Конвертування CZI

Конвертування CZI в TIFF або OME-TIFF у Windows і на Mac

Конвертуйте файли CZI в OME-TIFF — відкритий TIFF, що зберігає назви каналів і розмір пікселя, — за допомогою програми виробника, безкоштовних Fiji або bfconvert, кількох рядків Python або в SlideScope без коду. Обирайте OME-TIFF замість звичайного TIFF: звичайний TIFF зазвичай втрачає калібрування та метадані каналів. І не завантажуйте неопубліковані дані в онлайн-конвертери, які передають ваш файл на сервер.

Завантажити SlideScopeУсі варіанти конвертування
OME-TIFF без втратКанали й калібрування зберігаютьсяБез завантаження на сервер

Способи конвертувати CZI в TIFF

ІнструментВартістьПлатформиПримітки
ZEISS ZENПлатна; ZEN lite безкоштовнийЛише WindowsImage Export (TIFF) і OME TIFF Export; тайли недоступні для OME TIFF Export
Fiji / ImageJ з Bio-FormatsБезкоштовно, відкритий кодWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter в OME-TIFF; не читає CZI зі стисненням JPEG-XR на Apple silicon
bfconvert (інструменти Bio-Formats)Безкоштовно, відкритий кодWindows, macOS, LinuxКомандний рядок; пакетна обробка, BigTIFF, піраміди, стиснення
Python (bioio, pylibCZIrw)Безкоштовно, відкритий кодWindows, macOS, LinuxКонвертування скриптом; потрібен Python
SlideScopeПлатна; для експорту власних файлів потрібна передплатаWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF без втрат з каналами й калібруванням, кожна сцена багатосценового CZI, без коду, без завантаження на сервер

Онлайн-конвертери — єдиний варіант, якого варто уникати для дослідницьких даних: вони завантажують файл на чужий сервер, а кілька з них узагалі не читають CZI (convert.guru, наприклад, пише, що вам потрібен ZEN).

Конвертування CZI в TIFF у ZEISS ZEN (Windows)

  1. Відкрийте CZI у ZEN і перейдіть на вкладку Processing.
  2. У розділі Method виберіть Export/Import › OME TIFF Export (або Image Export для звичайного TIFF, BMP чи JPEG).
  3. Вкажіть вихідну папку й параметри та натисніть Apply. Для багатьох файлів використовуйте Processing › Batch з методом Image Export.

ZEISS зазначає, що тайли недоступні для OME TIFF Export. ZEN lite — безкоштовна редакція ZEISS; ZEISS не перелічує її функцій експорту, хоча посібник зі встановлення Університету Аризони описує її використання для експорту. ZEN працює лише у Windows.

Конвертування CZI в OME-TIFF у Fiji або за допомогою bfconvert (безкоштовно)

  1. У Fiji відкрийте файл CZI (він проходить через імпортер Bio-Formats).
  2. Виберіть Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter і збережіть як .ome.tif. Для файлів понад 4 GB використовуйте розширення BigTIFF, наприклад .ome.btf; звичайний .tif обмежений 4 GB.

Без відкриття Fiji інструменти командного рядка Bio-Formats конвертують файли з термінала (завантажте bftools.zip із сайту Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Вихідний формат визначається розширенням; результат не стискається, якщо не вказати -compression; -series 0 конвертує лише одну серію. Для пірамідальної форми потрібен -noflat, який підтримує лише OME-TIFF.

Конвертування CZI у Python

bioio читає CZI (з плагіном bioio-czi) і записує OME-TIFF (з bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

Власний pylibCZIrw від ZEISS читає площини й ділянки CZI (pyczi.open_czi(path), потім read(plane=...)), але не записує TIFF: поєднуйте його з tifffile, якщо вам потрібен повний контроль над тим, що записується.

Конвертування CZI в OME-TIFF у SlideScope (без коду)

  1. Відкрийте файл CZI у SlideScope у Windows або на Mac.
  2. Виберіть File › Export Current Image as TIFF… і вкажіть місце збереження. SlideScope записує OME-TIFF без втрат (.ome.tif) з назвами каналів, кольорами та розміром пікселя й ніколи не змінює оригінальний файл. Якщо багатосценовий CZI переглядається по одній сцені, експортується сцена на екрані у власній роздільності цієї сцени.
  3. Для багатьох файлів виберіть File › Open Folder, позначте файли й запустіть “Export the selected files…”, щоб отримати один OME-TIFF на файл, де кожна сцена чи позиція зберігається як окреме зображення всередині; “Extract scenes from the selected files…” натомість записує кожну сцену чи позицію в окремий файл. Для великих сканів слайдів виберіть “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Відкрийте результат у Fiji, QuPath або будь-якій програмі, що читає OME-TIFF: Fiji передає файли .ome.tif до Bio-Formats, який читає калібрування й канали.

Для експорту власних файлів потрібна передплата; вбудовані зразки експортуються безкоштовно. Конвертування виконується на вашому власному комп’ютері; нічого не завантажується на сервер.

Запитання про конвертування CZI

Чи можна безкоштовно конвертувати CZI в TIFF?

Так. Fiji (безкоштовно) відкриває CZI через Bio-Formats і зберігає OME-TIFF через Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, а безкоштовна команда bfconvert робить те саме з термінала. На ПК з Windows ZEISS ZEN також експортує CZI в TIFF і OME-TIFF.

Що експортувати: TIFF чи OME-TIFF?

OME-TIFF. Це все ще TIFF, який відкриває більшість програм, але він зберігає в метаданих назви каналів, розмір пікселя та структуру Z і часу. Звичайний TIFF зазвичай зберігає лише пікселі, тож вимірювання в інших програмах виходять у пікселях, а не в µm.

Чому експортований TIFF виглядає чорним або дуже темним?

Більшість мікроскопічних зображень 12- або 16-бітні, і переглядач, що показує весь діапазон 0–65,535, робить їх темними. З даними все гаразд: налаштуйте яскравість і контраст (Image › Adjust › Brightness/Contrast у Fiji), а не конвертуйте у 8-біт, що відкидає інформацію.

Чому мій CZI не відкривається у Fiji на Mac?

Багато файлів CZI стиснуто за допомогою JPEG-XR, а Bio-Formats, згідно з документацією QuPath, не може декодувати JPEG-XR на Mac з Apple silicon. Конвертуйте на комп’ютері з Windows або Intel або використовуйте SlideScope, який читає CZI власним вбудованим декодером JPEG XR і у Windows, і на Mac.

Як конвертувати цілу папку файлів CZI?

У ZEN використовуйте Processing › Batch з методом Image Export. З bfconvert перебирайте файли в циклі в скрипті оболонки. У SlideScope відкрийте папку, позначте файли й запустіть “Export the selected files…”, щоб отримати один OME-TIFF на файл, або “Extract scenes from the selected files…”, щоб отримати один файл на сцену.

Чи SlideScope безкоштовний?

SlideScope — платна програма з безкоштовною бібліотекою зразків (усі інструменти); для ваших власних зображень потрібна передплата від $35/місяць.

Досліджуйте вбудовану бібліотеку зразків безкоштовно, з усіма інструментами. Щоб відкривати власні зображення, потрібна передплата: $35/місяць, оплата під час оформлення передплати (PayPal або картка), скасувати можна будь-коли у своєму обліковому записі. Доступна річна оплата — $349.99/рік, що виходить приблизно як два місяці безкоштовно.

Конвертуйте без завантаження на сервер

Спробуйте безкоштовно на вбудованих зразках, а потім відкривайте власні файли CZI й експортуйте OME-TIFF без втрат за передплатою. Уже вирішили? Оформити передплату зараз.

Завантажити SlideScope