ไฟล์ CZI หลายซีน: ดูทุกซีนและส่งออกเป็น OME-TIFF
ไฟล์ CZI สามารถเก็บได้หลายซีน เช่น หลุมของเพลต บริเวณไทล์ หรือบริเวณที่สแกนของสไลด์ SlideScope แสดงแต่ละซีนแยกกันหรือแสดงทั้งหมดพร้อมกัน และส่งออกซีนที่คุณกำลังดูหรือทุกซีนเป็น OME-TIFF วิดีโอและขั้นตอนด้านล่างใช้ไฟล์ตัวอย่างสาธารณะที่มีสองซีน
ดูเวิร์กโฟลว์ทั้งหมด (1 นาที 41 วินาที)
เบราว์เซอร์ของคุณเล่นวิดีโอนี้ไม่ได้ คำบรรยายด้านล่างมีเนื้อหาทั้งหมดที่พูดในวิดีโอ
การเปิด CZI ที่มีสองซีน การสลับซีน XY Overview ช่องสัญญาณ Details การส่งออกหนึ่งซีนและทุกซีน และการเปิด OME-TIFF อีกครั้ง บรรยายเป็นภาษาอังกฤษ มีคำบรรยายใต้ภาพในทุกภาษาของเว็บไซต์ เรนเดอร์จาก SlideScope 1.8.56 บน Windows รุ่นสำหรับ macOS มีตัวควบคุมเหมือนกัน อัปเดตหลังการบันทึก: การเปิดและส่งออกภาพของคุณเองตอนนี้ต้องใช้การสมัครสมาชิก ส่วนภาพตัวอย่างในตัวยังคงใช้ได้ฟรีพร้อมทุกเครื่องมือ
คำบรรยาย ไฟล์ CZI สามารถเก็บได้หลายซีน เช่น หลุมของเพลต บริเวณไทล์ หรือบริเวณที่สแกน มาดูวิธีดูแต่ละซีน และส่งออกเป็น OME-TIFF กัน
CZI ที่มีสองซีน เปิดได้โดยตรง ไม่ต้องแปลง ตัวควบคุม Scene ใช้เลื่อนจากซีนหนึ่งไปยังซีนถัดไป ซีน 2 คือหลุม D7 ซีน 1 คือหลุม D6 XY Overview วางแต่ละซีนไว้ ณ ตำแหน่งที่บันทึก หลุมทั้งสองนี้อยู่ห่างกัน 9 mm
ผสานช่องสัญญาณให้เป็นมุมมองเดียว ปิดช่องสัญญาณหนึ่งเพื่อดูว่าช่องนั้นมีส่วนอะไรในภาพ ซูมเข้า แถบมาตราส่วนยังคงปรับเทียบอยู่ Details แสดงขนาดพิกเซล ช่องสัญญาณ และการตั้งค่าการถ่ายภาพ
หากต้องการส่งออก ให้เลือก File แล้วเลือก Export Current Image as TIFF ขณะที่คุณดูซีนเดียว จะส่งออกเฉพาะซีนนั้น ก่อนเริ่ม คุณจะเห็นขนาดพิกเซล ช่องสัญญาณ และการบีบอัดที่จะเขียนลงไฟล์ หากต้องการส่งออกทุกซีน ให้เปิด XY Overview ก่อน ทุกซีนจะรวมอยู่ในไฟล์ OME-TIFF ไฟล์เดียว โดยแต่ละซีนเป็นภาพแยกของตัวเองภายในไฟล์
เปิดผลลัพธ์ ทั้งสองซีนอยู่ครบ เป็นภาพที่ 1 และภาพที่ 2 ขนาดพิกเซลและชื่อช่องสัญญาณยังอยู่ครบ
บัญชีฟรีช่วยให้คุณเปิดและดูภาพในเครื่องได้ก่อนเริ่มทดลองใช้ การส่งออกต้องใช้การทดลองใช้ 3 วันหรือการสมัครสมาชิก ภาพสแกนแบบไทล์ขนาดใหญ่จะส่งออกที่ความละเอียดของภาพรวม ไม่ใช่ความละเอียดเต็มของการสแกน เป็นแอปเดียวกันทั้งบน macOS และ Windows ภาพในวิดีโอนี้เรนเดอร์บน Windows
ขั้นตอนที่ 1
เปิดไฟล์ CZI
เลือก File › Open File… (Ctrl+O บน Windows, ⌘O บน Mac) หรือลากไฟล์ .czi มาวางบนหน้าต่าง ซีนแรกจะปรากฏทันที ไม่มีการแปลงไฟล์และไม่มีการอัปโหลดไฟล์
ขั้นตอนที่ 2
ไล่ดูทีละซีน
ไฟล์ที่มีหลายซีนจะแสดงตัวควบคุม Scene ใต้ภาพ ใช้ − และ + หรือพิมพ์หมายเลข แต่ละซีนคงขนาดของตัวเองและชื่อจากไฟล์ไว้ เช่น หลุม (D6, D7) หรือบริเวณไทล์
ขั้นตอนที่ 3
ดูทุกซีนใน XY Overview
คลิก XY Overview ข้างตัวควบคุม Scene หรือเลือก View › XY Overview (Ctrl+Shift+X) ทุกซีนจะถูกวาด ณ ตำแหน่งที่บันทึก รวมถึงช่องว่างระหว่างซีน คลิกที่ซีนเพื่อเลือก และดับเบิลคลิกเพื่อเปิด ซีนที่อยู่ห่างกันมาก เช่น หลุมที่ห่างกัน 9 mm จะเริ่มต้นเป็นไทล์ขนาดเล็ก: ซูมเข้าเพื่อดู
ขั้นตอนที่ 4
ตรวจสอบช่องสัญญาณ ขนาดพิกเซล และเมทาดาทา
ใน Display ให้ติ๊ก Blend channels into one view เพื่อดูภาพสีผสม หรือปิดช่องสัญญาณทีละช่อง Details แสดงขนาดพิกเซล มิติ ซีนปัจจุบัน และขนาดของซีน ความสว่าง คอนทราสต์ และสีเปลี่ยนเฉพาะสิ่งที่คุณเห็น ไม่เคยเปลี่ยนพิกเซลที่จัดเก็บไว้
ขั้นตอนที่ 5
เลือก File › Export Current Image as TIFF
เลือก File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C) เลือกโฟลเดอร์และชื่อไฟล์ SlideScope จะเสนอชื่อที่ลงท้ายด้วย .ome.tif
ขั้นตอนที่ 6
ส่งออกหนึ่งซีน หรือทุกซีน
ขณะที่มีซีนเดียวบนหน้าจอ จะส่งออกเฉพาะซีนนั้น โดยใช้ชื่อเช่น sample_scene-2.ome.tif หากต้องการส่งออกทุกซีน ให้เปิด XY Overview ก่อน: ทุกซีนจะรวมอยู่ในไฟล์ OME-TIFF ไฟล์เดียว แต่ละซีนเป็นภาพแยกในขนาดของตัวเอง ก่อนจะเขียนสิ่งใดลงไฟล์ หน้าต่างยืนยันจะแสดงขนาด ขนาดพิกเซล ช่องสัญญาณ และการบีบอัด
ขั้นตอนที่ 7
เปิดผลลัพธ์
คลิก Open Exported TIFF เมื่อการส่งออกเสร็จสิ้น SlideScope จะแสดงแต่ละซีนที่ส่งออกเป็นภาพหนึ่งภาพ ไล่ดูทีละภาพได้ด้วยตัวควบคุม Image โปรแกรมอ่าน OME-TIFF ที่รองรับหลายภาพต่อไฟล์ เช่น Bio-Formats ใน Fiji จะแสดงเป็นชุดภาพ (series) แยกกัน
OME-TIFF ที่ส่งออกมีอะไรบ้าง
ไฟล์เดียว การส่งออกซีนบนหน้าจอจะเขียนภาพหนึ่งภาพ ส่วนการส่งออกจาก XY Overview จะเขียนทุกซีนเป็นภาพแยกภายในไฟล์เดียวกัน แต่ละภาพในขนาดของตัวเอง ไม่ได้สร้างไฟล์แยกสำหรับแต่ละซีน พิกเซลถูกเขียนโดยไม่เปลี่ยนแปลง ด้วยการบีบอัดแบบไม่สูญเสียข้อมูล (Deflate) ความสว่าง คอนทราสต์ และแกมมาเป็นการตั้งค่าการแสดงผล และไม่ถูกนำไปใช้กับไฟล์ที่ส่งออก ขนาดพิกเซลเป็นไมโครเมตร ระยะก้าว Z เมื่อมี Z-stack ชื่อช่องสัญญาณที่บันทึกไว้ใน CZI และสีของช่องสัญญาณที่ตั้งไว้ในโปรแกรมดูขณะนั้น ไฟล์ที่ไม่มีการบันทึกขนาดพิกเซลจะถูกส่งออกโดยไม่มีค่านี้ SlideScope ไม่สร้างค่าการปรับเทียบขึ้นเอง ความละเอียด: ซีนที่ใส่ในหน่วยความจำได้จะถูกส่งออกที่ความละเอียดเต็ม ภาพสแกนแบบไทล์ขนาดใหญ่ เช่น บริเวณจากเครื่องสแกนสไลด์ จะถูกส่งออกที่ความละเอียดของภาพรวม หน้าต่างยืนยันจะระบุอัตราส่วน เช่น 1:8 และขนาดพิกเซลที่บันทึกจะถูกปรับให้สอดคล้องกัน ภาพสแกนความละเอียดเต็มยังคงดูได้ทีละบริเวณใน SlideScope ภาพเดียวที่ส่งออกซึ่งกว้างหรือสูงเกิน 4,096 พิกเซล จะได้ระดับพีระมิดความละเอียดต่ำลงเพิ่มด้วย แต่ไฟล์ที่มีหลายภาพจะไม่มี ไฟล์ที่ใหญ่กว่า 2 GiB จะถูกเขียนเป็น BigTIFF สิ่งที่ไม่ถูกคัดลอก: เมทาดาทาการถ่ายภาพส่วนที่เหลือของ CZI และตำแหน่งของซีนในรูปพิกัดของแท่นวางตัวอย่าง ให้เก็บไฟล์ CZI ต้นฉบับไว้เป็นไฟล์สำหรับจัดเก็บถาวร
สิ่งที่คุณต้องมี
Windows 10 หรือ 11 หรือ macOS 14 ขึ้นไปบน Apple Silicon หรือ Intel สำรวจคลังภาพตัวอย่างในตัวได้ฟรีพร้อมทุกเครื่องมือ การเปิดภาพของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิก การสมัครสมาชิกราคา $35.00 ต่อเดือนและรวมการส่งออกด้วย
หากมีบางอย่างดูไม่ถูกต้อง
แสดงเพียงซีนเดียว ซีนจะไล่ดูทีละซีนได้เมื่อมีชนิดพิกเซลเดียวกัน และมีช่องสัญญาณ ระนาบ Z และจุดเวลาเหมือนกัน หากไม่เป็นเช่นนั้น SlideScope จะแสดงซีนแรกและบอกเหตุผลไว้ใน Details หากไม่ใช่สิ่งที่คุณคาดไว้ ให้ส่งไฟล์มาให้เรา
สีต่างจากใน ZEN สีของช่องสัญญาณมาจากไฟล์ในกรณีที่ไฟล์บันทึกไว้ เปลี่ยนสีได้ใน Display › Channel colour… และไฟล์ที่ส่งออกจะบันทึกสีที่คุณตั้งไว้
ไฟล์ที่ส่งออกเล็กกว่าภาพสแกน ภาพสแกนแบบไทล์ขนาดใหญ่จะถูกส่งออกที่ความละเอียดของภาพรวม และหน้าต่างยืนยันจะแจ้งไว้ก่อนเขียนสิ่งใดลงไฟล์ ภาพสแกนความละเอียดเต็มยังคงดูได้ใน SlideScope
การส่งออกขอให้คุณสมัครสมาชิก กับภาพตัวอย่างในตัว ทุกเครื่องมือใช้ได้ฟรี รวมถึงการส่งออก การส่งออกภาพของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิก
ภาพตัวอย่างในวิดีโอและภาพหน้าจอ: S2_3x3_CH2.czi จากข้อมูลตัวอย่างของ czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0) สองซีนของภาพโมเสก 3 × 3 พร้อม DAPI และ EGFP ไม่มีข้อมูลของลูกค้า
การรองรับ CZI ผ่านการทดสอบมาดีเพียงใด
ในการทดสอบรูปแบบไฟล์ที่เราเผยแพร่ ซึ่งทดสอบเมื่อ 2026-09-18 ไฟล์ CZI เปิดได้ครบทั้ง 48 จาก 48 ไฟล์ โดยมีสูงสุด 8 ช่องสัญญาณ 56 ระนาบ Z และ 10 จุดเวลา ไฟล์ที่ใหญ่ที่สุดมีขนาด 4.5 GB นี่เป็นการทดสอบตัวโหลดในรุ่นที่ใช้งานจริงโดยเราเอง เผยแพร่พร้อมข้อมูลดิบ ไม่ใช่การรับรองจากหน่วยงานอิสระ และไฟล์ตัวอย่างไม่ได้ครอบคลุม CZI ทุกรูปแบบที่ใช้กันอยู่ ไฟล์ทดสอบสาธารณะมีทั้งเพลตหลายหลุมแบบหลายซีนและบริเวณไทล์ แต่ไม่มี CZI แบบหลายซีนจากเครื่องสแกนสไลด์ กรณีนั้นจึงผ่านการทดสอบน้อยกว่า ดูการทดสอบเปรียบเทียบรูปแบบไฟล์ และข้อมูลอ้างอิงความเข้ากันได้
เมื่อใดที่ SlideScope เป็นตัวเลือกที่เหมาะสม เลือก SlideScope เมื่อคุณต้องการแอปเดสก์ท็อปแบบเนทีฟเพียงแอปเดียวบน Mac หรือพีซี Windows ที่เปิดสไลด์และไฟล์กล้องจุลทรรศน์จากผู้ผลิตหลายราย (SVS, NDPI, MRXS, CZI, ND2, LIF, VSI, DICOM และอื่น ๆ) วัดเป็นหน่วยที่ปรับเทียบแล้ว และนับนิวเคลียสและเซลล์ได้โดยไม่ต้องเขียนโค้ด โดยทุกไฟล์ยังคงอยู่บนคอมพิวเตอร์ของคุณเอง
เป็นแอปแบบชำระเงินที่มีคลังภาพตัวอย่างฟรี: ทุกเครื่องมือใช้งานได้กับภาพตัวอย่างในตัว และการเปิดภาพของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิก (PayPal หรือบัตร) หากคุณเปิดเพียงรูปแบบไฟล์ของผู้ผลิตรายเดียวบน Windows โปรแกรมดูฟรีของผู้ผลิตรายนั้นอาจเพียงพอแล้ว สำหรับการวิเคราะห์ด้วยสคริปต์ QuPath และ Fiji เป็นซอฟต์แวร์ฟรีและโอเพนซอร์ส