Qué contiene un archivo SVS
Un archivo SVS es un TIFF con varias imágenes: el escaneo a resolución completa (en teselas, normalmente con compresión JPEG), una miniatura, dos o tres niveles de resolución reducida, una foto de la etiqueta del portaobjetos y una imagen macro a bajo aumento de todo el cristal. La descripción de la primera imagen contiene los detalles del escaneo, entre ellos el MPP (micrómetros por píxel, unos 0,25 en un escaneo a 40× y 0,5 a 20×) y el AppMag. El visor los lee todos: la pirámide controla el zoom, el MPP la barra de escala, y la etiqueta y la imagen macro se abren con los botones situados junto a la imagen.
Archivos SVS con JPEG 2000
Algunos escáneres de Aperio comprimen los portaobjetos con JPEG 2000 (compresión TIFF 33003 o 33005). Los navegadores no pueden decodificar JPEG 2000 sin WebAssembly, así que esta página te lo indica en lugar de mostrar una imagen en blanco. Aperio ImageScope (Windows), QuPath y SlideScope los abren. Para comprobar antes un archivo, ábrelo en el visor de metadatos TIFF y mira el campo Compression.
La imagen de etiqueta y los datos del paciente
La imagen de etiqueta es una foto de la etiqueta de papel pegada al cristal y puede mostrar un código de barras, un número de caso o el nombre de un paciente. Verla aquí la mantiene en tu ordenador; compartir el archivo, no. Consulta cómo eliminar etiquetas y datos del paciente antes de enviar un portaobjetos fuera de tu institución.
Lo que no abre
- SVS con JPEG 2000 (compresión Aperio 33003/33005), JPEG XR y JPEG XL no pueden decodificarse en un navegador sin WebAssembly, que esta página no carga.
- Formatos no basados en TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR y DICOM necesitan un lector de escritorio. NDPI se parece a TIFF, pero guarda cada nivel como un único JPEG enorme, demasiado grande para una pestaña del navegador.
- OME-TIFF con varias series: muestra la primera serie.
- Sin mediciones, anotaciones ni análisis: es un visor.
Para esos formatos, y para medir, anotar y contar células en tus propias imágenes, SlideScope abre 34 formatos de microscopio y de escáner de portaobjetos en Windows y Mac. SlideScope, la aplicación de microscopía de escritorio creada por el mismo equipo, es una aplicación de pago con una biblioteca de muestras gratuita (todas las herramientas) y una suscripción para tus propias imágenes. Alternativas gratuitas: Fiji (Bio-Formats) y QuPath.
Cómo abre un archivo sin subirlo
Cuando eliges un archivo, el navegador le da a esta página un identificador que apunta a él en tu disco. La página lee solo los bytes que necesita: primero el directorio TIFF y luego las teselas de la parte de la imagen que está en pantalla, y las decodifica en la página con un lector TIFF de código abierto (geotiff). No se envía nada a ningún servidor, así que los datos no publicados y los portaobjetos con etiquetas de pacientes se quedan en tu ordenador, y los portaobjetos de varios gigabytes se abren en segundos porque nunca se copian a ninguna parte. Cierra la pestaña y el archivo desaparece de la página.
La página carga sus propios scripts desde slidescope.science y el contador de visitas del sitio, respetuoso con la privacidad; ninguno de los dos ve nunca tu imagen. Licencias de código abierto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Preguntas
¿Cómo puedo abrir un archivo SVS online?
Ábrelo en esta página: el navegador lee el portaobjetos desde tu disco y lo muestra con zoom, la miniatura, la etiqueta, la imagen macro y los detalles del escaneo. No se sube nada.
¿Por qué no se abre mi archivo SVS?
Probablemente está comprimido con JPEG 2000 (compresión 33003 o 33005), que los navegadores no pueden decodificar. Ábrelo en Aperio ImageScope, QuPath o SlideScope.
¿De qué tamaño puede ser el archivo SVS?
De cualquier tamaño que el navegador pueda direccionar: solo se leen las teselas visibles en pantalla, así que un portaobjetos de 3 GB se abre casi tan rápido como uno pequeño.
¿Muestra la etiqueta del portaobjetos?
Sí, como una imagen aparte. Ten en cuenta que las etiquetas pueden contener información del paciente.
¿Este visor SVS es gratuito?
Sí, es gratuita y no necesita cuenta. SlideScope, la aplicación de microscopía de escritorio creada por el mismo equipo, es una aplicación de pago con una biblioteca de muestras gratuita (todas las herramientas) y una suscripción para tus propias imágenes.
¿Necesitas más de lo que puede hacer un navegador?
SlideScope abre 34 formatos de microscopio y de escáner de portaobjetos en Windows y Mac, entre ellos CZI, ND2, LIF, MRXS y SVS con JPEG 2000, con mediciones, anotaciones, recuento de células y exportación a OME-TIFF a resolución completa. Prueba gratis todas las herramientas con las muestras integradas; para abrir tus propias imágenes necesitas una suscripción. ¿Ya lo tienes claro? Suscríbete ahora.