Referência de compatibilidade

Compatibilidade de ficheiros de microscopia no SlideScope

O SlideScope tem leitores dedicados para computador para as famílias CZI, ND2, SVS, TIFF e DICOM e para formatos de lâmina inteira de fabricantes, e desde a versão 1.10.0 abre também Olympus/Evident VSI, OIB e OIR, Zeiss ZVI e LSM, Leica LOF e XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr e ficheiros de imagem comuns, e desde a versão 1.20.0 Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 e Olympus SIS. Esta página distingue uma extensão de ficheiro aceite das dimensões, metadados, compressão e detalhes de fluxo de trabalho que determinam se um ficheiro específico é adequado.

Prefere as medições às afirmações? Abrimos 792 ficheiros reais de microscopia e de lâmina inteira e publicámos todos os resultados, incluindo as falhas.

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Limites indicados por formato Windows e macOS Última revisão a 16 de outubro de 2026

Matriz de compatibilidade atual

A matriz deriva do encaminhamento e do comportamento dos leitores da aplicação SlideScope atual. Use-a como referência de triagem e depois teste ficheiros representativos do microscópio, digitalizador, versão de software e definições de compressão exatos que a sua equipa usa.

Família de formatos Extensões aceites Comportamento do leitor Verificações importantes
ZEISS CZI .czi Normaliza as dimensões de tempo, Z, canal, Y e X; lê os metadados de aquisição e a calibração espacial quando disponíveis. As cenas que partilham o tipo de píxel e os eixos tornam-se cenas separadas que se podem percorrer, cada uma com o seu próprio tamanho, e o XY Overview mostra-as em conjunto. Exporta a cena no ecrã, ou todas as cenas, para OME-TIFF. Teste cenas, mosaicos, disposições de sub-blocos pouco comuns e aquisições muito grandes.
Nikon ND2 .nd2 Mapeia tempo, Z, canais e tamanho da imagem. Várias posições da platina formam um eixo de posição separado com o seu próprio controlo, e o XY Overview coloca-as nas coordenadas de platina registadas. Confirme a interpretação de posição/tempo, a disposição RGB, os metadados e a geração exata do NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Lê os níveis de pirâmide de lâmina inteira baseados em TIFF e seleciona um nível de visualização gerível dentro dos limites de memória. Verifique os codecs JPEG/JPEG 2000, a integridade da pirâmide, os metadados do digitalizador e o nível de resolução pretendido.
TIFF e OME-TIFF .tif, .tiff Usa eixos com nome quando disponíveis, incluindo tempo, Z, canal, Y e X. Reconhece metadados OME-TIFF e ImageJ e a escala espacial quando presentes. Todas as páginas de um TIFF simples com várias páginas são acessíveis. O TIFF é um contentor flexível. Verifique a compressão, o tamanho BigTIFF, as pirâmides, os eixos e a preservação dos metadados.
Lâminas de digitalizadores de fabricantes .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Lê a pirâmide de imagens do próprio digitalizador através do backend OpenSlide e carrega o nível correspondente à região no ecrã. A barra de escala, as medições e as anotações usam a calibração em micrómetros do digitalizador em todos os níveis de zoom. Desde a versão 1.10.0, abrem as lâminas NDPI comprimidas com JPEG XR, bem como as lâminas Leica SCN e Ventana BIF que o OpenSlide não consegue ler. Desde a versão 1.20.0, as anotações desenhadas no NDP.view (um ficheiro .ndpa ao lado do .ndpi) aparecem sobre a lâmina e podem ser copiadas para as suas medições. MRXS, VMS e VMU guardam os dados de píxeis numa pasta associada ao lado do ficheiro de índice, por isso só abrem a partir do armazenamento local e são rejeitados em links remotos. Nas lâminas BIF que o OpenSlide não consegue ler, as junções entre mosaicos ainda não são unidas. Verifique a integridade da pirâmide e os metadados do fabricante em lâminas representativas.
Hamamatsu NDPIS (desde 1.10.0) .ndpis Abre conjuntos de fluorescência Hamamatsu com os nomes e as cores reais dos canais, com medições em µm a partir da calibração do digitalizador. Confirme os nomes dos canais, as cores e a calibração com o software do digitalizador num conjunto representativo.
Olympus/Evident VSI (desde 1.10.0) .vsi Abre imagens de lâmina inteira e de fluorescência do cellSens, incluindo lâminas com várias regiões digitalizadas. Cada região digitalizada é medida com o seu próprio tamanho de píxel, e o painel Details mostra os metadados registados, como a objetiva, os nomes e as cores reais dos canais e a data de aquisição. Teste lâminas com várias regiões e digitalizações de fluorescência da versão do cellSens que a sua equipa usa.
Olympus FluoView (desde 1.10.0) .oib, .oif, .oir Abre ficheiros confocais FluoView com os nomes e as cores reais dos canais, planos focais em µm e pontos temporais em segundos reais. O painel Details mostra as definições registadas, como a objetiva, os lasers, os detetores e ganhos, e o pinhole. Confirme a interpretação de canais, Z e tempo com o FluoView numa aquisição representativa.
Zeiss ZVI e LSM (desde 1.10.0) .zvi, .lsm Abre ficheiros ZVI do AxioVision e ficheiros confocais LSM, do LSM 510 ao LSM 980, com os nomes e as cores reais dos canais e planos focais em µm. O painel Details mostra as definições registadas, como a objetiva, a exposição, os lasers, os detetores e o pinhole. Teste ficheiros de cada geração do AxioVision ou do ZEN que a sua equipa arquiva.
Leica LIF, LOF e XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Abre ficheiros do LAS X; os ficheiros LOF e os projetos XLEF com as suas partes XLIF e XLCF abrem desde a versão 1.10.0, e o suporte para LIF foi aprofundado na mesma versão. As digitalizações em mosaico e as aquisições com várias posições abrem como posições que pode percorrer ou ver em conjunto no XY Overview, colocadas pelas coordenadas de platina registadas. Mantenha juntos os ficheiros referenciados por um projeto XLEF e verifique a colocação na platina numa digitalização em mosaico representativa.
DeltaVision (desde 1.10.0) .dv, .r3d Abre ficheiros DeltaVision, incluindo imagens D3D desconvoluídas, com canais, planos focais em µm e pontos temporais em segundos. O painel Details mostra as definições registadas, como a objetiva, a exposição e os filtros. Compare os ficheiros brutos e os desconvoluídos da mesma aquisição se ambos forem usados nas etapas seguintes.
MetaMorph (desde 1.10.0) .stk, .nd, .tif MetaSeries Abre pilhas STK, ficheiros TIFF MetaSeries e conjuntos .nd de aquisição multidimensional. Um conjunto .nd abre como uma única imagem: os seus comprimentos de onda tornam-se canais, os seus pontos temporais uma série temporal, e as suas posições da platina podem ser percorridas ou vistas em conjunto no XY Overview. Mantenha ao lado do conjunto .nd os ficheiros TIFF ou STK que ele lista.
OME-Zarr (desde 1.10.0) Pastas .zarr Abre imagens OME-NGFF 0.4 e 0.5, incluindo placas HCS com todos os poços e campos, e o resultado do bioformats2raw com os seus metadados OME-XML. Os poços das placas podem ser percorridos ou vistos em conjunto no XY Overview. Apenas pastas locais: o OME-Zarr não pode ser aberto a partir de um link https remoto.
Imagens comuns (desde 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Abre imagens PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF e WebP no mesmo visualizador que os ficheiros de microscopia. Verifique se o ficheiro regista uma calibração antes de confiar em medições em µm.
Philips iSyntax (desde 1.20.0) .isyntax Abre digitalizações de lâmina inteira Philips iSyntax com a sua pirâmide, tamanho de píxel, etiqueta e imagem macro. O SlideScope mostra os píxeis descodificados: a nitidez, o realce de contraste e o perfil de cor próprios da Philips não são aplicados, e o painel Details indica-o. Compare uma lâmina representativa com o visualizador da Philips se o aspeto exato for importante. Um ficheiro danificado ou truncado é recusado em vez de ser aberto parcialmente.
KFBio KFB (desde 1.20.0) .kfb Abre digitalizações de lâmina inteira de campo claro KFBio com a sua pirâmide e tamanho de píxel. Um mosaico danificado é desenhado a partir do nível mais grosseiro seguinte, e o SlideScope indica-o. As lâminas de fluorescência KFBF não abrem. As áreas que o digitalizador não captou aparecem a branco.
ICS/IDS (desde 1.20.0) .ics, .ids Abre imagens Image Cytometry Standard, como as produzidas pelo SVI Huygens e pelo DIPlib: pares .ics/.ids da versão 1 e ficheiros únicos da versão 2, incluindo dados com compressão gzip, com a respetiva escala e eixos. Os píxeis correspondem aos do Bio-Formats, incluindo a sua orientação para ficheiros Huygens. Mantenha o ficheiro .ids ao lado do seu cabeçalho .ics. Um ficheiro .ics de calendário é reconhecido e não é aberto como imagem.
Gatan DM3 e DM4 (desde 1.20.0) .dm3, .dm4 Abre imagens Gatan Digital Micrograph com a sua calibração e os metadados do microscópio. As imagens de espetro EELS e EDS percorrem a energia com um controlo de deslize Energy, e os padrões de difração e as FFT recebem uma barra de escala recíproca em nm⁻¹ em vez de medições. Os espetros 1D e os conjuntos de dados 4D-STEM não abrem.
Olympus SIS (desde 1.20.0) .sis, .tif com etiquetas SIS Abre imagens Olympus analySIS com o seu tamanho de píxel e os metadados registados. .sis é também uma extensão de instalador Symbian, por isso só abrem os ficheiros que são realmente imagens TIFF.
DICOM padrão .dcm, .dicom Trata conjuntos de dados padrão de uma ou várias frames, mapeando tempo, Z, canais, frames e metadados selecionados. O DICOM de lâmina inteira em mosaicos é lido por um caminho de pirâmide separado, com acesso nativo aos mosaicos. Confirme a sintaxe de transferência/codecs, a classe SOP, a política de desidentificação e os requisitos de uso em investigação.

Detalhes por formato e referências oficiais

CZI: revisão multidimensional sem sugerir certificação da ZEISS

Um CZI pode conter várias cenas, canais, planos Z, pontos temporais, metadados de aquisição e sub-blocos em mosaico. O SlideScope lê as dimensões e os metadados habituais para revisão e percorre as cenas de um ficheiro uma a uma ou mostra-as em conjunto no XY Overview. As cenas cujo tipo de píxel ou eixos diferem dos da primeira não podem ser percorridas: é mostrada a primeira cena com um aviso a explicar porquê. A exportação grava um OME-TIFF com compressão sem perdas, tamanho de píxel e nomes dos canais; exportar a partir do XY Overview coloca todas as cenas num único ficheiro, cada uma como imagem separada, e uma digitalização grande em mosaico é exportada na resolução da vista geral. Cada cena exportada mantém o tamanho de píxel com que foi adquirida (corrigido no SlideScope 1.8.57; versões anteriores podiam calibrar mal cenas sem mosaico de tamanhos diferentes). A família CZI é suficientemente ampla para que um teste com ficheiros reais seja importante; o guia de CZI com várias cenas mostra as cenas e a exportação passo a passo. A ZEISS documenta o formato e o seu ecossistema de aplicações na página oficial do formato de ficheiro de imagem CZI. Essa referência define o formato de origem; não representa um aval nem uma certificação do SlideScope.

ND2: tempo, Z, canais e posições

O SlideScope mapeia os eixos principais do ND2 para o modelo do seu visualizador. Desde a versão 1.8.41, uma aquisição com várias posições mantém as posições num eixo independente em vez de as juntar ao tempo, e o XY Overview coloca cada posição na coordenada de platina registada. A orientação da platina foi verificada num conjunto limitado de instrumentos, por isso verifique uma experiência representativa com várias posições antes de uma equipa a adotar como padrão. Os recursos de software NIS-Elements oficiais da Nikon descrevem o visualizador autónomo gratuito da Nikon, a visualização de conjuntos de dados multidimensionais e a exportação TIFF no próprio ecossistema da Nikon.

SVS: pirâmides de lâmina inteira e compressão

Os ficheiros SVS são imagens de lâmina inteira baseadas em TIFF, com níveis de pirâmide e metadados Aperio. O SlideScope escolhe um nível que equilibra o detalhe apresentado e a memória disponível. O projeto de código aberto OpenSlide documenta a estrutura do formato Aperio, incluindo imagens em mosaico, níveis de pirâmide, imagens associadas e propriedades de metadados.

TIFF e OME-TIFF: um contentor, não uma disposição uniforme

Um ficheiro terminado em .tif pode ser uma imagem 2D simples, uma imagem RGB, uma pilha ImageJ, um conjunto de dados OME-TIFF, um BigTIFF ou uma imagem piramidal com outra compressão. O leitor do SlideScope reconhece metadados OME e ImageJ quando presentes, mas nem todas as variantes devem ser tratadas como idênticas. A especificação OME-TIFF explica como os planos TIFF e os metadados OME-XML codificam as dimensões e as pirâmides.

DICOM: frames padrão e pirâmides de lâmina inteira em mosaicos

Os instaladores públicos atuais para Windows e macOS suportam DICOM comum de uma ou várias frames para revisão em investigação, incluindo pilhas Z de fluorescência e capturas em time-lapse. Os ficheiros com a classe SOP VL Whole Slide Microscopy Image Storage são lidos por um caminho de lâmina inteira separado que usa diretamente a estrutura de pirâmide e de mosaicos DICOM, por isso o DICOM WSI em mosaicos abre sem conversão. As sintaxes de transferência comprimidas são descodificadas através dos plugins GDCM, openjpeg e imagecodecs incluídos. O SlideScope não é um PACS e não é apresentado como uma estação de trabalho de diagnóstico validada. O Suplemento 145 do DICOM Standards Committee define os objetos de imagem microscópica de lâmina inteira e ajuda a explicar porque é que o WSI é uma classe de compatibilidade separada.

Formatos de instrumentos adicionados na versão 1.10.0: o que mostra o painel Details

Cada formato adicionado no SlideScope 1.10.0 abre no Windows e no macOS com os seus metadados no painel Details. Consoante o que o ficheiro regista, isso inclui a objetiva (nome, ampliação, abertura numérica e imersão), os lasers e fontes de luz, os detetores e ganhos, a exposição, os filtros, o pinhole, os nomes e as cores reais dos canais, a data de aquisição, os pontos temporais em segundos reais, os planos focais em µm, os poços e campos das placas e as janelas de visualização guardadas. As digitalizações em mosaico e as posições da platina de aquisições com várias posições abrem como posições, e o XY Overview coloca-as pelas coordenadas de platina registadas. Guias passo a passo: VSI, OIB e OIR, ZVI, LSM, LOF e XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK e ND, OME-Zarr e NDPIS.

Formatos adicionados na versão 1.20.0

O SlideScope 1.20.0 acrescenta digitalizações de lâmina inteira Philips iSyntax e KFBio KFB, imagens ICS/IDS, micrografias eletrónicas Gatan DM3 e DM4 e imagens Olympus SIS, cada uma com a sua escala e os metadados registados; a matriz acima indica o que cada uma abre e não abre. Guias passo a passo: iSyntax, KFB, ICS e IDS, DM3 e DM4 e SIS.

Porque é que uma extensão suportada pode mesmo assim falhar

Ficheiro incompleto ou com o nome alterado

Uma transferência parcial, uma cópia interrompida ou um ficheiro cujo nome foi alterado para uma extensão suportada pode não conter um cabeçalho de formato válido nem os dados de píxeis completos.

Variante de codec ou de compressão

Os ficheiros TIFF, SVS e DICOM de lâmina inteira podem depender de JPEG, JPEG 2000 ou outros codecs. Uma sintaxe de transferência invulgar ou um codec em falta no pacote pode impedir a descodificação.

Disposição dimensional invulgar

Os ficheiros de fabricantes podem codificar cenas, posições, iluminações, vistas, mosaicos ou eixos de formas diferentes. Um leitor pode abrir o ficheiro mas mapear uma disposição especializada de forma diferente da esperada.

Limites de memória e de pirâmide

As imagens muito grandes precisam de níveis de resolução inferior válidos ou de memória suficiente para o plano selecionado. Teste os maiores ficheiros de rotina, não apenas uma pequena amostra.

Um teste prático antes da adoção

  1. Escolha ficheiros de todos os modelos de microscópio ou digitalizador que a sua equipa realmente usa.
  2. Inclua um ficheiro pequeno, um ficheiro típico, o maior ficheiro de rotina e um ficheiro arquivado mais antigo.
  3. Verifique as cores dos canais, os pontos temporais, os planos Z, as posições, o detalhe da pirâmide e a calibração espacial.
  4. Compare os principais metadados com o software de aquisição ou com outro leitor de confiança.
  5. Teste a exportação TIFF e confirme que dimensões e metadados o fluxo de trabalho seguinte espera.
  6. Registe a versão da aplicação, o sistema operativo, o hardware, o software de origem e o resultado.

Isto cria evidências que um laboratório pode rever mais tarde e é mais fiável do que presumir que todos os ficheiros com a mesma extensão são idênticos.

Formatos suportados e não suportados

As lâminas de digitalizadores NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF e AVS são suportadas através do backend OpenSlide, o Leica LIF tem o seu próprio leitor, e VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr e ficheiros de imagem comuns são suportados desde a versão 1.10.0, e Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 e Olympus SIS desde a versão 1.20.0; todos aparecem na matriz de compatibilidade acima. Um .zip de ficheiros suportados também abre: o SlideScope mostra o que contém, extrai-o para junto do arquivo e abre-o. O SlideScope não abre ficheiros SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD nem MRC, lâminas de fluorescência KFBio KFBF, espetros 1D nem conjuntos de dados 4D-STEM da Gatan, OME-Zarr a partir de links https remotos, NIfTI nem formatos de vídeo gerais. Não mude o nome de um desses ficheiros para uma extensão suportada. Se um destes formatos for importante para o seu fluxo de trabalho, contacte o suporte indicando o nome do formato e o software de aquisição antes de comprar.

Para ficheiros suportados que mesmo assim falhem, o processo de suporte na aplicação pode incluir contexto não sensível da lâmina. Não envie dados que identifiquem doentes nem ficheiros proprietários, a menos que a sua organização tenha aprovado essa partilha.

Perguntas sobre compatibilidade

Que extensões de ficheiros de microscopia abre o SlideScope?

As versões atuais do SlideScope encaminham .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif e os formatos de digitalizadores de lâminas inteiras .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff e .avs para leitores dedicados. Desde a versão 1.10.0 abrem também ficheiros .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd e .ndpis, pastas OME-Zarr a partir do armazenamento local e imagens comuns .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif e .webp. Desde a versão 1.20.0 abrem também lâminas Philips .isyntax e KFBio .kfb, imagens .ics e .ids, ficheiros Gatan .dm3 e .dm4 e imagens Olympus .sis; um ficheiro de anotações .ndpa do NDP.view abre com a respetiva lâmina NDPI, e um .zip de lâminas abre depois de o SlideScope o extrair para junto do arquivo. A compatibilidade pode ainda variar consoante o subformato do fabricante, a compressão, a integridade do ficheiro e os metadados incorporados.

O SlideScope abre ficheiros OME-TIFF?

O leitor TIFF reconhece metadados OME-TIFF e mapeia os eixos com nome de tempo, Z, canal, Y e X quando disponíveis. Teste variantes representativas de compressão, BigTIFF e pirâmide.

O suporte de uma extensão garante que todos os ficheiros abrem?

Não. Danos, transferências incompletas, codecs pouco comuns, variantes de fabricantes e disposições dimensionais invulgares podem ainda afetar a compatibilidade.

O SlideScope é um visualizador DICOM de diagnóstico?

Não é feita qualquer alegação de diagnóstico. O SlideScope destina-se a fluxos de trabalho de investigação, ensino e revisão; a utilização clínica requer a validação e a avaliação regulamentar da própria instituição.

Teste os ficheiros que a sua equipa realmente usa

Instale a versão correta para Windows ou Mac e depois verifique conjuntos de dados CZI, ND2, SVS, TIFF e DICOM representativos.

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