本地定量

在不外传任何一个像素的前提下,完成细胞核、细胞与颗粒的定量

本地定量把你正在查看的切片直接变成数字。分割与测量都在你自己的电脑上运行,未发表数据和来自患者的图像始终不离开本机,结果就出现在显示图像的同一个窗口里。

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

为什么在这里定量

像素留在你的机器上

分割与测量在本地运行。只下载模型权重,且 SlideScope 会在加载前校验其 SHA-256 摘要。图像本身不会被上传——对于未发表数据、来自患者的材料以及伦理审查,这正是关键差别。

两种引擎,都可交代清楚

对细胞核和细胞使用经过校验的 InstanSeg 深度学习权重,或使用可明确说明的经典阈值法,含 Otsu 自动选阈、极性判断、平滑与面积上下限。你始终知道某个数字由哪种引擎得出,方法摘要也会记录下来。

为可重复而设计

每次运行都由一份保存的配方描述:对象类型、引擎、通道、阈值、面积范围、标记通道。重新载入配方、重跑该文件夹,就能得到同样的分析结果。导出的方法摘要写法可直接粘贴进稿件。

你会得到什么

  • 对象计数,只要记录了像素尺寸就给出每平方毫米的校准密度
  • 每个对象的面积、周长与形状描述量
  • 每个通道的平均强度,而不只是用于分割的那个通道
  • 可选的标记阳性分类,针对一到两个标记通道
  • 整个对象群体的尺寸与强度分布
  • 可编辑的叠加层,导出前可剔除分割判断有误的对象

契合真实流程的导出

  • CSV 对象表格,可在 R、Python、Prism 或电子表格中做统计
  • GeoJSON 轮廓,QuPath 与 ASAP 可直接导入
  • 带标签的掩膜 TIFF,配方嵌入文件元数据
  • 带标注的 PNG,用于插图与幻灯片
  • 摘要 JSON,便于后续程序化使用
  • 成文的方法摘要,可直接粘贴进稿件

五分钟,从图像到数字

  1. 选择区域

    对整幅图像或仅对所选区域定量。基于区域处理能让千兆像素切片保持流畅,也让分析集中在你真正关心的组织上。

  2. 选定对象与引擎

    细胞核、细胞或颗粒。细胞核与细胞用 InstanSeg;其余情形,或当你需要一条完全明确的规则时,用经典阈值法。

  3. 检查叠加结果

    结果以叠加层显示在图像上。翻阅对象表格,逐一查看离群项,剔除分割读错的部分。在你确认之前,一切都还能改。

  4. 导出或批量处理文件夹

    导出结果包,或把设置保存为配方,一次性对整个文件夹运行同样的分析,并得到合并的批处理摘要。

常见问题

我的图像数据会离开电脑吗?

不会。分割与测量都在你自己机器上的 SlideScope 进程内运行。唯一的网络请求是一次性下载模型权重,并且 SlideScope 会在加载任何代码之前,校验压缩包与模型两者的 SHA-256 摘要。

我该用哪种引擎?

明场或荧光下的细胞核与细胞用 InstanSeg:它分离相互接触的对象远胜阈值法。颗粒、少见染色,或任何你需要在方法部分精确表述规则的场合,用经典引擎。

这些数字可以用于发表吗?

请把它们当作需要你做质控的研究结果。SlideScope 之所以把分割显示为可编辑叠加层,正是为了让你核查;它还会导出方法摘要,说明每个数字的产生方式。结果未经验证用于诊断或临床决策。

仅供研究使用。结果需要人工目视质控,未经验证用于诊断或临床决策。

这周就把自己的切片定量一遍

14 天试用为完整功能,包含本地定量与文件夹批处理。用你实验室真正在处理的图像试一试。

开始试用