Bên trong một tệp SVS có gì
Tệp SVS là một tệp TIFF chứa nhiều ảnh: bản quét ở độ phân giải đầy đủ (chia ô, thường nén JPEG), một ảnh thu nhỏ, hai hoặc ba mức độ phân giải thấp hơn, một ảnh chụp nhãn tiêu bản và một ảnh macro độ phóng đại thấp của toàn bộ lam kính. Phần mô tả của ảnh đầu tiên chứa thông tin quét, gồm MPP (micromet trên mỗi pixel, khoảng 0,25 với bản quét 40× và 0,5 với 20×) và AppMag. Trình xem đọc tất cả các thông tin này: kim tự tháp ảnh điều khiển việc phóng to, MPP dùng cho thanh tỷ lệ, còn ảnh nhãn và ảnh macro mở bằng các nút bên cạnh ảnh.
Tệp SVS nén JPEG 2000
Một số máy quét Aperio nén tiêu bản bằng JPEG 2000 (TIFF compression 33003 hoặc 33005). Trình duyệt không thể giải mã JPEG 2000 nếu không có WebAssembly, vì vậy trang này sẽ thông báo rõ thay vì hiển thị một ảnh trống. Aperio ImageScope (Windows), QuPath và SlideScope mở được các tệp này. Để kiểm tra tệp trước, hãy mở nó trong trình xem siêu dữ liệu TIFF và xem mục Compression.
Ảnh nhãn và dữ liệu bệnh nhân
Ảnh nhãn là ảnh chụp tờ nhãn giấy dán trên lam kính và có thể hiển thị mã vạch, số hồ sơ ca bệnh hoặc tên bệnh nhân. Xem ảnh nhãn tại đây thì nó vẫn nằm trên máy tính của bạn; còn chia sẻ tệp thì không. Hãy xem cách xóa nhãn và dữ liệu bệnh nhân trước khi gửi tiêu bản ra ngoài cơ sở của bạn.
Những gì công cụ không mở được
- SVS JPEG 2000 (nén Aperio 33003/33005), JPEG XR và JPEG XL không thể giải mã trong trình duyệt nếu không có WebAssembly, mà trang này không tải WebAssembly.
- Không dựa trên TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR và DICOM cần trình đọc trên máy tính. NDPI giống TIFF nhưng lưu mỗi mức thành một ảnh JPEG khổng lồ, quá lớn đối với một thẻ trình duyệt.
- OME-TIFF có nhiều series chỉ hiển thị series đầu tiên.
- Không có phép đo, chú thích hay phân tích: đây chỉ là trình xem.
Với các định dạng đó, và để đo, chú thích và đếm tế bào trên ảnh của riêng bạn, SlideScope mở 34 định dạng của kính hiển vi và máy quét tiêu bản trên Windows và Mac. SlideScope, ứng dụng hiển vi trên máy tính do cùng đội ngũ phát triển, là ứng dụng trả phí có thư viện mẫu miễn phí (với mọi công cụ) và gói thuê bao cho ảnh của riêng bạn. Lựa chọn miễn phí: Fiji (Bio-Formats) và QuPath.
Cách công cụ mở tệp mà không tải lên
Khi bạn chọn tệp, trình duyệt trao cho trang này quyền truy cập tệp đó trên ổ đĩa của bạn. Trang chỉ đọc những byte cần thiết: thư mục TIFF trước, rồi các ô ảnh của phần ảnh đang hiển thị trên màn hình, và giải mã chúng ngay trong trang bằng một trình đọc TIFF mã nguồn mở (geotiff). Không có gì được gửi tới máy chủ, nên dữ liệu chưa công bố và tiêu bản có nhãn bệnh nhân vẫn ở trên máy tính của bạn, và tiêu bản nhiều gigabyte mở trong vài giây vì chúng không bao giờ bị sao chép đi đâu. Đóng thẻ là tệp biến mất khỏi trang.
Trang tải các script của chính nó từ slidescope.science và bộ đếm lượt xem trang tôn trọng quyền riêng tư của trang web; không thành phần nào nhìn thấy ảnh của bạn. Giấy phép mã nguồn mở: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Câu hỏi
Làm thế nào để mở tệp SVS trực tuyến?
Hãy mở tệp ngay trên trang này: trình duyệt đọc tiêu bản từ ổ đĩa của bạn và hiển thị nó với chức năng phóng to, ảnh thu nhỏ, ảnh nhãn, ảnh macro và thông tin quét. Không có gì được tải lên.
Vì sao tệp SVS của tôi không mở được?
Nhiều khả năng tệp được nén bằng JPEG 2000 (compression 33003 hoặc 33005), định dạng mà trình duyệt không giải mã được. Thay vào đó, hãy mở tệp bằng Aperio ImageScope, QuPath hoặc SlideScope.
Trình xem này mở được tệp SVS lớn đến mức nào?
Mọi kích thước mà trình duyệt có thể truy cập: chỉ những ô ảnh đang hiển thị trên màn hình mới được đọc, nên một tiêu bản 3 GB mở nhanh gần như một tiêu bản nhỏ.
Trình xem có hiển thị nhãn tiêu bản không?
Có, dưới dạng một ảnh riêng. Hãy lưu ý rằng nhãn có thể chứa thông tin của bệnh nhân.
Trình xem SVS này có miễn phí không?
Có, công cụ miễn phí và không cần tài khoản. SlideScope, ứng dụng hiển vi trên máy tính do cùng đội ngũ phát triển, là ứng dụng trả phí có thư viện mẫu miễn phí (với mọi công cụ) và gói thuê bao cho ảnh của riêng bạn.
Cần nhiều hơn những gì trình duyệt làm được?
SlideScope mở 34 định dạng của kính hiển vi và máy quét tiêu bản trên Windows và Mac, trong đó có CZI, ND2, LIF, MRXS và SVS JPEG 2000, với các tính năng đo, chú thích, đếm tế bào và xuất OME-TIFF độ phân giải đầy đủ. Dùng thử miễn phí mọi công cụ trên các mẫu tích hợp; để mở ảnh của riêng bạn, bạn cần một gói thuê bao. Đã quyết định? Đăng ký ngay.