Co zawiera plik SVS
Plik SVS to plik TIFF z kilkoma obrazami: skanem w pełnej rozdzielczości (podzielonym na kafelki, zwykle skompresowanym JPEG), miniaturą, dwoma lub trzema poziomami o obniżonej rozdzielczości, zdjęciem etykiety preparatu oraz obrazem makro całego szkiełka w małym powiększeniu. Opis pierwszego obrazu zawiera szczegóły skanu, w tym MPP (mikrometry na piksel, około 0,25 dla skanu 40× i 0,5 dla 20×) oraz AppMag. Przeglądarka odczytuje je wszystkie: piramida steruje powiększaniem, MPP paskiem skali, a etykietę i obraz makro otwierają przyciski obok obrazu.
Pliki SVS z kompresją JPEG 2000
Niektóre skanery Aperio kompresują preparaty w formacie JPEG 2000 (kompresja TIFF 33003 lub 33005). Przeglądarki internetowe nie potrafią zdekodować JPEG 2000 bez WebAssembly, więc ta strona informuje o tym, zamiast pokazywać pusty obraz. Aperio ImageScope (Windows), QuPath i SlideScope je otwierają. Aby najpierw sprawdzić plik, otwórz go w przeglądarce metadanych TIFF i sprawdź pole Compression.
Obraz etykiety i dane pacjenta
Obraz etykiety to zdjęcie papierowej etykiety na szkiełku i może zawierać kod kreskowy, numer przypadku lub nazwisko pacjenta. Oglądanie go tutaj nie wyprowadza go poza Twój komputer; udostępnienie pliku już tak. Zanim wyślesz preparat poza swoją instytucję, przeczytaj, jak usunąć etykiety i dane pacjenta.
Czego nie otwiera
- SVS z JPEG 2000 (kompresja Aperio 33003/33005), JPEG XR i JPEG XL nie dają się zdekodować w przeglądarce internetowej bez WebAssembly, którego ta strona nie ładuje.
- Formaty nieoparte na TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR i DICOM wymagają czytnika desktopowego. NDPI przypomina TIFF, ale każdy poziom przechowuje jako jeden ogromny plik JPEG, zbyt duży dla karty przeglądarki.
- OME-TIFF z kilkoma seriami pokazuje pierwszą serię.
- Bez pomiarów, adnotacji i analizy: to tylko przeglądarka.
Do tych formatów, a także do mierzenia, adnotacji i liczenia komórek na własnych obrazach, SlideScope otwiera 34 formaty mikroskopów i skanerów preparatów na Windows i Macu. SlideScope, desktopowa aplikacja mikroskopowa tego samego zespołu, to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia) i subskrypcją na własne obrazy. Bezpłatne alternatywy: Fiji (Bio-Formats) i QuPath.
Jak otwiera plik bez przesyłania go
Gdy wybierasz plik, przeglądarka internetowa przekazuje tej stronie uchwyt do niego na Twoim dysku. Strona odczytuje tylko potrzebne bajty: najpierw katalog TIFF, potem kafelki dla widocznej na ekranie części obrazu, i dekoduje je na stronie za pomocą otwartoźródłowego czytnika TIFF (geotiff). Nic nie jest wysyłane na serwer, więc nieopublikowane dane i preparaty z etykietami pacjentów zostają na Twoim komputerze, a wielogigabajtowe preparaty otwierają się w kilka sekund, bo nigdy nie są nigdzie kopiowane. Zamknij kartę, a plik zniknie ze strony.
Strona ładuje własne skrypty z slidescope.science oraz szanujący prywatność licznik odsłon witryny; żadne z nich nigdy nie widzi Twojego obrazu. Licencje open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Pytania
Jak otworzyć plik SVS online?
Otwórz go na tej stronie: przeglądarka odczytuje preparat z Twojego dysku i wyświetla go z powiększaniem, miniaturą, etykietą, obrazem makro i szczegółami skanu. Nic nie jest wysyłane.
Dlaczego mój plik SVS się nie otwiera?
Prawdopodobnie jest skompresowany w JPEG 2000 (kompresja 33003 lub 33005), którego przeglądarki internetowe nie potrafią zdekodować. Otwórz go zamiast tego w Aperio ImageScope, QuPath lub SlideScope.
Jak duży plik SVS można otworzyć?
Każdy, który przeglądarka internetowa jest w stanie zaadresować: odczytywane są tylko kafelki widoczne na ekranie, więc preparat o rozmiarze 3 GB otwiera się mniej więcej tak szybko jak mały.
Czy pokazuje etykietę preparatu?
Tak, jako osobny obraz. Pamiętaj, że etykiety mogą zawierać dane pacjenta.
Czy ta przeglądarka SVS jest bezpłatna?
Tak, jest bezpłatne i nie wymaga konta. SlideScope, desktopowa aplikacja mikroskopowa tego samego zespołu, to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia) i subskrypcją na własne obrazy.
Potrzebujesz więcej, niż potrafi przeglądarka internetowa?
SlideScope otwiera 34 formaty mikroskopów i skanerów preparatów na Windows i Macu, w tym CZI, ND2, LIF, MRXS i SVS z JPEG 2000, z pomiarami, adnotacjami, liczeniem komórek i eksportem do OME-TIFF w pełnej rozdzielczości. Wypróbuj wszystkie narzędzia bezpłatnie na wbudowanych przykładach; do otwierania własnych obrazów potrzebna jest subskrypcja. Już zdecydowane? Subskrybuj teraz.