顯微影像檢視器

如何開啟 CZI 檔案

使用 Windows 或 macOS 版 SlideScope 開啟 ZEISS CZI 檔案，無須事先轉換。檢視檔案儲存的通道與影像維度。本機檢視不會將影像上傳至伺服器。

下載 SlideScope支援的檔案格式
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.17.2

如何開啟 CZI 檔案

  1. 下載適合電腦的 Windows 或 Mac 版本並安裝。內建範例庫免費開放，所有工具皆可使用；開啟您自己的影像需開始免費試用，結帳時需透過 PayPal 或信用卡授權。
  2. 開啟 SlideScope，將 .czi 檔案拖入檢視器。
  3. 若有多個場景或位置，請先選取，再檢視可用的通道、Z 切片和時間點。
  4. 測量前確認中繼資料中的像素大小。匯出時保留原始檔案。

安裝說明回報檔案或格式替代方案

多場景 CZI 檔案：檢視每個場景並匯出 OME-TIFF

CZI 檔案可以包含多個場景：孔盤中的孔、拼接區域，或玻片的掃描區域。SlideScope 可單獨顯示每個場景，也可將所有場景一起顯示，並可將目前檢視的場景或全部場景匯出為 OME-TIFF。下方的影片和步驟使用一個公開的雙場景範例檔案。

觀看完整流程（1 分 41 秒）

開啟雙場景 CZI、切換場景、XY Overview、通道、Details、匯出單一場景和全部場景，以及重新開啟 OME-TIFF。旁白為英語；字幕提供本站的所有語言。畫面由 Windows 上的 SlideScope 1.8.56 算繪；macOS 版具有相同的控制項。 字幕與逐字稿譯自英語旁白，未經專業審校。
逐字稿

CZI 檔案可包含多個場景：孔盤的孔、拼接區域或掃描區域。 以下說明如何檢視每個場景，並匯出為 OME-TIFF。

直接開啟一個雙場景 CZI，無需轉換。 Scene 控制項可在場景之間逐一切換。 場景 2 是孔 D7，場景 1 是孔 D6。 XY Overview 將每個場景放在其記錄位置。 這兩個孔相距 9 mm。

將各通道合成為一個檢視。 關閉某個通道，看看它貢獻了什麼。 放大後，比例尺仍保持校正。 Details 列出像素大小、通道與擷取設定。

若要匯出，選擇 File，再選 Export Current Image as TIFF。 檢視單一場景時，只會匯出該場景。 開始前會顯示將寫入的像素大小、通道與壓縮方式。 若要匯出全部場景，請先開啟 XY Overview。 所有場景寫入一個 OME-TIFF 檔案，每個場景都是其中的獨立影像。

開啟結果。兩個場景都在，分別為影像 1 和影像 2。 像素大小與通道名稱皆已保留。

免費帳戶可在任何試用之前開啟並檢視本機影像。 匯出需要 3 天試用或訂閱。 大型拼接掃描以概覽解析度匯出，而非完整掃描。 macOS 與 Windows 上是同一款應用程式。影片在 Windows 上算繪。

步驟 1

開啟 CZI 檔案

選擇 File › Open File…（Windows 上按 Ctrl+O，Mac 上按 ⌘O），或將 .czi 檔案拖曳到視窗中。第一個場景會立即顯示。檔案不會被轉換，也不會被上傳。

步驟 2

逐一瀏覽場景

包含多個場景的檔案會在影像下方顯示 Scene 控制項。使用 − 和 + 或輸入編號。每個場景保留各自的大小以及檔案中的名稱，例如孔位（D6、D7）或拼接區域。

SlideScope 顯示 CZI 檔案的場景 2（共 2 個），影像下方的 Scene 控制項設為 2 of 2。
步驟 3

在 XY Overview 中檢視所有場景

按一下 Scene 控制項旁的 XY Overview，或選擇 View › XY Overview（Ctrl+Shift+X）。每個場景都繪製在其記錄位置，場景之間的間隙也會保留。按一下場景即可選取，按兩下即可開啟。相距較遠的場景（例如相距 9 mm 的孔）起初顯示為小圖塊：放大即可檢視。

XY Overview 顯示範例檔案的兩個場景，標示為 D6 和 D7，位於相距 9 mm 的記錄位置。
步驟 4

檢查通道、像素大小與中繼資料

在 Display 中勾選 Blend channels into one view 以取得彩色合成影像，或關閉個別通道。Details 列出像素大小、維度、目前場景及其大小。亮度、對比與色彩只會改變顯示效果，絕不會改變儲存的像素。

Details 面板列出 100 nm 的像素大小、兩個通道、兩個 XY 位置，以及目前場景：第 1 個，共 2 個（D6）。
步驟 5

選擇 File › Export Current Image as TIFF

選擇 File › Export Current Image as TIFF…（Ctrl+Shift+C）。選擇資料夾和檔名；SlideScope 會建議一個以 .ome.tif 結尾的檔名。

File 選單已開啟，Export Current Image as TIFF 呈反白顯示。
步驟 6

匯出單一場景或全部場景

螢幕上顯示單一場景時，只會匯出該場景，檔名例如 sample_scene-2.ome.tif。若要匯出全部場景，請先開啟 XY Overview：所有場景都會寫入同一個 OME-TIFF 檔案，每個場景作為獨立影像並保有各自的大小。寫入任何內容之前，確認訊息會顯示大小、像素大小、通道與壓縮方式。

場景 2（D7）的匯出確認：以完整解析度單獨匯出為無損 OME-TIFF，記錄 0.1 µm 的像素大小、通道名稱與色彩。
步驟 7

開啟匯出結果

匯出完成後按一下 Open Exported TIFF。SlideScope 會將每個匯出的場景顯示為一張影像；使用 Image 控制項逐一瀏覽。支援單一檔案含多張影像的 OME-TIFF 讀取器（例如 Fiji 中的 Bio-Formats）會將它們列為不同的系列。

匯出的 OME-TIFF 在 SlideScope 中重新開啟，顯示影像 2（共 2 張），20 µm 比例尺完好無損。

匯出的 OME-TIFF 包含哪些內容

  • 一個檔案。匯出螢幕上的場景會寫入一張影像；從 XY Overview 匯出會將每個場景作為獨立影像寫入同一個檔案，各自保有自身的大小。不會為每個場景各建立一個檔案。
  • 像素原封不動寫入，並採用無損壓縮（Deflate）。亮度、對比與 gamma 屬於顯示設定，不會套用到匯出檔案。
  • 以微米為單位的像素大小、有 Z 堆疊時的 Z 間距、CZI 中記錄的通道名稱，以及檢視器中目前設定的通道色彩。未記錄像素大小的檔案匯出時也不會帶有像素大小；SlideScope 不會自行編造校正資訊。
  • 解析度：可放入記憶體的場景以完整解析度匯出。大型拼接掃描（例如玻片掃描器的掃描區域）以其概覽解析度匯出。確認訊息會註明比例（例如 1:8），記錄的像素大小也會隨之換算。完整解析度的掃描仍可在 SlideScope 中逐區域檢視。
  • 寬度或高度超過 4,096 像素的單張匯出影像還會產生降低解析度的金字塔層級。含多張影像的檔案則不會。超過 2 GiB 的檔案以 BigTIFF 格式寫入。
  • 不會複製的內容：CZI 其餘的擷取中繼資料，以及作為載物台座標的場景位置。請保留原始 CZI 作為封存檔案。
從 XY Overview 匯出時的確認：檔案包含 2 個場景，每個場景都作為 OME-TIFF 中的獨立影像寫入，保有各自的大小，採用無損壓縮，並記錄每張影像各自的像素大小、通道名稱與色彩。

所需條件

Windows 10 或 11，或在 Apple Silicon 或 Intel 上執行的 macOS 14 或更新版本。免費探索內建範例庫，所有工具皆可使用。開啟您自己的影像需開始 3 天免費試用。 匯出需要 3 天試用或訂閱（試用結束後每月 US$25.00）。

如果顯示有誤

只顯示一個場景

只有當各場景具有相同的像素類型，以及相同的通道、Z 平面和時間點時，才能逐一切換。否則，SlideScope 會顯示第一個場景，並在 Details 中說明原因。如果這與您的預期不符，請將檔案寄給我們。

色彩與 ZEN 中不同

若檔案記錄了通道色彩，則使用檔案中的色彩。可在 Display › Channel colour… 中變更；匯出時會記錄您設定的色彩。

匯出結果比掃描小

大型拼接掃描以其概覽解析度匯出，確認訊息會在寫入任何內容之前說明這一點。完整解析度的掃描仍可在 SlideScope 中檢視。

匯出時要求開始試用

使用免費帳戶即可檢視。匯出需要免費試用或訂閱。

影片和截圖中的範例：來自 czitools 範例資料的 S2_3x3_CH2.czi（Sebastian Rhode / ZEISS，GPL-3.0），為 3 × 3 拼接影像中的兩個場景，含 DAPI 和 EGFP。不含任何客戶資料。

開啟 CZI 檔案的方法

工具費用平台適用情境
ZEISS ZEN lite免費（下載需要 ZEISS ID）Windows原廠檢視器，與擷取軟體最為接近
Fiji / ImageJ 搭配 Bio-Formats免費、開放原始碼Windows、macOS、Linux以外掛程式與巨集進行分析；每個場景會匯入為一個序列
QuPath免費、開放原始碼Windows、macOS、Linux全玻片影像分析專案與腳本撰寫
SlideScope內建範例免費（所有工具），3 天免費試用可開啟您自己的影像，之後訂閱每月 $25 起Windows 10+、macOS 14+（Apple 晶片與 Intel）檢視、測量及標註 CZI，同時支援 CZI、ND2、SVS、NDPI、MRXS、DICOM 與 TIFF，檔案始終保留在您自己的電腦上

您可以使用 ZEISS 官方的免費 Windows 檢視器 ZEN lite 開啟 ZEISS CZI 檔案；也可以使用免費的 Fiji 或 QuPath，透過 Bio-Formats 在 Windows、Mac 與 Linux 上讀取 CZI；或者使用 SlideScope，一款適用於 Windows 與 Mac 的桌面檢視器，提供免費試用。在 Apple 晶片的 Mac 上，Bio-Formats 無法讀取以 JPEG-XR 壓縮的 CZI 檔案。以下步驟以 SlideScope 為例。

來源：全玻片影像檢視器比較：平台與價格，皆附來源連結（英文）。

另請參閱：ZEISS ZEN lite：去哪裡下載、Mac 版問題與替代方案。

在 Mac 上用 Fiji 或 QuPath 開不了 CZI 檔案？

QuPath 文件指出，Bio-Formats 目前在 Apple 晶片上不支援 JPEG-XR 壓縮，而許多 CZI 檔案正是以 JPEG-XR 壓縮。文件建議的解決方式是在另一台電腦上轉換檔案，或改用 Intel 版的 QuPath。SlideScope 讀取 CZI 不使用 Bio-Formats：其 Windows 版與 Mac 版皆以內建的 JPEG XR 解碼器讀取 CZI。

來源：QuPath 文件：支援的影像格式（英文）。

何時 SlideScope 是實用選擇

  • ZEISS 顯微鏡 CZI
  • 審閱人員需要不必撰寫腳本或設定外掛的桌面介面。
  • 在檔案包含通道、Z 平面、時間點和場景時逐一瀏覽，在 Details 中檢查像素大小，並以校正單位進行量測。
  • 量測、筆記和區域會保持與切片關聯，並可匯出為 GeoJSON 或 CSV。

依工作流程選擇

若需要一套桌面軟體既能統一開啟多種顯微檔案、又能在本機完成常規物件定量，可評估 SlideScope。若需要顯微鏡控制、可程式化影像處理、指令碼化分析流程或機構級影像管理，應使用相應的專業平台。

Fiji/ImageJ、QuPath、napari: 可擴充處理、巨集、外掛、腳本、分割、病理分析與 Python 科學運算流程。

OMERO: 集中式影像庫、權限、協作與機構級資料管理。

關於 CZI 檔案的問題

有免費開啟 CZI 檔案的方法嗎？

有。ZEN lite（Windows）以及搭配 Bio-Formats 的 Fiji 或 QuPath 都是免費的。 SlideScope 可免費下載，內建範例庫免費開放，所有工具皆可使用；開啟您自己的影像需開始 3 天免費試用（需提供 PayPal 或信用卡）；試用期結束後改為訂閱制。

在 Mac 上開啟 CZI

使用 macOS 14 或更新版本。選擇適合 Mac 的 Apple Silicon 或 Intel 版本，開啟前將檔案複製到本機儲存空間。

檔案無法開啟時

確認檔案已複製完成。若仍然失敗，請將應用程式版本、檔案格式與錯誤訊息提供給支援團隊，以便排查。

SlideScope 適合誰使用？

適合研究實驗室、顯微鏡核心設施、教師、學生與病理影像檢閱團隊。

格式文件

閱讀原始格式文件。

CZI

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獨立性與商標說明

SlideScope 為獨立產品，與 Leica Biosystems、ZEISS、Nikon、ImageJ、Fiji、QuPath、napari 或 OMERO 無關聯。產品名稱僅用於客觀比較。

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