Chuyển CZI sang TIFF hoặc OME-TIFF trên Windows và Mac

Các cách chuyển CZI sang TIFF

Các công cụ chuyển đổi trực tuyến là lựa chọn duy nhất nên tránh với dữ liệu nghiên cứu: chúng tải tệp lên máy chủ của người khác, và một số công cụ hoàn toàn không đọc được CZI (chẳng hạn convert.guru cho biết bạn cần ZEN).

Chuyển CZI sang TIFF trong ZEISS ZEN (Windows)

1. Mở tệp CZI trong ZEN và chuyển sang thẻ Processing.
2. Trong Method, chọn Export/Import › OME TIFF Export (hoặc Image Export để xuất TIFF thường, BMP hoặc JPEG).
3. Đặt thư mục đầu ra và các tùy chọn rồi bấm Apply. Với nhiều tệp, hãy dùng Processing › Batch với phương thức Image Export.

ZEISS lưu ý rằng OME TIFF Export không hỗ trợ ô ghép (tile). ZEN lite là phiên bản miễn phí của ZEISS; ZEISS không liệt kê các chức năng xuất của nó, dù một hướng dẫn cài đặt của Đại học Arizona có mô tả việc dùng nó để xuất. ZEN chỉ chạy trên Windows.

Chuyển CZI sang OME-TIFF trong Fiji hoặc bằng bfconvert (miễn phí)

1. Trong Fiji, mở tệp CZI (tệp sẽ đi qua trình nhập Bio-Formats).
2. Chọn Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter và lưu dưới dạng .ome.tif. Với tệp lớn hơn 4 GB, hãy dùng phần mở rộng BigTIFF như .ome.btf; tệp .tif thường bị giới hạn ở 4 GB.

Không cần mở Fiji, các công cụ dòng lệnh Bio-Formats có thể chuyển đổi ngay từ terminal (tải bftools.zip từ trang Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Định dạng đầu ra được xác định theo phần mở rộng; đầu ra không nén trừ khi bạn thêm -compression; -series 0 chỉ chuyển đổi một chuỗi. Dạng kim tự tháp cần -noflat, và chỉ OME-TIFF hỗ trợ tùy chọn này.

Chuyển đổi CZI bằng Python

bioio đọc CZI (với plugin bioio-czi) và ghi OME-TIFF (với bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

Thư viện pylibCZIrw của chính ZEISS đọc các mặt phẳng và vùng của CZI (pyczi.open_czi(path), rồi read(plane=...)) nhưng không ghi TIFF: hãy kết hợp với tifffile nếu bạn cần kiểm soát hoàn toàn những gì được ghi.

Chuyển CZI sang OME-TIFF trong SlideScope (không cần viết mã)

1. Mở tệp CZI trong SlideScope trên Windows hoặc Mac.
2. Chọn File › Export Current Image as TIFF… và chọn nơi lưu. SlideScope ghi một tệp OME-TIFF không mất dữ liệu (.ome.tif) kèm tên kênh, màu kênh và kích thước điểm ảnh, và không bao giờ thay đổi tệp gốc. Với tệp CZI nhiều cảnh đang được xem từng cảnh một, cảnh đang hiển thị sẽ được xuất, ở đúng độ phân giải của cảnh đó.
3. Với nhiều tệp, chọn File › Open Folder, chọn các tệp và chạy “Export the selected files…” để có một tệp OME-TIFF cho mỗi tệp, trong đó mỗi cảnh hoặc vị trí được giữ thành một ảnh riêng; còn “Extract scenes from the selected files…” thì ghi mỗi cảnh hoặc vị trí thành một tệp riêng. Với các bản quét tiêu bản lớn, hãy chọn “Full resolution: every scanned pixel”.
4. Mở kết quả trong Fiji, QuPath hoặc bất kỳ trình đọc OME-TIFF nào: Fiji chuyển tệp .ome.tif cho Bio-Formats, vốn đọc được thông tin hiệu chuẩn và các kênh.

Xuất tệp của chính bạn cần gói thuê bao; các mẫu tích hợp sẵn được xuất miễn phí. Quá trình chuyển đổi chạy trên chính máy tính của bạn; không có gì được tải lên.

Câu hỏi về chuyển đổi CZI

Nguồn

• ZEISS — OME TIFF Export
• ZEISS — Image Export khi xử lý hàng loạt
• ImageJ — Bio-Formats (Exporter, OME-TIFF, BigTIFF)
• Bio-Formats — bfconvert
• Tài liệu bioio
• pylibCZIrw (ZEISS)
• QuPath — các định dạng ảnh được hỗ trợ (JPEG-XR trên Apple silicon)