Che cosa contiene un file SVS
Un file SVS è un TIFF con più immagini: la scansione a piena risoluzione (a tessere, di solito con compressione JPEG), una miniatura, due o tre livelli a risoluzione ridotta, una foto dell’etichetta del vetrino e un’immagine macro a basso ingrandimento dell’intero vetrino. La descrizione della prima immagine contiene i dettagli della scansione, tra cui MPP (micrometri per pixel, circa 0,25 per una scansione a 40× e 0,5 per 20×) e AppMag. Il visualizzatore li legge tutti: la piramide gestisce lo zoom, l’MPP la barra di scala, mentre l’etichetta e la macro si aprono con i pulsanti accanto all’immagine.
File SVS in JPEG 2000
Alcuni scanner Aperio comprimono i vetrini in JPEG 2000 (compressione TIFF 33003 o 33005). I browser non possono decodificare il JPEG 2000 senza WebAssembly, quindi questa pagina lo segnala invece di mostrare un’immagine vuota. Aperio ImageScope (Windows), QuPath e SlideScope li aprono. Per controllare prima un file, aprilo nel visualizzatore di metadati TIFF e guarda la voce Compression.
L’immagine dell’etichetta e i dati del paziente
L’immagine dell’etichetta è una foto dell’etichetta cartacea sul vetrino e può mostrare un codice a barre, un numero di caso o il nome di un paziente. Visualizzarla qui la lascia sul tuo computer; condividere il file no. Leggi come rimuovere etichette e dati del paziente prima di inviare un vetrino fuori dal tuo istituto.
Che cosa non apre
- SVS JPEG 2000 (compressione Aperio 33003/33005), JPEG XR e JPEG XL non si possono decodificare in un browser senza WebAssembly, che questa pagina non carica.
- Non basati su TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR e DICOM richiedono un lettore desktop. NDPI è simile al TIFF, ma memorizza ogni livello come un unico JPEG enorme, troppo grande per una scheda del browser.
- OME-TIFF con più serie: viene mostrata la prima serie.
- Niente misure, annotazioni o analisi: è un visualizzatore.
Per quei formati, e per misurare, annotare e contare le cellule sulle tue immagini, SlideScope apre 34 formati di microscopi e scanner per vetrini su Windows e Mac. SlideScope, l’app desktop per microscopia creata dallo stesso team, è un’app a pagamento con una libreria di campioni gratuita (tutti gli strumenti) e un abbonamento per le tue immagini. Alternative gratuite: Fiji (Bio-Formats) e QuPath.
Come apre un file senza caricarlo
Quando scegli un file, il browser passa a questa pagina un riferimento al file sul tuo disco. La pagina legge solo i byte che le servono: prima la directory TIFF, poi le tessere della parte di immagine sullo schermo, e le decodifica nella pagina con un lettore TIFF open source (geotiff). Nulla viene inviato a un server, quindi i dati non pubblicati e i vetrini con etichette dei pazienti restano sul tuo computer, e i vetrini da diversi gigabyte si aprono in pochi secondi perché non vengono mai copiati da nessuna parte. Chiudi la scheda e il file sparisce dalla pagina.
La pagina carica i propri script da slidescope.science e il contatore di visite del sito, rispettoso della privacy; nessuno dei due vede mai la tua immagine. Licenze open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Domande
Come posso aprire un file SVS online?
Aprilo in questa pagina: il browser legge il vetrino dal tuo disco e lo mostra con zoom, miniatura, etichetta e macro e i dettagli della scansione. Nulla viene caricato.
Perché il mio file SVS non si apre?
Probabilmente è compresso in JPEG 2000 (compressione 33003 o 33005), che i browser non possono decodificare. Aprilo invece in Aperio ImageScope, QuPath o SlideScope.
Quanto può essere grande un file SVS da aprire?
Qualsiasi dimensione che il browser riesce a indirizzare: vengono lette solo le tessere visibili sullo schermo, quindi un vetrino da 3 GB si apre più o meno velocemente quanto uno piccolo.
Mostra l’etichetta del vetrino?
Sì, come immagine separata. Tieni presente che le etichette possono contenere informazioni sul paziente.
Questo visualizzatore SVS è gratuito?
Sì, è gratuito e non richiede un account. SlideScope, l’app desktop per microscopia creata dallo stesso team, è un’app a pagamento con una libreria di campioni gratuita (tutti gli strumenti) e un abbonamento per le tue immagini.
Ti serve più di quanto possa fare un browser?
SlideScope apre 34 formati di microscopi e scanner per vetrini su Windows e Mac, tra cui CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS JPEG 2000, con misure, annotazioni, conteggio delle cellule ed esportazione OME-TIFF a piena risoluzione. Prova gratis tutti gli strumenti sui campioni inclusi; per aprire le tue immagini serve un abbonamento. Hai già deciso? Abbonati ora.