats).
  2. Escolha Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter e salve como .ome.tif. Para arquivos acima de 4 GB, use uma extensão BigTIFF como .ome.btf; um .tif simples é limitado a 4 GB.

Sem abrir o Fiji, as ferramentas de linha de comando do Bio-Formats convertem a partir de um terminal (baixe o bftools.zip no site do Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

O formato de saída segue a extensão; a saída não é comprimida a menos que você passe -compression; -series 0 converte apenas uma série. A forma piramidal exige -noflat, que só o OME-TIFF suporta.

Converta CZI em Python

O bioio lê CZI (com o plugin bioio-czi) e grava OME-TIFF (com o bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

O pylibCZIrw, da própria ZEISS, lê planos e regiões de CZI (pyczi.open_czi(path), depois read(plane=...)), mas não grava TIFF: combine-o com o tifffile se você precisar de controle total sobre o que é gravado.

Converta CZI para OME-TIFF no SlideScope (sem código)

  1. Abra o arquivo CZI no SlideScope, no Windows ou no Mac.
  2. Escolha File › Export Current Image as TIFF… e selecione um destino. O SlideScope grava um OME-TIFF sem perdas (.ome.tif) com os nomes dos canais, as cores e o tamanho de pixel, e nunca altera o arquivo original. Um CZI com várias cenas visualizado uma cena por vez exporta a cena que está na tela, na resolução própria dessa cena.
  3. Para muitos arquivos, escolha File › Open Folder, selecione os arquivos e execute “Export the selected files…” para obter um OME-TIFF por arquivo, com cada cena ou posição mantida como uma imagem própria dentro dele; “Extract scenes from the selected files…”, por sua vez, grava cada cena ou posição como um arquivo separado. Para digitalizações grandes de lâminas, escolha “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Abra o resultado no Fiji, no QuPath ou em qualquer leitor de OME-TIFF: o Fiji passa os arquivos .ome.tif para o Bio-Formats, que lê a calibração e os canais.

Exportar os seus próprios arquivos exige uma assinatura; as amostras incluídas são exportadas de graça. A conversão roda no seu próprio computador; nada é enviado.

Perguntas sobre conversão de CZI

Posso converter CZI para TIFF de graça?

Sim. O Fiji (gratuito) abre CZI pelo Bio-Formats e salva OME-TIFF com Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, e o comando gratuito bfconvert faz o mesmo a partir de um terminal. Em um PC com Windows, o ZEISS ZEN também exporta CZI para TIFF e OME-TIFF.

Devo exportar TIFF ou OME-TIFF?

OME-TIFF. Ele continua sendo um TIFF que a maioria dos programas abre, mas mantém nos metadados os nomes dos canais, o tamanho de pixel e a estrutura de Z e de tempo. Um TIFF simples costuma guardar só os pixels, então as medições em outros softwares saem em pixels em vez de µm.

Por que o TIFF exportado aparece preto ou muito escuro?

A maioria das imagens de microscópio tem 12 ou 16 bits, e um visualizador que mostra a faixa completa de 0 a 65.535 faz com que pareçam escuras. Os dados estão corretos: ajuste o brilho e o contraste (Image › Adjust › Brightness/Contrast no Fiji) em vez de converter para 8 bits, o que descarta informação.

Por que meu CZI não abre no Fiji em um Mac?

Muitos arquivos CZI usam compressão JPEG-XR, e o Bio-Formats não consegue decodificar JPEG-XR em Macs com Apple silicon, segundo a documentação do QuPath. Converta em um computador com Windows ou Intel, ou use o SlideScope, que lê CZI com o seu próprio decodificador JPEG XR integrado, tanto no Windows quanto no Mac.

Como converto uma pasta inteira de arquivos CZI?

No ZEN, use Processing › Batch com o método Image Export. Com o bfconvert, percorra os arquivos em um loop em um script de shell. No SlideScope, abra a pasta, selecione os arquivos e execute “Export the selected files…” para obter um OME-TIFF por arquivo, ou “Extract scenes from the selected files…” para obter um arquivo por cena.

O SlideScope é gratuito?

O SlideScope é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas); suas próprias imagens exigem uma assinatura a partir de $35/mês.

Explore de graça a biblioteca de amostras incluída, com todas as ferramentas. Para abrir suas próprias imagens, é preciso uma assinatura: $35/mês, cobrada no momento da assinatura (PayPal ou cartão), e você pode cancelar quando quiser na sua conta. Também há cobrança anual por $349.99/ano, o que equivale a cerca de dois meses grátis.

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