Qué hay dentro de un archivo SVS
Un archivo SVS es un TIFF con varias imágenes: el escaneo a resolución completa (en teselas, normalmente con compresión JPEG), una miniatura, dos o tres niveles de resolución reducida, una foto de la etiqueta de la lámina y una imagen macro de bajo aumento de todo el vidrio. La descripción de la primera imagen contiene los detalles del escaneo, incluidos el MPP (micrómetros por píxel, alrededor de 0.25 para un escaneo a 40× y 0.5 para 20×) y el AppMag. El visor los lee todos: la pirámide controla el zoom, el MPP la barra de escala, y la etiqueta y la imagen macro se abren con los botones junto a la imagen.
Archivos SVS con JPEG 2000
Algunos escáneres Aperio comprimen las láminas con JPEG 2000 (compresión TIFF 33003 o 33005). Los navegadores no pueden decodificar JPEG 2000 sin WebAssembly, así que esta página lo indica en lugar de mostrar una imagen en blanco. Aperio ImageScope (Windows), QuPath y SlideScope sí los abren. Para revisar un archivo antes, ábrelo en el visor de metadatos TIFF y fíjate en Compression.
La imagen de la etiqueta y los datos del paciente
La imagen de la etiqueta es una foto de la etiqueta de papel pegada en el vidrio y puede mostrar un código de barras, un número de caso o el nombre de un paciente. Verla aquí la mantiene en tu computadora; compartir el archivo no. Consulta cómo eliminar etiquetas y datos del paciente antes de enviar una lámina fuera de tu institución.
Lo que no abre
- SVS con JPEG 2000 (compresión Aperio 33003/33005), JPEG XR y JPEG XL no se pueden decodificar en un navegador sin WebAssembly, que esta página no carga.
- No basados en TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR y DICOM necesitan un lector de escritorio. NDPI es similar a TIFF, pero guarda cada nivel como un único JPEG enorme, demasiado grande para una pestaña del navegador.
- OME-TIFF con varias series muestra la primera serie.
- Sin mediciones, anotaciones ni análisis: es un visor.
Para esos formatos, y para medir, anotar y contar células en tus propias imágenes, SlideScope abre 34 formatos de microscopio y de escáner de láminas en Windows y Mac. SlideScope, la aplicación de microscopía de escritorio creada por el mismo equipo, es una aplicación de pago con una biblioteca de muestras gratuita (con todas las herramientas) y una suscripción para tus propias imágenes. Alternativas gratuitas: Fiji (Bio-Formats) y QuPath.
Cómo abre un archivo sin subirlo
Cuando eliges un archivo, el navegador le da a esta página un acceso a él en tu disco. La página lee solo los bytes que necesita: primero el directorio TIFF, luego las teselas de la parte de la imagen que está en pantalla, y las decodifica en la página con un lector de TIFF de código abierto (geotiff). No se envía nada a un servidor, así que los datos no publicados y las láminas con etiquetas de pacientes se quedan en tu computadora, y las láminas de varios gigabytes se abren en segundos porque nunca se copian a ninguna parte. Cierra la pestaña y el archivo desaparece de la página.
La página carga sus propios scripts desde slidescope.science y el contador de visitas del sitio, que respeta la privacidad; ninguno de los dos ve nunca tu imagen. Licencias de código abierto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Preguntas
¿Cómo puedo abrir un archivo SVS en línea?
Ábrelo en esta página: el navegador lee la lámina desde tu disco y la muestra con zoom, la miniatura, la etiqueta, la imagen macro y los detalles del escaneo. No se sube nada.
¿Por qué no se abre mi archivo SVS?
Probablemente está comprimido con JPEG 2000 (compresión 33003 o 33005), que los navegadores no pueden decodificar. Ábrelo mejor en Aperio ImageScope, QuPath o SlideScope.
¿Qué tamaño de archivo SVS puede abrir?
Cualquier tamaño que el navegador pueda direccionar: solo se leen las teselas que están en pantalla, así que una lámina de 3 GB se abre casi tan rápido como una pequeña.
¿Muestra la etiqueta de la lámina?
Sí, como una imagen aparte. Ten en cuenta que las etiquetas pueden contener información del paciente.
¿Este visor SVS es gratuito?
Sí, es gratuita y no necesita cuenta. SlideScope, la aplicación de microscopía de escritorio creada por el mismo equipo, es una aplicación de pago con una biblioteca de muestras gratuita (con todas las herramientas) y una suscripción para tus propias imágenes.
¿Necesitas más de lo que puede hacer un navegador?
SlideScope abre 34 formatos de microscopio y de escáner de láminas en Windows y Mac, entre ellos CZI, ND2, LIF, MRXS y SVS con JPEG 2000, con mediciones, anotaciones, conteo de células y exportación a OME-TIFF en resolución completa. Prueba gratis todas las herramientas con las muestras incluidas; abrir tus propias imágenes requiere una suscripción. ¿Ya lo decidiste? Suscríbete ahora.