Was in einer SVS-Datei steckt
Eine SVS-Datei ist ein TIFF mit mehreren Bildern: dem Scan in voller Auflösung (gekachelt, meist JPEG-komprimiert), einem Miniaturbild, zwei oder drei Ebenen mit reduzierter Auflösung, einem Foto des Präparatetiketts und einem Makrobild des gesamten Objektträgers bei geringer Vergrößerung. Die Beschreibung des ersten Bildes enthält die Scandaten, darunter MPP (Mikrometer pro Pixel, etwa 0,25 bei einem 40×-Scan und 0,5 bei 20×) und AppMag. Der Viewer liest sie alle: Die Pyramide steuert den Zoom, MPP den Maßstabsbalken, und Etikett und Makrobild öffnen sich über die Schaltflächen neben dem Bild.
SVS-Dateien mit JPEG 2000
Manche Aperio-Scanner komprimieren Präparate mit JPEG 2000 (TIFF-Kompression 33003 oder 33005). Browser können JPEG 2000 ohne WebAssembly nicht dekodieren, deshalb weist diese Seite darauf hin, statt ein leeres Bild zu zeigen. Aperio ImageScope (Windows), QuPath und SlideScope öffnen solche Dateien. Um eine Datei vorab zu prüfen, öffnen Sie sie im TIFF-Metadaten-Viewer und sehen sich den Eintrag Compression an.
Das Etikettenbild und Patientendaten
Das Etikettenbild ist ein Foto des Papieretiketts auf dem Objektträger und kann einen Barcode, eine Fallnummer oder den Namen eines Patienten zeigen. Wenn Sie es hier ansehen, bleibt es auf Ihrem Computer; wenn Sie die Datei weitergeben, nicht. Lesen Sie, wie Sie Etiketten und Patientendaten entfernen, bevor Sie ein Präparat an Stellen außerhalb Ihrer Einrichtung senden.
Was es nicht öffnet
- JPEG-2000-SVS (Aperio-Kompression 33003/33005), JPEG XR und JPEG XL lassen sich in einem Browser nicht ohne WebAssembly dekodieren, und diese Seite lädt kein WebAssembly.
- Nicht TIFF-basiert: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR und DICOM benötigen ein Desktop-Programm zum Lesen. NDPI ist TIFF-ähnlich, speichert aber jede Ebene als ein einziges riesiges JPEG, das für einen Browser-Tab zu groß ist.
- Bei OME-TIFF mit mehreren Serien wird die erste Serie angezeigt.
- Keine Messungen, Annotationen oder Analysen: Es ist ein reiner Viewer.
Für diese Formate sowie zum Messen, Annotieren und Zählen von Zellen in Ihren eigenen Bildern öffnet SlideScope 34 Formate von Mikroskopen und Slide-Scannern unter Windows und Mac. SlideScope, die Desktop-App für Mikroskopie vom selben Team, ist eine kostenpflichtige App mit kostenloser Beispielbibliothek (alle Werkzeuge) und einem Abonnement für Ihre eigenen Bilder. Kostenlose Alternativen: Fiji (Bio-Formats) und QuPath.
Wie es eine Datei öffnet, ohne sie hochzuladen
Wenn Sie eine Datei auswählen, übergibt der Browser dieser Seite einen Verweis auf die Datei auf Ihrer Festplatte. Die Seite liest nur die Bytes, die sie benötigt: zuerst das TIFF-Verzeichnis, dann die Kacheln für den sichtbaren Bildausschnitt, und dekodiert sie mit einem Open-Source-TIFF-Reader (geotiff) direkt in der Seite. Nichts wird an einen Server gesendet, sodass unveröffentlichte Daten und Präparate mit Patientenetiketten auf Ihrem Computer bleiben, und Präparate mit mehreren Gigabyte öffnen sich in Sekunden, weil sie nirgendwohin kopiert werden. Schließen Sie den Tab, und die Datei ist von der Seite verschwunden.
Die Seite lädt ihre eigenen Skripte von slidescope.science sowie den datenschutzfreundlichen Seitenaufrufzähler der Website; keines von beiden sieht jemals Ihr Bild. Open-Source-Lizenzen: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Fragen
Wie kann ich eine SVS-Datei online öffnen?
Öffnen Sie sie auf dieser Seite: Der Browser liest das Präparat von Ihrer Festplatte und zeigt es mit Zoom, Miniatur-, Etiketten- und Makrobild sowie den Scandaten an. Nichts wird hochgeladen.
Warum lässt sich meine SVS-Datei nicht öffnen?
Wahrscheinlich ist sie mit JPEG 2000 komprimiert (Kompression 33003 oder 33005), was Browser nicht dekodieren können. Öffnen Sie sie stattdessen in Aperio ImageScope, QuPath oder SlideScope.
Wie groß darf eine SVS-Datei sein?
So groß, wie der Browser adressieren kann: Gelesen werden nur die Kacheln auf dem Bildschirm, daher öffnet sich ein 3-GB-Präparat etwa so schnell wie ein kleines.
Wird das Etikett des Präparats angezeigt?
Ja, als separates Bild. Beachten Sie, dass Etiketten Patientendaten enthalten können.
Ist dieser SVS-Viewer kostenlos?
Ja, es ist kostenlos und erfordert kein Konto. SlideScope, die Desktop-App für Mikroskopie vom selben Team, ist eine kostenpflichtige App mit kostenloser Beispielbibliothek (alle Werkzeuge) und einem Abonnement für Ihre eigenen Bilder.
Brauchen Sie mehr, als ein Browser leisten kann?
SlideScope öffnet 34 Formate von Mikroskopen und Slide-Scannern unter Windows und Mac, darunter CZI, ND2, LIF, MRXS und JPEG-2000-SVS, mit Messwerkzeugen, Annotationen, Zellzählung und OME-TIFF-Export in voller Auflösung. Testen Sie alle Werkzeuge kostenlos an den mitgelieferten Beispielen; zum Öffnen Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement. Schon entschieden? Jetzt abonnieren.