Conversão de CZI

Converter CZI para TIFF ou OME-TIFF no Windows e no Mac

Converta ficheiros CZI para OME-TIFF, o TIFF aberto que mantém os nomes dos canais e o tamanho do píxel, com o software do fabricante, com o Fiji ou o bfconvert gratuitos, com algumas linhas de Python ou no SlideScope sem código. Prefira o OME-TIFF a um TIFF simples: um TIFF simples perde normalmente a calibração e os metadados dos canais. E mantenha os dados não publicados longe dos conversores online, que carregam o seu ficheiro.

Transferir o SlideScopeTodas as opções de conversão
OME-TIFF sem perdasCanais e calibração preservadosSem carregamentos

Formas de converter CZI para TIFF

FerramentaCustoPlataformasNotas
ZEISS ZENPago; o ZEN lite é gratuitoApenas WindowsImage Export (TIFF) e OME TIFF Export; os mosaicos não estão disponíveis no OME TIFF Export
Fiji / ImageJ com Bio-FormatsGratuito, código abertoWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter para OME-TIFF; não consegue ler CZI JPEG-XR em Apple silicon
bfconvert (ferramentas Bio-Formats)Gratuito, código abertoWindows, macOS, LinuxLinha de comandos; lote, BigTIFF, pirâmides, compressão
Python (bioio, pylibCZIrw)Gratuito, código abertoWindows, macOS, LinuxConversão por script; requer Python
SlideScopePago; exportar os seus próprios ficheiros requer uma subscriçãoWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF sem perdas com canais e calibração, todas as cenas de um CZI multicena, sem código e sem carregamentos

Os conversores online são a única opção a evitar para dados de investigação: carregam o ficheiro para o servidor de outra pessoa, e vários nem sequer conseguem ler CZI (o convert.guru, por exemplo, diz que é preciso o ZEN).

Converter CZI para TIFF no ZEISS ZEN (Windows)

  1. Abra o CZI no ZEN e vá ao separador Processing.
  2. Em Method, escolha Export/Import › OME TIFF Export (ou Image Export para TIFF simples, BMP ou JPEG).
  3. Defina a pasta de saída e as opções e clique em Apply. Para muitos ficheiros, use Processing › Batch com o método Image Export.

A ZEISS indica que os mosaicos não estão disponíveis no OME TIFF Export. O ZEN lite é a edição gratuita da ZEISS; a ZEISS não enumera as suas funções de exportação, embora um guia de instalação da Universidade do Arizona descreva a sua utilização para exportar. O ZEN só funciona no Windows.

Converter CZI para OME-TIFF no Fiji ou com o bfconvert (gratuito)

  1. No Fiji, abra o ficheiro CZI (passa pelo importador Bio-Formats).
  2. Escolha Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter e guarde como .ome.tif. Para ficheiros com mais de 4 GB, use uma extensão BigTIFF como .ome.btf; um .tif simples está limitado a 4 GB.

Sem abrir o Fiji, as ferramentas de linha de comandos Bio-Formats convertem a partir de um terminal (transfira o bftools.zip do site do Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

O formato de saída segue a extensão; a saída não é comprimida, a menos que indique -compression; -series 0 converte apenas uma série. A forma em pirâmide requer -noflat, que só o OME-TIFF suporta.

Converter CZI em Python

O bioio lê CZI (com o plugin bioio-czi) e escreve OME-TIFF (com o bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

O pylibCZIrw, da própria ZEISS, lê planos e regiões de CZI (pyczi.open_czi(path) e depois read(plane=...)), mas não escreve TIFF: combine-o com o tifffile se precisar de controlo total sobre o que é escrito.

Converter CZI para OME-TIFF no SlideScope (sem código)

  1. Abra o ficheiro CZI no SlideScope, no Windows ou no Mac.
  2. Escolha File › Export Current Image as TIFF… e selecione um destino. O SlideScope escreve um OME-TIFF sem perdas (.ome.tif) com os nomes dos canais, as cores e o tamanho do píxel, e nunca altera o ficheiro original. Um CZI multicena visto uma cena de cada vez exporta a cena que está no ecrã, na resolução própria dessa cena.
  3. Para muitos ficheiros, escolha File › Open Folder, selecione os ficheiros e execute “Export the selected files…” para obter um OME-TIFF por ficheiro, com cada cena ou posição guardada como uma imagem própria dentro dele; “Extract scenes from the selected files…” escreve, em vez disso, cada cena ou posição como um ficheiro separado. Para digitalizações de lâminas grandes, escolha “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Abra o resultado no Fiji, no QuPath ou em qualquer leitor de OME-TIFF: o Fiji entrega os ficheiros .ome.tif ao Bio-Formats, que lê a calibração e os canais.

Exportar os seus próprios ficheiros requer uma subscrição; as amostras incluídas exportam gratuitamente. A conversão é feita no seu próprio computador; nada é carregado.

Perguntas sobre a conversão de CZI

Posso converter CZI para TIFF gratuitamente?

Sim. O Fiji (gratuito) abre CZI através do Bio-Formats e guarda OME-TIFF com Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, e o comando gratuito bfconvert faz o mesmo a partir de um terminal. Num PC Windows, o ZEISS ZEN também exporta CZI para TIFF e OME-TIFF.

Devo exportar TIFF ou OME-TIFF?

OME-TIFF. Continua a ser um TIFF que a maioria dos programas abre, mas mantém nos metadados os nomes dos canais, o tamanho do píxel e a estrutura de Z e tempo. Um TIFF simples mantém normalmente apenas os píxeis, por isso as medições noutros programas saem em píxeis em vez de µm.

Porque é que o meu TIFF exportado aparece preto ou muito escuro?

A maioria das imagens de microscópio é de 12 ou 16 bits, e um visualizador que mostre o intervalo completo de 0-65 535 fá-las parecer escuras. Os dados estão bem: ajuste o brilho e o contraste (Image › Adjust › Brightness/Contrast no Fiji) em vez de converter para 8 bits, o que deita informação fora.

Porque é que o meu CZI não abre no Fiji num Mac?

Muitos ficheiros CZI usam compressão JPEG-XR e, segundo a documentação do QuPath, o Bio-Formats não consegue descodificar JPEG-XR em Macs com Apple silicon. Converta num computador Windows ou Intel, ou use o SlideScope, que lê CZI com o seu próprio descodificador JPEG XR incluído, tanto no Windows como no Mac.

Como converto uma pasta inteira de ficheiros CZI?

No ZEN, use Processing › Batch com o método Image Export. Com o bfconvert, percorra os ficheiros num ciclo num script de shell. No SlideScope, abra a pasta, selecione os ficheiros e execute “Export the selected files…” para obter um OME-TIFF por ficheiro, ou “Extract scenes from the selected files…” para obter um ficheiro por cena.

O SlideScope é gratuito?

O SlideScope é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas); as suas próprias imagens precisam de uma subscrição a partir de $35/mês.

Explore gratuitamente a biblioteca de amostras incluída, com todas as ferramentas. Para abrir as suas próprias imagens precisa de uma subscrição: $35/mês, cobrada no momento em que subscreve (PayPal ou cartão), e pode cancelar quando quiser na sua conta. Existe faturação anual por $349.99/ano, o que equivale a cerca de dois meses grátis.

Converter sem carregar nada

Experimente gratuitamente nas amostras incluídas e, depois, abra os seus próprios ficheiros CZI e exporte OME-TIFF sem perdas com uma subscrição. Já decidiu? Subscreva agora.

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