การแปลงไฟล์ CZI

แปลง CZI เป็น TIFF หรือ OME-TIFF บน Windows และ Mac

แปลงไฟล์ CZI เป็น OME-TIFF ซึ่งเป็น TIFF แบบเปิดที่เก็บชื่อช่องสัญญาณและขนาดพิกเซลไว้ได้ ด้วยซอฟต์แวร์ของผู้ผลิต ด้วย Fiji หรือ bfconvert ที่ใช้ฟรี ด้วย Python ไม่กี่บรรทัด หรือใน SlideScope โดยไม่ต้องเขียนโค้ด ควรเลือก OME-TIFF มากกว่า TIFF ธรรมดา: TIFF ธรรมดามักสูญเสียข้อมูลการปรับเทียบและเมทาดาทาของช่องสัญญาณ และอย่านำข้อมูลที่ยังไม่ได้เผยแพร่ไปใช้กับตัวแปลงออนไลน์ ซึ่งจะอัปโหลดไฟล์ของคุณ

ดาวน์โหลด SlideScopeทางเลือกการแปลงทั้งหมด
OME-TIFF แบบไม่สูญเสียข้อมูลคงช่องสัญญาณและการปรับเทียบไว้ไม่มีการอัปโหลด

วิธีแปลง CZI เป็น TIFF

เครื่องมือค่าใช้จ่ายแพลตฟอร์มหมายเหตุ
ZEISS ZENชำระเงิน; ZEN lite ใช้ฟรีWindows เท่านั้นImage Export (TIFF) และ OME TIFF Export; ไม่มีตัวเลือกไทล์สำหรับ OME TIFF Export
Fiji / ImageJ พร้อม Bio-Formatsฟรี โอเพนซอร์สWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter เป็น OME-TIFF; อ่าน CZI ที่บีบอัดแบบ JPEG-XR บน Apple silicon ไม่ได้
bfconvert (เครื่องมือ Bio-Formats)ฟรี โอเพนซอร์สWindows, macOS, Linuxบรรทัดคำสั่ง; แบบกลุ่ม, BigTIFF, พีระมิด, การบีบอัด
Python (bioio, pylibCZIrw)ฟรี โอเพนซอร์สWindows, macOS, Linuxแปลงด้วยสคริปต์; ต้องใช้ Python
SlideScopeชำระเงิน; การส่งออกไฟล์ของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิกWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF แบบไม่สูญเสียข้อมูล พร้อมช่องสัญญาณและการปรับเทียบ ทุกซีนของ CZI แบบหลายซีน ไม่ต้องเขียนโค้ด ไม่มีการอัปโหลด

ตัวแปลงออนไลน์เป็นทางเลือกเดียวที่ควรหลีกเลี่ยงสำหรับข้อมูลวิจัย: ตัวแปลงเหล่านี้อัปโหลดไฟล์ไปยังเซิร์ฟเวอร์ของผู้อื่น และหลายตัวอ่าน CZI ไม่ได้เลย (ตัวอย่างเช่น convert.guru ระบุว่าคุณต้องใช้ ZEN)

แปลง CZI เป็น TIFF ใน ZEISS ZEN (Windows)

  1. เปิด CZI ใน ZEN แล้วไปที่แท็บ Processing
  2. ใต้ Method ให้เลือก Export/Import › OME TIFF Export (หรือ Image Export สำหรับ TIFF ธรรมดา, BMP หรือ JPEG)
  3. ตั้งค่าโฟลเดอร์ผลลัพธ์และตัวเลือก แล้วคลิก Apply สำหรับไฟล์จำนวนมาก ให้ใช้ Processing › Batch กับเมธอด Image Export

ZEISS ระบุว่าไม่มีตัวเลือกไทล์สำหรับ OME TIFF Export ZEN lite เป็นรุ่นฟรีของ ZEISS แม้ ZEISS จะไม่ได้ระบุฟังก์ชันการส่งออกของรุ่นนี้ แต่คู่มือการติดตั้งของ University of Arizona อธิบายการใช้รุ่นนี้เพื่อส่งออก ZEN ทำงานบน Windows เท่านั้น

แปลง CZI เป็น OME-TIFF ใน Fiji หรือด้วย bfconvert (ฟรี)

  1. ใน Fiji ให้เปิดไฟล์ CZI (ไฟล์จะผ่านตัวนำเข้า Bio-Formats)
  2. เลือก Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter แล้วบันทึกเป็น .ome.tif สำหรับไฟล์ที่ใหญ่กว่า 4 GB ให้ใช้นามสกุล BigTIFF เช่น .ome.btf เนื่องจาก .tif ธรรมดาจำกัดขนาดไว้ที่ 4 GB

หากไม่ต้องการเปิด Fiji เครื่องมือบรรทัดคำสั่งของ Bio-Formats ก็แปลงไฟล์จากเทอร์มินัลได้ (ดาวน์โหลด bftools.zip จากเว็บไซต์ Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

รูปแบบผลลัพธ์จะเป็นไปตามนามสกุลไฟล์ ผลลัพธ์จะไม่ถูกบีบอัดเว้นแต่คุณจะใส่ -compression ส่วน -series 0 จะแปลงเพียงชุดภาพเดียว รูปแบบพีระมิดต้องใช้ -noflat ซึ่งรองรับเฉพาะ OME-TIFF

แปลง CZI ด้วย Python

bioio อ่าน CZI ได้ (ด้วยปลั๊กอิน bioio-czi) และเขียน OME-TIFF ได้ (ด้วย bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

pylibCZIrw ของ ZEISS เองอ่านระนาบและบริเวณของ CZI ได้ (pyczi.open_czi(path) แล้วตามด้วย read(plane=...)) แต่เขียน TIFF ไม่ได้: ใช้ร่วมกับ tifffile หากคุณต้องการควบคุมสิ่งที่เขียนออกไปได้ทั้งหมด

แปลง CZI เป็น OME-TIFF ใน SlideScope (ไม่ต้องเขียนโค้ด)

  1. เปิดไฟล์ CZI ใน SlideScope บน Windows หรือ Mac
  2. เลือก File › Export Current Image as TIFF… แล้วเลือกปลายทาง SlideScope จะเขียน OME-TIFF แบบไม่สูญเสียข้อมูล (.ome.tif) พร้อมชื่อช่องสัญญาณ สี และขนาดพิกเซล และจะไม่เปลี่ยนแปลงไฟล์ต้นฉบับเลย CZI แบบหลายซีนที่ดูทีละซีนจะส่งออกซีนที่อยู่บนหน้าจอ ที่ความละเอียดของซีนนั้นเอง
  3. สำหรับไฟล์จำนวนมาก ให้เลือก File › Open Folder เลือกไฟล์ แล้วรัน “Export the selected files…” เพื่อได้ OME-TIFF หนึ่งไฟล์ต่อหนึ่งไฟล์ต้นฉบับ โดยแต่ละซีนหรือตำแหน่งจะถูกเก็บเป็นภาพแยกภายในไฟล์ ส่วน “Extract scenes from the selected files…” จะเขียนแต่ละซีนหรือตำแหน่งเป็นไฟล์แยกแทน สำหรับภาพสแกนสไลด์ขนาดใหญ่ ให้เลือก “Full resolution: every scanned pixel”
  4. เปิดผลลัพธ์ใน Fiji, QuPath หรือโปรแกรมอ่าน OME-TIFF ใดก็ได้: Fiji จะส่งไฟล์ .ome.tif ให้ Bio-Formats ซึ่งอ่านข้อมูลการปรับเทียบและช่องสัญญาณได้

การส่งออกไฟล์ของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิก ส่วนภาพตัวอย่างในตัวส่งออกได้ฟรี การแปลงทำงานบนคอมพิวเตอร์ของคุณเอง ไม่มีการอัปโหลดใด ๆ

คำถามเกี่ยวกับการแปลงไฟล์ CZI

แปลง CZI เป็น TIFF ได้ฟรีหรือไม่?

ได้ Fiji (ฟรี) เปิด CZI ผ่าน Bio-Formats และบันทึกเป็น OME-TIFF ด้วย Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter และคำสั่ง bfconvert ที่ใช้ฟรีก็ทำแบบเดียวกันได้จากเทอร์มินัล บนพีซี Windows ZEISS ZEN ก็ส่งออก CZI เป็น TIFF และ OME-TIFF ได้เช่นกัน

ควรส่งออกเป็น TIFF หรือ OME-TIFF?

OME-TIFF ไฟล์นี้ยังคงเป็น TIFF ที่โปรแกรมส่วนใหญ่เปิดได้ แต่เก็บชื่อช่องสัญญาณ ขนาดพิกเซล และโครงสร้าง Z และเวลาไว้ในเมทาดาทา ส่วน TIFF ธรรมดามักเก็บไว้เพียงพิกเซล การวัดในโปรแกรมอื่นจึงออกมาเป็นพิกเซลแทนที่จะเป็น µm

ทำไม TIFF ที่ส่งออกจึงดูดำหรือมืดมาก?

ภาพจากกล้องจุลทรรศน์ส่วนใหญ่เป็น 12 หรือ 16 บิต และโปรแกรมดูที่แสดงช่วงเต็ม 0-65,535 จะทำให้ภาพดูมืด ข้อมูลไม่ได้เสียหาย: ให้ปรับความสว่างและคอนทราสต์ (Image › Adjust › Brightness/Contrast ใน Fiji) แทนการแปลงเป็น 8 บิต ซึ่งจะทำให้ข้อมูลสูญหาย

ทำไม CZI ของฉันจึงเปิดใน Fiji บน Mac ไม่ได้?

ไฟล์ CZI จำนวนมากถูกบีบอัดแบบ JPEG-XR และตามเอกสารของ QuPath ระบุว่า Bio-Formats ถอดรหัส JPEG-XR บน Mac ที่ใช้ Apple silicon ไม่ได้ ให้แปลงไฟล์บนคอมพิวเตอร์ Windows หรือ Intel หรือใช้ SlideScope ซึ่งอ่าน CZI ด้วยตัวถอดรหัส JPEG XR ที่มาพร้อมแอปเองทั้งบน Windows และ Mac

จะแปลงไฟล์ CZI ทั้งโฟลเดอร์ได้อย่างไร?

ใน ZEN ให้ใช้ Processing › Batch กับเมธอด Image Export ด้วย bfconvert ให้วนลูปผ่านไฟล์ในเชลล์สคริปต์ ใน SlideScope ให้เปิดโฟลเดอร์ เลือกไฟล์ แล้วรัน “Export the selected files…” เพื่อได้ OME-TIFF หนึ่งไฟล์ต่อหนึ่งไฟล์ต้นฉบับ หรือ “Extract scenes from the selected files…” เพื่อได้หนึ่งไฟล์ต่อหนึ่งซีน

SlideScope ใช้ฟรีหรือไม่?

SlideScope เป็นแอปแบบชำระเงินที่มีคลังภาพตัวอย่างฟรี (ใช้ได้ทุกเครื่องมือ) ส่วนภาพของคุณเองต้องสมัครสมาชิกเริ่มต้น $35 ต่อเดือน

สำรวจคลังภาพตัวอย่างในตัวได้ฟรีพร้อมทุกเครื่องมือ การเปิดภาพของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิก: $35 ต่อเดือน เรียกเก็บเงินเมื่อคุณสมัคร (PayPal หรือบัตร) และยกเลิกได้ทุกเมื่อจากบัญชีของคุณ มีตัวเลือกชำระรายปีที่ $349.99 ต่อปี ซึ่งเท่ากับได้ใช้ฟรีประมาณสองเดือน

แปลงไฟล์โดยไม่ต้องอัปโหลด

ลองใช้ฟรีกับภาพตัวอย่างในตัว จากนั้นเปิดไฟล์ CZI ของคุณเองและส่งออกเป็น OME-TIFF แบบไม่สูญเสียข้อมูลด้วยการสมัครสมาชิก ตัดสินใจแล้ว? สมัครสมาชิกเลย

ดาวน์โหลด SlideScope