Конвертация CZI

Как конвертировать CZI в TIFF или OME-TIFF в Windows и на Mac

Конвертируйте файлы CZI в OME-TIFF — открытый вариант TIFF, сохраняющий названия каналов и размер пикселя, — в программе производителя, в бесплатных Fiji или bfconvert, несколькими строками на Python или в SlideScope без программирования. Выбирайте OME-TIFF, а не обычный TIFF: в обычном TIFF калибровка и метаданные каналов, как правило, теряются. И не отправляйте неопубликованные данные в онлайн-конвертеры: они загружают ваш файл на сервер.

Скачать SlideScopeВсе варианты конвертации
OME-TIFF без потерьКаналы и калибровка сохраняютсяБез загрузки на сервер

Способы конвертировать CZI в TIFF

ИнструментСтоимостьПлатформыПримечания
ZEISS ZENПлатно; ZEN lite бесплатенТолько WindowsImage Export (TIFF) и OME TIFF Export; тайлы для OME TIFF Export недоступны
Fiji / ImageJ с Bio-FormatsБесплатно, открытый исходный кодWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter в OME-TIFF; не читает CZI со сжатием JPEG-XR на Apple silicon
bfconvert (инструменты Bio-Formats)Бесплатно, открытый исходный кодWindows, macOS, LinuxКомандная строка; пакетная обработка, BigTIFF, пирамиды, сжатие
Python (bioio, pylibCZIrw)Бесплатно, открытый исходный кодWindows, macOS, LinuxКонвертация скриптом; нужен Python
SlideScopeПлатно; для экспорта собственных файлов нужна подпискаWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF без потерь с каналами и калибровкой, все сцены многосценового CZI, без программирования и загрузки на сервер

Онлайн-конвертеры — единственный вариант, которого стоит избегать для исследовательских данных: они загружают файл на чужой сервер, а некоторые вообще не умеют читать CZI (convert.guru, например, сообщает, что нужен ZEN).

Конвертация CZI в TIFF в ZEISS ZEN (Windows)

  1. Откройте CZI в ZEN и перейдите на вкладку Processing.
  2. В разделе Method выберите Export/Import › OME TIFF Export (или Image Export для обычного TIFF, BMP или JPEG).
  3. Укажите папку для результата и параметры и нажмите Apply. Для множества файлов используйте Processing › Batch с методом Image Export.

ZEISS отмечает, что тайлы для OME TIFF Export недоступны. ZEN lite — бесплатная редакция ZEISS; ZEISS не перечисляет её функции экспорта, хотя руководство по установке Университета Аризоны описывает её использование для экспорта. ZEN работает только в Windows.

Конвертация CZI в OME-TIFF в Fiji или с помощью bfconvert (бесплатно)

  1. Откройте файл CZI в Fiji (он проходит через импортёр Bio-Formats).
  2. Выберите Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter и сохраните как .ome.tif. Для файлов больше 4 GB используйте расширение BigTIFF, например .ome.btf; обычный .tif ограничен 4 GB.

Не открывая Fiji, можно конвертировать из терминала с помощью инструментов командной строки Bio-Formats (скачайте bftools.zip с сайта Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Формат результата определяется расширением; без параметра -compression результат записывается без сжатия; -series 0 конвертирует только одну серию. Для пирамидальной формы нужен -noflat, который поддерживает только OME-TIFF.

Конвертация CZI на Python

bioio читает CZI (с плагином bioio-czi) и записывает OME-TIFF (с bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

Собственная библиотека ZEISS pylibCZIrw читает плоскости и области CZI (pyczi.open_czi(path), затем read(plane=...)), но не записывает TIFF: используйте её вместе с tifffile, если вам нужен полный контроль над тем, что записывается.

Конвертация CZI в OME-TIFF в SlideScope (без программирования)

  1. Откройте файл CZI в SlideScope в Windows или на Mac.
  2. Выберите File › Export Current Image as TIFF… и укажите, куда сохранить. SlideScope записывает OME-TIFF без потерь (.ome.tif) с названиями и цветами каналов и размером пикселя и никогда не изменяет исходный файл. Если многосценовый CZI просматривается по одной сцене, экспортируется сцена на экране, в её собственном разрешении.
  3. Для множества файлов выберите File › Open Folder, выделите файлы и запустите «Export the selected files…», чтобы получить по одному OME-TIFF на файл, где каждая сцена или позиция сохраняется как отдельное изображение; «Extract scenes from the selected files…» вместо этого записывает каждую сцену или позицию в отдельный файл. Для больших сканов слайдов выберите «Full resolution: every scanned pixel».
  4. Откройте результат в Fiji, QuPath или любой программе, читающей OME-TIFF: Fiji передаёт файлы .ome.tif в Bio-Formats, который считывает калибровку и каналы.

Для экспорта собственных файлов нужна подписка; встроенные образцы экспортируются бесплатно. Конвертация выполняется на вашем компьютере; ничего не загружается на сервер.

Вопросы о конвертации CZI

Можно ли конвертировать CZI в TIFF бесплатно?

Да. Бесплатный Fiji открывает CZI через Bio-Formats и сохраняет OME-TIFF через Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, а бесплатная команда bfconvert делает то же самое из терминала. На ПК с Windows ZEISS ZEN тоже экспортирует CZI в TIFF и OME-TIFF.

Что экспортировать: TIFF или OME-TIFF?

OME-TIFF. Это по-прежнему TIFF, который открывает большинство программ, но в его метаданных сохраняются названия каналов, размер пикселя и структура по Z и времени. Обычный TIFF, как правило, сохраняет только пиксели, поэтому измерения в других программах получаются в пикселях, а не в µm.

Почему экспортированный TIFF выглядит чёрным или очень тёмным?

Большинство микроскопических изображений 12- или 16-битные, и просмотрщик, показывающий весь диапазон 0–65 535, отображает их тёмными. С данными всё в порядке: настройте яркость и контраст (Image › Adjust › Brightness/Contrast в Fiji), а не конвертируйте в 8 бит — при этом теряется информация.

Почему мой CZI не открывается в Fiji на Mac?

Многие файлы CZI сжаты в JPEG-XR, а Bio-Formats, согласно документации QuPath, не может декодировать JPEG-XR на компьютерах Mac с Apple silicon. Конвертируйте на компьютере с Windows или процессором Intel либо используйте SlideScope, который читает CZI собственным встроенным декодером JPEG XR и в Windows, и на Mac.

Как конвертировать целую папку файлов CZI?

В ZEN используйте Processing › Batch с методом Image Export. С bfconvert обработайте файлы в цикле в скрипте оболочки. В SlideScope откройте папку, выделите файлы и запустите «Export the selected files…», чтобы получить по одному OME-TIFF на файл, или «Extract scenes from the selected files…», чтобы получить по одному файлу на сцену.

SlideScope бесплатный?

SlideScope — платное приложение с бесплатной библиотекой образцов (все инструменты); для собственных изображений нужна подписка от $35/мес.

Изучайте встроенную библиотеку образцов бесплатно, со всеми инструментами. Чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка: $35/мес., оплата при оформлении (PayPal или карта); отменить её можно в любой момент в своей учётной записи. Доступна и годовая оплата — $349.99/год, что даёт примерно два месяца бесплатно.

Конвертация без загрузки на сервер

Попробуйте бесплатно на встроенных образцах, затем открывайте собственные файлы CZI и экспортируйте OME-TIFF без потерь по подписке. Уже решили? Оформить подписку.

Скачать SlideScope