CZI dönüştürme

Windows ve Mac’te CZI’yi TIFF veya OME-TIFF’e dönüştürme

CZI dosyalarını, kanal adlarını ve piksel boyutunu koruyan açık TIFF biçimi OME-TIFF’e üreticinin yazılımıyla, ücretsiz Fiji veya bfconvert ile, birkaç satır Python ile ya da kod yazmadan SlideScope ile dönüştürün. Düz TIFF yerine OME-TIFF’i tercih edin: düz bir TIFF genellikle kalibrasyonu ve kanal meta verilerini kaybeder. Yayımlanmamış verileri de dosyanızı yükleyen çevrim içi dönüştürücülerden uzak tutun.

SlideScope’u indirinTüm dönüştürme seçenekleri
Kayıpsız OME-TIFFKanallar ve kalibrasyon korunurYükleme yok

CZI’yi TIFF’e dönüştürmenin yolları

AraçÜcretPlatformlarNotlar
ZEISS ZENÜcretli; ZEN lite ücretsizdirYalnızca WindowsImage Export (TIFF) ve OME TIFF Export; OME TIFF Export için karolar kullanılamaz
Bio-Formats ile Fiji / ImageJÜcretsiz, açık kaynakWindows, macOS, LinuxOME-TIFF’e Bio-Formats Exporter; Apple silicon’da JPEG-XR CZI okuyamaz
bfconvert (Bio-Formats araçları)Ücretsiz, açık kaynakWindows, macOS, LinuxKomut satırı; toplu işlem, BigTIFF, piramitler, sıkıştırma
Python (bioio, pylibCZIrw)Ücretsiz, açık kaynakWindows, macOS, LinuxBetikle dönüştürme; Python gerektirir
SlideScopeÜcretli; kendi dosyalarınızı dışa aktarmak için abonelik gerekirWindows 10/11, macOS 14+Kanallar ve kalibrasyonla kayıpsız OME-TIFF, çok sahneli bir CZI’nin her sahnesi; kod yok, yükleme yok

Araştırma verileri için kaçınılması gereken tek seçenek çevrim içi dönüştürücülerdir: dosyayı başkasının sunucusuna yüklerler ve bazıları CZI’yi hiç okuyamaz (örneğin convert.guru, ZEN gerektiğini söylüyor).

ZEISS ZEN’de CZI’yi TIFF’e dönüştürme (Windows)

  1. CZI’yi ZEN’de açın ve Processing sekmesine gidin.
  2. Method altında Export/Import › OME TIFF Export’u seçin (düz TIFF, BMP veya JPEG için Image Export).
  3. Çıktı klasörünü ve seçenekleri ayarlayın ve Apply’a tıklayın. Çok sayıda dosya için Image Export yöntemiyle Processing › Batch’i kullanın.

ZEISS, OME TIFF Export için karoların kullanılamadığını belirtir. ZEN lite, ZEISS’ın ücretsiz sürümüdür; ZEISS bu sürümün dışa aktarma işlevlerini listelemez, ancak University of Arizona’nın bir kurulum kılavuzu onu dışa aktarma için kullanmayı anlatır. ZEN yalnızca Windows’ta çalışır.

Fiji’de veya bfconvert ile CZI’yi OME-TIFF’e dönüştürme (ücretsiz)

  1. Fiji’de CZI dosyasını açın (Bio-Formats içe aktarıcısından geçer).
  2. Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter’ı seçin ve .ome.tif olarak kaydedin. 4 GB’tan büyük dosyalar için .ome.btf gibi bir BigTIFF uzantısı kullanın; düz bir .tif 4 GB ile sınırlıdır.

Fiji’yi açmadan, Bio-Formats komut satırı araçları bir terminalden dönüştürme yapar (bftools.zip dosyasını Bio-Formats sitesinden indirin):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Çıktı biçimi uzantıya göre belirlenir; -compression vermediğiniz sürece çıktı sıkıştırılmamıştır; -series 0 yalnızca bir seriyi dönüştürür. Piramit biçimi -noflat gerektirir ve bunu yalnızca OME-TIFF destekler.

Python’da CZI dönüştürme

bioio CZI okur (bioio-czi eklentisiyle) ve OME-TIFF yazar (bioio-ome-tiff ile):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

ZEISS’ın kendi pylibCZIrw paketi CZI düzlemlerini ve bölgelerini okur (pyczi.open_czi(path), ardından read(plane=...)) ancak TIFF yazmaz: neyin yazıldığı üzerinde tam denetim istiyorsanız onu tifffile ile birlikte kullanın.

SlideScope’ta CZI’yi OME-TIFF’e dönüştürme (kod yok)

  1. CZI dosyasını Windows veya Mac’te SlideScope ile açın.
  2. File › Export Current Image as TIFF… seçeneğini seçin ve bir hedef belirleyin. SlideScope; kanal adları, renkleri ve piksel boyutuyla kayıpsız bir OME-TIFF (.ome.tif) yazar ve orijinal dosyayı asla değiştirmez. Sahneleri tek tek görüntülenen çok sahneli bir CZI’de ekrandaki sahne, o sahnenin kendi çözünürlüğünde dışa aktarılır.
  3. Çok sayıda dosya için File › Open Folder’ı seçin, dosyaları işaretleyin ve dosya başına bir OME-TIFF için “Export the selected files…” komutunu çalıştırın; her sahne veya konum dosyanın içinde ayrı bir görüntü olarak korunur. “Extract scenes from the selected files…” ise bunun yerine her sahneyi veya konumu ayrı bir dosya olarak yazar. Büyük slayt taramaları için “Full resolution: every scanned pixel” seçeneğini belirleyin.
  4. Sonucu Fiji’de, QuPath’te veya herhangi bir OME-TIFF okuyucusunda açın: Fiji, .ome.tif dosyalarını kalibrasyonu ve kanalları okuyan Bio-Formats’a iletir.

Kendi dosyalarınızı dışa aktarmak için abonelik gerekir; yerleşik örnekler ücretsiz dışa aktarılır. Dönüştürme kendi bilgisayarınızda çalışır; hiçbir şey yüklenmez.

CZI dönüştürme hakkında sorular

CZI’yi ücretsiz olarak TIFF’e dönüştürebilir miyim?

Evet. Fiji (ücretsiz) CZI’yi Bio-Formats üzerinden açar ve Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter ile OME-TIFF olarak kaydeder; ücretsiz bfconvert komutu da aynı işi bir terminalden yapar. Windows bir bilgisayarda ZEISS ZEN de CZI’yi TIFF ve OME-TIFF olarak dışa aktarır.

TIFF mi yoksa OME-TIFF mi dışa aktarmalıyım?

OME-TIFF. Çoğu programın açtığı bir TIFF olmaya devam eder, ancak kanal adlarını, piksel boyutunu ve Z ile zaman yapısını meta verilerinde korur. Düz bir TIFF genellikle yalnızca pikselleri tutar, bu yüzden başka yazılımlarda yapılan ölçümler µm yerine piksel cinsinden çıkar.

Dışa aktardığım TIFF neden siyah veya çok karanlık görünüyor?

Mikroskop görüntülerinin çoğu 12 veya 16 bittir ve 0-65.535 aralığının tamamını gösteren bir görüntüleyici onları karanlık gösterir. Veriler sağlamdır: bilgiyi atan 8 bite dönüştürme yerine parlaklığı ve kontrastı ayarlayın (Fiji’de Image › Adjust › Brightness/Contrast).

CZI dosyam Mac’te Fiji’de neden açılmıyor?

QuPath belgelerine göre birçok CZI dosyası JPEG-XR ile sıkıştırılmıştır ve Bio-Formats, Apple silicon Mac’lerde JPEG-XR’ın kodunu çözemez. Dönüştürmeyi Windows veya Intel bir bilgisayarda yapın ya da CZI’yi hem Windows’ta hem Mac’te kendi yerleşik JPEG XR kod çözücüsüyle okuyan SlideScope’u kullanın.

Bir klasör dolusu CZI dosyasını nasıl dönüştürürüm?

ZEN’de Image Export yöntemiyle Processing › Batch’i kullanın. bfconvert ile bir kabuk betiğinde dosyalar üzerinde döngü kurun. SlideScope’ta klasörü açın, dosyaları seçin ve dosya başına bir OME-TIFF için “Export the selected files…”, sahne başına bir dosya için “Extract scenes from the selected files…” komutunu çalıştırın.

SlideScope ücretsiz mi?

SlideScope, ücretsiz bir örnek kitaplığı (tüm araçlarla) sunan ücretli bir uygulamadır; kendi görüntüleriniz için aylık $35 başlangıç fiyatlı abonelik gerekir.

Yerleşik örnek kitaplığını tüm araçlarla ücretsiz keşfedin. Kendi görüntülerinizi açmak için abonelik gerekir: aylık $35, abone olduğunuzda faturalandırılır (PayPal veya kart) ve hesabınızdan istediğiniz zaman iptal edebilirsiniz. Yıllık faturalandırma $349.99/yıl fiyatla sunulur; bu da yaklaşık iki ay ücretsiz demektir.

Yüklemeden dönüştürün

Yerleşik örneklerde ücretsiz deneyin; ardından abonelikle kendi CZI dosyalarınızı açın ve kayıpsız OME-TIFF olarak dışa aktarın. Kararınızı verdiniz mi? Hemen abone olun.

SlideScope’u indirin