SVS ファイルの中身
SVS ファイルは複数の画像を含む TIFF です。フル解像度のスキャン画像(タイル化され、通常は JPEG 圧縮)、サムネイル、2~3 段階の縮小解像度レベル、スライドラベルの写真、そしてガラス全体を低倍率で撮影したマクロ画像が入っています。最初の画像の説明欄にはスキャンの詳細が記録されており、その中には MPP(1 ピクセルあたりのマイクロメートル数。40× スキャンで約 0.25、20× で約 0.5)と AppMag が含まれます。このビューアはこれらすべてを読み取ります。ピラミッドはズームに、MPP はスケールバーに使われ、ラベルとマクロは画像の横にあるボタンで開きます。
JPEG 2000 の SVS ファイル
一部の Aperio スキャナーは、スライドを JPEG 2000(TIFF の圧縮方式 33003 または 33005)で圧縮します。ブラウザーは WebAssembly なしでは JPEG 2000 をデコードできないため、このページでは空白の画像を表示する代わりにその旨をお知らせします。こうしたファイルは Aperio ImageScope(Windows)、QuPath、SlideScope で開けます。事前に確認したい場合は、TIFF メタデータビューアでファイルを開き、Compression の項目をご覧ください。
ラベル画像と患者データ
ラベル画像はガラスに貼られた紙ラベルの写真で、バーコード、症例番号、患者の氏名が写っていることがあります。このページで表示する限り画像はお使いのコンピューターから出ませんが、ファイルを共有すればその限りではありません。スライドを施設外に送る前に、ラベルと患者データを削除する方法をご覧ください。
開けないもの
- JPEG 2000 SVS(Aperio 圧縮 33003/33005)、JPEG XR、JPEG XL は WebAssembly なしではブラウザーでデコードできず、このページは WebAssembly を読み込みません。
- TIFF ベースではない形式:CZI、ND2、LIF、MRXS、VSI、IMS、OIB/OIR、DICOM にはデスクトップのリーダーが必要です。NDPI は TIFF に似ていますが、各レベルを 1 つの巨大な JPEG として保存しているため、ブラウザーのタブで扱うには大きすぎます。
- 複数のシリーズを含む OME-TIFF は、最初のシリーズを表示します。
- 計測、注釈、解析はできません。あくまでビューアです。
これらの形式や、ご自身の画像での計測・注釈・細胞計数には、SlideScope が Windows と Mac で 34 種類の顕微鏡・スライドスキャナー形式を開けます。同じチームが開発したデスクトップ顕微鏡アプリ SlideScope は、無料のサンプルライブラリ(全ツール利用可)が付属する有料アプリで、ご自身の画像にはサブスクリプションが必要です。無料の代替手段:Fiji(Bio-Formats)と QuPath。
アップロードせずにファイルを開く仕組み
ファイルを選ぶと、ブラウザーはディスク上のそのファイルへのハンドルをこのページに渡します。ページは必要なバイトだけを読み込みます。まず TIFF ディレクトリ、次に画面に表示されている部分のタイルを読み込み、オープンソースの TIFF リーダー(geotiff)を使ってページ内でデコードします。サーバーには何も送信されないため、未発表のデータや患者ラベル付きのスライドはコンピューター上に留まり、数ギガバイトのスライドもどこにもコピーされないので数秒で開きます。タブを閉じれば、ファイルはページから消えます。
このページは、slidescope.science から自身のスクリプトと、プライバシーに配慮したサイトのページビューカウンターを読み込みます。どちらも画像を見ることはありません。オープンソースライセンス:image-tools-vendor.LICENSE.txt。
質問
SVS ファイルをオンラインで開くにはどうすればよいですか?
このページで開いてください。ブラウザーがディスクからスライドを読み込み、ズーム、サムネイル、ラベル、マクロ、スキャンの詳細とともに表示します。何もアップロードされません。
SVS ファイルが開かないのはなぜですか?
おそらく JPEG 2000 で圧縮されている(圧縮方式 33003 または 33005)ためで、ブラウザーではデコードできません。代わりに Aperio ImageScope、QuPath、SlideScope で開いてください。
どのくらいの大きさの SVS ファイルまで開けますか?
ブラウザーが扱えるサイズであれば開けます。画面に表示されているタイルだけを読み込むため、3 GB のスライドも小さなスライドとほぼ同じ速さで開きます。
スライドラベルは表示されますか?
はい、別の画像として表示されます。ラベルには患者情報が含まれている場合があることにご注意ください。
この SVS ビューアは無料ですか?
はい、無料でアカウントも不要です。同じチームが開発したデスクトップ顕微鏡アプリ SlideScope は、無料のサンプルライブラリ(全ツール利用可)が付属する有料アプリで、ご自身の画像にはサブスクリプションが必要です。
ブラウザーでできる以上のことが必要ですか?
SlideScope は Windows と Mac で、CZI、ND2、LIF、MRXS、JPEG 2000 SVS を含む 34 種類の顕微鏡・スライドスキャナー形式を開き、計測、注釈、細胞計数、フル解像度の OME-TIFF 書き出しに対応します。内蔵サンプルですべてのツールを無料でお試しいただけます。ご自身の画像を開くにはサブスクリプションが必要です。もうお決まりですか?今すぐ登録。
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