O que há dentro de um arquivo SVS
Um arquivo SVS é um TIFF com várias imagens: a digitalização em resolução total (em blocos, geralmente com compressão JPEG), uma miniatura, dois ou três níveis de resolução reduzida, uma foto da etiqueta da lâmina e uma imagem macro de baixa ampliação de todo o vidro. A descrição da primeira imagem guarda os detalhes da digitalização, incluindo o MPP (micrômetros por pixel, cerca de 0,25 para uma digitalização a 40× e 0,5 para 20×) e o AppMag. O visualizador lê todos eles: a pirâmide comanda o zoom, o MPP a barra de escala, e a etiqueta e a macro abrem com os botões ao lado da imagem.
Arquivos SVS em JPEG 2000
Alguns scanners Aperio comprimem as lâminas com JPEG 2000 (compressão TIFF 33003 ou 33005). Os navegadores não conseguem decodificar JPEG 2000 sem WebAssembly, então esta página avisa isso em vez de mostrar uma imagem em branco. O Aperio ImageScope (Windows), o QuPath e o SlideScope abrem esses arquivos. Para verificar um arquivo antes, abra-o no visualizador de metadados TIFF e veja o campo Compression.
A imagem da etiqueta e os dados do paciente
A imagem da etiqueta é uma foto da etiqueta de papel colada no vidro e pode mostrar um código de barras, o número do caso ou o nome de um paciente. Visualizá-la aqui a mantém no seu computador; compartilhar o arquivo, não. Veja como remover etiquetas e dados de pacientes antes de enviar uma lâmina para fora da sua instituição.
O que ele não abre
- SVS em JPEG 2000 (compressão Aperio 33003/33005), JPEG XR e JPEG XL não podem ser decodificados em um navegador sem WebAssembly, que esta página não carrega.
- Não baseados em TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR e DICOM precisam de um leitor para desktop. O NDPI é parecido com TIFF, mas guarda cada nível como um único JPEG enorme, grande demais para uma aba do navegador.
- OME-TIFF com várias séries mostra a primeira série.
- Sem medições, anotações ou análise: é um visualizador.
Para esses formatos, e para medir, anotar e contar células nas suas próprias imagens, o SlideScope abre 34 formatos de microscópios e scanners de lâminas no Windows e no Mac. O SlideScope, o aplicativo de microscopia para desktop feito pela mesma equipe, é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma assinatura para suas próprias imagens. Alternativas gratuitas: Fiji (Bio-Formats) e QuPath.
Como ele abre um arquivo sem enviá-lo
Quando você escolhe um arquivo, o navegador entrega a esta página um identificador para ele no seu disco. A página lê só os bytes de que precisa: primeiro o diretório do TIFF, depois os blocos da parte da imagem que está na tela, e os decodifica na própria página com um leitor de TIFF de código aberto (geotiff). Nada é enviado a um servidor, então dados não publicados e lâminas com etiquetas de pacientes ficam no seu computador, e lâminas de vários gigabytes abrem em segundos porque nunca são copiadas para lugar nenhum. Feche a aba e o arquivo sai da página.
A página carrega seus próprios scripts de slidescope.science e o contador de visualizações de página do site, que respeita a privacidade; nenhum deles vê sua imagem. Licenças de código aberto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Perguntas
Como abro um arquivo SVS online?
Abra-o nesta página: o navegador lê a lâmina do seu disco e a mostra com zoom, miniatura, etiqueta e macro, além dos detalhes da digitalização. Nada é enviado.
Por que meu arquivo SVS não abre?
Provavelmente ele tem compressão JPEG 2000 (compressão 33003 ou 33005), que os navegadores não conseguem decodificar. Abra-o no Aperio ImageScope, no QuPath ou no SlideScope.
Qual o tamanho máximo de arquivo SVS que ele abre?
Qualquer tamanho que o navegador consiga endereçar: só os blocos que estão na tela são lidos, então uma lâmina de 3 GB abre quase tão rápido quanto uma pequena.
Ele mostra a etiqueta da lâmina?
Sim, como uma imagem separada. Lembre-se de que as etiquetas podem conter informações do paciente.
Este visualizador de SVS é gratuito?
Sim, é gratuito e não exige conta. O SlideScope, o aplicativo de microscopia para desktop feito pela mesma equipe, é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma assinatura para suas próprias imagens.
Precisa de mais do que um navegador consegue fazer?
O SlideScope abre 34 formatos de microscópios e scanners de lâminas no Windows e no Mac, entre eles CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS em JPEG 2000, com medições, anotações, contagem de células e exportação para OME-TIFF em resolução total. Experimente todas as ferramentas de graça com as amostras incluídas; para abrir suas próprias imagens, é preciso uma assinatura. Já decidiu? Assine agora.