Що всередині файлу SVS
Файл SVS — це TIFF з кількома зображеннями: скан у повній роздільній здатності (поділений на плитки, зазвичай зі стисненням JPEG), мініатюра, два-три рівні зниженої роздільної здатності, фото етикетки слайда та макрозображення всього скла з малим збільшенням. Опис першого зображення містить параметри сканування, зокрема MPP (мікрометрів на піксель, приблизно 0.25 для сканування 40× і 0.5 для 20×) та AppMag. Переглядач читає їх усі: піраміда забезпечує масштабування, MPP — масштабну лінійку, а етикетка й макрозображення відкриваються кнопками поруч із зображенням.
Файли SVS зі стисненням JPEG 2000
Деякі сканери Aperio стискають слайди у форматі JPEG 2000 (стиснення TIFF 33003 або 33005). Браузери не можуть декодувати JPEG 2000 без WebAssembly, тому ця сторінка повідомляє про це, а не показує порожнє зображення. Aperio ImageScope (Windows), QuPath і SlideScope їх відкривають. Щоб спершу перевірити файл, відкрийте його в переглядачі метаданих TIFF і подивіться на Compression.
Зображення етикетки та дані пацієнта
Зображення етикетки — це фото паперової етикетки на склі; на ньому може бути штрихкод, номер випадку або ім’я пацієнта. Перегляд тут залишає його на вашому комп’ютері; надсилання файлу — ні. Перш ніж надсилати слайд за межі вашої установи, див. як видалити етикетки та дані пацієнта.
Що він не відкриває
- SVS у JPEG 2000 (стиснення Aperio 33003/33005), JPEG XR і JPEG XL неможливо декодувати в браузері без WebAssembly, який ця сторінка не завантажує.
- Не на основі TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR і DICOM потребують настільної програми для читання. NDPI схожий на TIFF, але зберігає кожен рівень як один величезний JPEG, завеликий для вкладки браузера.
- OME-TIFF з кількома серіями показує першу серію.
- Жодних вимірювань, анотацій чи аналізу: це переглядач.
Для цих форматів, а також для вимірювання, анотування й підрахунку клітин на ваших власних зображеннях SlideScope відкриває 34 формати мікроскопів і слайд-сканерів у Windows і на Mac. SlideScope, настільна програма для мікроскопії від тієї самої команди, — платна програма з безкоштовною бібліотекою зразків (усі інструменти) і передплатою для ваших власних зображень. Безкоштовні альтернативи: Fiji (Bio-Formats) і QuPath.
Як він відкриває файл без завантаження на сервер
Коли ви вибираєте файл, браузер передає цій сторінці дескриптор файлу на вашому диску. Сторінка читає лише потрібні байти: спершу каталог TIFF, потім плитки для тієї частини зображення, що на екрані, і декодує їх на сторінці за допомогою TIFF-бібліотеки з відкритим кодом (geotiff). На сервер нічого не надсилається, тож неопубліковані дані та слайди з етикетками пацієнтів залишаються на вашому комп’ютері, а слайди розміром у кілька гігабайтів відкриваються за секунди, бо їх ніколи нікуди не копіюють. Закрийте вкладку — і файлу на сторінці більше немає.
Сторінка завантажує власні скрипти зі slidescope.science і лічильник переглядів сторінок сайту, що поважає конфіденційність; жоден із них ніколи не бачить вашого зображення. Ліцензії відкритого коду: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Запитання
Як відкрити файл SVS онлайн?
Відкрийте його на цій сторінці: браузер читає слайд з вашого диска й показує його з масштабуванням, мініатюрою, етикеткою, макрозображенням і параметрами сканування. Нічого не завантажується на сервер.
Чому мій файл SVS не відкривається?
Найімовірніше, він стиснений у JPEG 2000 (стиснення 33003 або 33005), який браузери не можуть декодувати. Відкрийте його натомість в Aperio ImageScope, QuPath або SlideScope.
Наскільки великий файл SVS він може відкрити?
Будь-якого розміру, який може адресувати браузер: читаються лише плитки, видимі на екрані, тому слайд на 3 GB відкривається приблизно так само швидко, як і малий.
Чи показує він етикетку слайда?
Так, як окреме зображення. Пам’ятайте, що етикетки можуть містити інформацію про пацієнта.
Чи цей переглядач SVS безкоштовний?
Так, він безкоштовний і не потребує облікового запису. SlideScope, настільна програма для мікроскопії від тієї самої команди, — платна програма з безкоштовною бібліотекою зразків (усі інструменти) і передплатою для ваших власних зображень.
Потрібно більше, ніж може браузер?
SlideScope відкриває 34 формати мікроскопів і слайд-сканерів у Windows і на Mac, серед них CZI, ND2, LIF, MRXS і SVS у JPEG 2000, з вимірюваннями, анотаціями, підрахунком клітин і експортом в OME-TIFF у повній роздільній здатності. Спробуйте всі інструменти безкоштовно на вбудованих зразках; щоб відкривати власні зображення, потрібна передплата. Уже вирішили? Оформити передплату зараз.