Что находится внутри файла SVS
Файл SVS — это TIFF с несколькими изображениями: скан в полном разрешении (разбитый на тайлы, обычно со сжатием JPEG), миниатюра, два-три уровня пониженного разрешения, фотография этикетки слайда и макроизображение всего стекла при малом увеличении. В описании первого изображения хранятся параметры сканирования, в том числе MPP (микрометров на пиксель, около 0,25 для скана 40× и 0,5 для 20×) и AppMag. Просмотрщик читает их все: пирамида отвечает за масштабирование, MPP — за масштабную линейку, а этикетка и макроизображение открываются кнопками рядом с изображением.
Файлы SVS со сжатием JPEG 2000
Некоторые сканеры Aperio сжимают слайды в JPEG 2000 (сжатие TIFF 33003 или 33005). Браузеры не умеют декодировать JPEG 2000 без WebAssembly, поэтому страница сообщает об этом, а не показывает пустое изображение. Такие файлы открывают Aperio ImageScope (Windows), QuPath и SlideScope. Чтобы заранее проверить файл, откройте его в просмотрщике метаданных TIFF и посмотрите поле Compression.
Изображение этикетки и данные пациента
Изображение этикетки — это фотография бумажной этикетки на стекле; на нём может быть штрихкод, номер случая или имя пациента. При просмотре здесь оно остаётся на вашем компьютере, а при передаче файла — нет. Прежде чем отправлять слайд за пределы своего учреждения, прочитайте, как удалить этикетки и данные пациента.
Что он не открывает
- SVS с JPEG 2000 (сжатие Aperio 33003/33005), JPEG XR и JPEG XL невозможно декодировать в браузере без WebAssembly, а эта страница его не загружает.
- Форматы не на основе TIFF: для CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR и DICOM нужна настольная программа. NDPI похож на TIFF, но хранит каждый уровень как один огромный JPEG, слишком большой для вкладки браузера.
- OME-TIFF с несколькими сериями: показывается первая серия.
- Никаких измерений, аннотаций и анализа: это только просмотрщик.
Для этих форматов, а также для измерений, аннотаций и подсчёта клеток на собственных изображениях SlideScope открывает 34 формата микроскопов и сканеров слайдов в Windows и на Mac. SlideScope — настольное приложение для микроскопии от той же команды — платное, с бесплатной библиотекой образцов (все инструменты) и подпиской для ваших собственных изображений. Бесплатные альтернативы: Fiji (Bio-Formats) и QuPath.
Как он открывает файл, не загружая его на сервер
Когда вы выбираете файл, браузер передаёт этой странице доступ к нему на вашем диске. Страница читает только нужные ей байты: сначала каталог TIFF, затем тайлы для видимой на экране части изображения, и декодирует их прямо на странице с помощью TIFF-ридера с открытым исходным кодом (geotiff). Ничего не отправляется на сервер, поэтому неопубликованные данные и слайды с этикетками пациентов остаются на вашем компьютере, а слайды размером в несколько гигабайт открываются за секунды, потому что никуда не копируются. Закройте вкладку — и файла на странице больше нет.
Страница загружает собственные скрипты со slidescope.science и счётчик просмотров страниц сайта, уважающий конфиденциальность; ни один из них никогда не видит ваше изображение. Лицензии открытого ПО: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Вопросы
Как открыть файл SVS онлайн?
Откройте его на этой странице: браузер читает слайд с вашего диска и показывает его с масштабированием, миниатюрой, этикеткой, макроизображением и параметрами сканирования. Ничего не загружается на сервер.
Почему мой файл SVS не открывается?
Скорее всего, он сжат в JPEG 2000 (сжатие 33003 или 33005), который браузеры не могут декодировать. Откройте его в Aperio ImageScope, QuPath или SlideScope.
Насколько большой файл SVS можно открыть?
Любой, с которым справится браузер: считываются только тайлы на экране, поэтому слайд размером 3 ГБ открывается почти так же быстро, как маленький.
Показывается ли этикетка слайда?
Да, как отдельное изображение. Учтите, что на этикетках может быть информация о пациенте.
Этот просмотрщик SVS бесплатный?
Да, он бесплатный и не требует учётной записи. SlideScope — настольное приложение для микроскопии от той же команды — платное, с бесплатной библиотекой образцов (все инструменты) и подпиской для ваших собственных изображений.
Нужно больше, чем умеет браузер?
SlideScope открывает 34 формата микроскопов и сканеров слайдов в Windows и на Mac, в том числе CZI, ND2, LIF, MRXS и SVS с JPEG 2000, с измерениями, аннотациями, подсчётом клеток и экспортом в OME-TIFF в полном разрешении. Попробуйте все инструменты бесплатно на встроенных образцах; чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка. Уже решили? Оформите подписку.