O que contém um ficheiro SVS
Um ficheiro SVS é um TIFF com várias imagens: a digitalização em resolução total (em mosaicos, normalmente com compressão JPEG), uma miniatura, dois ou três níveis de resolução reduzida, uma fotografia da etiqueta da lâmina e uma imagem macro de baixa ampliação de todo o vidro. A descrição da primeira imagem contém os detalhes da digitalização, incluindo o MPP (micrómetros por píxel, cerca de 0,25 para uma digitalização a 40× e 0,5 para 20×) e o AppMag. O visualizador lê todas elas: a pirâmide comanda o zoom, o MPP a barra de escala, e a etiqueta e a macro abrem com os botões ao lado da imagem.
Ficheiros SVS JPEG 2000
Alguns digitalizadores Aperio comprimem as lâminas com JPEG 2000 (compressão TIFF 33003 ou 33005). Os navegadores não conseguem descodificar JPEG 2000 sem WebAssembly, por isso esta página indica-o em vez de mostrar uma imagem em branco. O Aperio ImageScope (Windows), o QuPath e o SlideScope abrem-nos. Para verificar primeiro um ficheiro, abra-o no visualizador de metadados TIFF e veja o campo Compression.
A imagem da etiqueta e os dados do doente
A imagem da etiqueta é uma fotografia da etiqueta de papel no vidro e pode mostrar um código de barras, um número de caso ou o nome de um doente. Vê-la aqui mantém-na no seu computador; partilhar o ficheiro não. Consulte como remover etiquetas e dados do doente antes de enviar uma lâmina para fora da sua instituição.
O que não abre
- SVS JPEG 2000 (compressão Aperio 33003/33005), JPEG XR e JPEG XL não podem ser descodificados num navegador sem WebAssembly, que esta página não carrega.
- Não baseados em TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR e DICOM precisam de um leitor para computador. O NDPI é semelhante a TIFF, mas guarda cada nível como um único JPEG enorme, demasiado grande para um separador do navegador.
- OME-TIFF com várias séries: mostra a primeira série.
- Sem medições, anotações nem análise: é um visualizador.
Para esses formatos, e para medir, anotar e contar células nas suas próprias imagens, o SlideScope abre 34 formatos de microscópios e digitalizadores de lâminas no Windows e no Mac. O SlideScope, a aplicação de microscopia para computador da mesma equipa, é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma subscrição para as suas próprias imagens. Alternativas gratuitas: Fiji (Bio-Formats) e QuPath.
Como abre um ficheiro sem o carregar
Quando escolhe um ficheiro, o navegador entrega a esta página um identificador desse ficheiro no seu disco. A página lê apenas os bytes de que precisa: primeiro o diretório TIFF, depois os mosaicos da parte da imagem que está no ecrã, e descodifica-os na página com um leitor de TIFF de código aberto (geotiff). Nada é enviado para um servidor, por isso os dados não publicados e as lâminas com etiquetas de doentes ficam no seu computador, e lâminas de vários gigabytes abrem em segundos porque nunca são copiadas para lado nenhum. Feche o separador e o ficheiro desaparece da página.
A página carrega os seus próprios scripts a partir de slidescope.science e o contador de visualizações de página do site, que respeita a privacidade; nenhum deles vê alguma vez a sua imagem. Licenças de código aberto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Perguntas
Como posso abrir um ficheiro SVS online?
Abra-o nesta página: o navegador lê a lâmina do seu disco e mostra-a com zoom, a miniatura, a etiqueta e a macro, e os detalhes da digitalização. Nada é carregado.
Porque é que o meu ficheiro SVS não abre?
Provavelmente está comprimido com JPEG 2000 (compressão 33003 ou 33005), que os navegadores não conseguem descodificar. Abra-o antes no Aperio ImageScope, no QuPath ou no SlideScope.
Qual o tamanho máximo de ficheiro SVS que consegue abrir?
Qualquer tamanho que o navegador consiga endereçar: só são lidos os mosaicos visíveis no ecrã, por isso uma lâmina de 3 GB abre praticamente tão depressa como uma pequena.
Mostra a etiqueta da lâmina?
Sim, como imagem separada. Tenha em conta que as etiquetas podem conter informação do doente.
Este visualizador SVS é gratuito?
Sim, é gratuita e não precisa de conta. O SlideScope, a aplicação de microscopia para computador da mesma equipa, é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma subscrição para as suas próprias imagens.
Precisa de mais do que um navegador consegue fazer?
O SlideScope abre 34 formatos de microscópios e digitalizadores de lâminas no Windows e no Mac, entre eles CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS JPEG 2000, com medições, anotações, contagem de células e exportação OME-TIFF em resolução total. Experimente gratuitamente todas as ferramentas nas amostras incluídas; para abrir as suas próprias imagens precisa de uma subscrição. Já decidiu? Subscreva agora.