macOS 上的 CZI

如何在 Mac 上打开 CZI 文件

SlideScope 可在 macOS 14 或更高版本上原生打开 Zeiss CZI 文件，支持 Apple Silicon 和 Intel Mac：每个场景、通道、Z 平面和时间点，以及文件记录的像素尺寸。它可以将正在查看的场景或所有场景导出为一个 OME-TIFF 文件。ZEISS 的免费查看器 ZEN lite 只能在 Windows 上运行。使用 Windows？请参阅如何在 Windows 和 Mac 上打开 CZI 文件。

试着打开您的 CZI 文件观看演示视频
场景、通道、Z 和时间OME-TIFF 导出Apple Silicon 和 Intel

在 Mac 上获取 SlideScope

  1. 下载与您的 Mac 匹配的 macOS 版本：Apple Silicon（M 系列）或 Intel。下载页面会推荐合适的版本。
  2. 打开 DMG，将 SlideScope 拖入“应用程序”文件夹。macOS 安装指南以截图展示了每一步，包括 macOS 要求您确认首次打开时该怎么做。
  3. 打开内置示例库中的示例，或您自己的切片。免费探索内置示例库，可使用所有工具。打开您自己的图像需要订阅。只有当您在结账时选择订阅后，订阅才会开始。

多场景 CZI 文件：查看每个场景并导出 OME-TIFF

一个 CZI 可以包含多个场景：孔板的各个孔、拼接区域或切片的扫描区域。SlideScope 可以单独显示每个场景，也可以同时显示所有场景，并将正在查看的场景或所有场景导出为 OME-TIFF。下面的视频和步骤使用一个公开的双场景示例文件。

观看完整流程（1 分 41 秒）

打开一个双场景 CZI、切换场景、XY Overview、通道、Details、导出单个场景和所有场景，以及重新打开 OME-TIFF。英文旁白；提供网站所有语言的字幕。画面来自 Windows 上的 SlideScope 1.8.56；macOS 版本的控件相同。录制后已有更新：打开和导出您自己的图像现在需要订阅。内置示例仍然免费，且可使用所有工具。
文字稿

一个 CZI 文件可以包含多个场景：孔板的各个孔、拼接区域或扫描区域。下面介绍如何查看每个场景，并将它们导出为 OME-TIFF。

一个包含两个场景的 CZI，直接打开。无需转换。Scene 控件可以从一个场景切换到下一个场景。场景 2 是 D7 孔。场景 1 是 D6 孔。XY Overview 将每个场景放在其采集位置上。这两个孔相距 9 mm。

将通道混合为一个视图（Blend channels into one view）。关闭某个通道，看看它贡献了什么。放大。比例尺始终保持校准。Details 列出像素尺寸、通道和采集设置。

要导出，请选择 File，然后选择 Export Current Image as TIFF。当您查看某一个场景时，只会导出该场景。开始导出前，您会看到将要写入的像素尺寸、通道和压缩方式。要导出所有场景，请先打开 XY Overview。所有场景都写入一个 OME-TIFF 文件，每个场景在其中都是一幅独立的图像。

打开结果。两个场景都在，分别是图像 1 和图像 2。像素尺寸和通道名称都已保留。

免费账户可让您在任何试用之前打开和查看本地图像。导出需要 3 天试用或订阅。大型拼接扫描会以其概览分辨率导出，而不是完整扫描分辨率。macOS 和 Windows 上是同一款应用。本视频画面在 Windows 上录制。

第 1 步

打开 CZI 文件

选择 File › Open File…（Windows 上按 Ctrl+O，Mac 上按 ⌘O），或将 .czi 文件拖到窗口中。第一个场景会立即显示。不会进行任何转换，文件也不会被上传。

第 2 步

逐一浏览场景

包含多个场景的文件会在图像下方显示 Scene 控件。使用 − 和 + 或直接输入编号。每个场景都保留自己的尺寸和文件中的名称，例如某个孔（D6、D7）或某个拼接区域。

SlideScope 显示 CZI 文件 2 个场景中的第 2 个，图像下方的 Scene 控件设为 2 of 2。
第 3 步

在 XY Overview 中查看所有场景

点击 Scene 控件旁边的 XY Overview，或选择 View › XY Overview（Ctrl+Shift+X）。每个场景都绘制在其采集位置上，包括场景之间的间隙。单击场景可选中，双击可打开。相距较远的场景（例如相距 9 mm 的孔）一开始显示为小图块：放大即可看清。

XY Overview 在采集位置上显示示例的两个场景，分别标为 D6 和 D7，相距 9 mm。
第 4 步

检查通道、像素尺寸和元数据

在 Display 中，勾选 Blend channels into one view 获得彩色合成图像，或关闭单个通道。Details 列出像素尺寸、维度、当前场景及其尺寸。亮度、对比度和颜色只改变您看到的效果，绝不会改变存储的像素。

Details 面板列出 100 nm 的像素尺寸、两个通道、两个 XY 位置以及当前场景 1 of 2（D6）。
第 5 步

选择 File › Export Current Image as TIFF

选择 File › Export Current Image as TIFF…（Ctrl+Shift+C）。选择文件夹和文件名；SlideScope 会建议一个以 .ome.tif 结尾的名称。

打开的 File 菜单中高亮显示 Export Current Image as TIFF。
第 6 步

导出单个场景或所有场景

当屏幕上显示的是单个场景时，只会导出该场景，文件名类似 sample_scene-2.ome.tif。要导出所有场景，请先打开 XY Overview：所有场景都写入一个 OME-TIFF 文件，每个场景作为一幅独立图像，保持各自的尺寸。在写入任何内容之前，确认对话框会显示尺寸、像素尺寸、通道和压缩方式。

场景 2（D7）的导出确认：以全分辨率单独导出为无损 OME-TIFF，记录 0.1 µm 的像素尺寸、通道名称和颜色。
第 7 步

打开结果

导出完成后，点击 Open Exported TIFF。SlideScope 会把每个导出的场景显示为一幅图像；用 Image 控件逐一浏览。支持单个文件包含多幅图像的 OME-TIFF 读取器（例如 Fiji 中的 Bio-Formats）会将它们列为不同的序列。

在 SlideScope 中重新打开导出的 OME-TIFF，显示 2 幅图像中的第 2 幅，20 µm 比例尺完好无损。

导出的 OME-TIFF 包含哪些内容

  • 一个文件。导出屏幕上的场景会写入一幅图像；从 XY Overview 导出会把每个场景作为独立图像写入同一个文件，各自保持自己的尺寸。不会为每个场景单独生成一个文件。
  • 像素原样写入，采用无损压缩（Deflate）。亮度、对比度和伽马值属于显示设置，不会应用到导出结果中。
  • 以微米为单位的像素尺寸、存在 Z 堆栈时的 Z 步长、CZI 中记录的通道名称，以及查看器中当前设置的通道颜色。没有记录像素尺寸的文件导出后也不带像素尺寸；SlideScope 不会凭空编造校准信息。
  • 分辨率：能装入内存的场景以全分辨率导出。大型拼接扫描（例如切片扫描仪的扫描区域）以其概览分辨率导出。确认对话框会注明比例，例如 1:8，记录的像素尺寸也会相应缩放。全分辨率扫描仍可在 SlideScope 中逐区域查看。
  • 宽度或高度超过 4,096 像素的单幅导出图像还会生成降分辨率的金字塔层级。包含多幅图像的文件则不会。超过 2 GiB 的文件以 BigTIFF 格式写入。
  • 不会复制：CZI 的其余采集元数据，以及以载物台坐标表示的场景位置。请保留原始 CZI 作为存档文件。
从 XY Overview 导出的确认：文件包含 2 个场景，每个场景作为 OME-TIFF 中的独立图像写入，保持各自的尺寸，采用无损压缩，并保留每幅图像各自的像素尺寸、通道名称和颜色。

您需要什么

Windows 10 或 11，或在 Apple Silicon 或 Intel 上运行的 macOS 14 或更高版本。免费探索内置示例库，可使用所有工具。打开您自己的图像需要订阅。订阅费用为每月 $35.00，包含导出功能。

如果出现异常

只显示了一个场景

只有当各场景的像素类型相同，且通道、Z 平面和时间点一致时，才能逐一浏览。否则，SlideScope 会显示第一个场景，并在 Details 中说明原因。如果这不符合您的预期，请把文件发给我们。

颜色与 ZEN 中不同

如果文件记录了通道颜色，就使用文件中的颜色。可在 Display › Channel colour… 中更改；导出会记录您设置的颜色。

导出结果比扫描小

大型拼接扫描以其概览分辨率导出，确认对话框会在写入任何内容之前说明这一点。全分辨率扫描仍可在 SlideScope 中查看。

导出时要求订阅

在内置示例上，所有工具都可免费使用，包括导出。导出您自己的图像需要订阅。

视频和截图中的示例：来自 czitools 示例数据的 S2_3x3_CH2.czi（Sebastian Rhode / ZEISS，GPL-3.0），一个 3 × 3 拼接图的两个场景，含 DAPI 和 EGFP。不含任何客户数据。

CZI 支持的测试情况

在我们于 2026-09-18 运行并公布的格式测试中，48 个 CZI 文件全部成功打开，最多包含 8 个通道、56 个 Z 平面和 10 个时间点；最大的文件为 4.5 GB。这是我们对正式发布的加载器所做的自测，连同原始数据一并公布，并非独立认证，且示例文件并未涵盖实际使用中的所有 CZI 变体。公开测试文件包括多场景孔板和拼接区域，但没有多场景的切片扫描仪 CZI，因此这种情况的覆盖较少。请参阅格式基准测试和兼容性参考。

在 Mac 上打开 CZI 的其他方式

工具适用场景注意事项
SlideScope在 Mac 上打开、审阅、测量和导出 CZI 文件，同时支持 ND2、SVS 等其他格式。一款查看和审阅工具。不支持脚本或自定义分析流程。
Fiji / ImageJ（配合 Bio-Formats）免费开源的分析软件，支持插件和宏；可在 macOS 上读取 CZI。一个分析平台；每个场景通过导入对话框作为一个序列导入。
QuPath免费的全切片分析软件；通过 Bio-Formats 读取 CZI。围绕切片分析项目设计，而不是用于快速审阅多维堆栈。
ZEISS ZEN lite厂商的免费查看器，与采集软件最接近。仅限 Windows，因此在没有 Windows 的 Mac 上无法使用。

常见问题

可以在 Mac 上打开 CZI 文件吗？

可以。SlideScope 可在 macOS 14 或更高版本上原生打开 CZI 文件，支持 Apple Silicon 和 Intel Mac，包括含有多个场景、通道、Z 平面和时间点的文件。配合 Bio-Formats 的 Fiji 也能在 Mac 上打开 CZI。ZEISS 的免费查看器 ZEN lite 是一款 Windows 应用。

如何查看 CZI 文件的每个场景？

使用图像下方的 Scene 控件逐个切换场景，或打开 XY Overview，在各场景的采集位置上查看所有场景。每个场景都保留自己的尺寸和名称。

可以将 CZI 场景导出为 OME-TIFF 吗？

可以。File › Export Current Image as TIFF 会导出屏幕上的场景，打开 XY Overview 时则导出所有场景。每个场景都成为同一个 OME-TIFF 文件中的独立图像，采用无损压缩，并保留像素尺寸和通道名称。导出您自己的文件需要订阅；内置示例可免费导出。

SlideScope 与 ZEISS 有关联吗？

没有。SlideScope 是独立产品，与 ZEISS 无任何关联。产品名称仅用于说明文件格式和对比意图。

独立性

SlideScope 与 ZEISS 无任何关联。提及 ZEISS、ZEN 和 CZI 仅为说明文件兼容性。SlideScope 用于科研、教育和审阅，不用于诊断。

何时适合选择 SlideScope

如果您需要一款原生桌面应用，在 Mac 或 Windows 电脑上打开多家厂商的切片和显微镜文件（SVS、NDPI、MRXS、CZI、ND2、LIF、VSI、DICOM 等），以校准单位进行测量，无需编写代码即可计数细胞核和细胞，并且所有文件都保存在您自己的电脑上，那么请选择 SlideScope。

这是一款付费应用，附带免费示例库：所有工具都可在内置示例上使用，打开您自己的图像则需要订阅（PayPal 或银行卡）。如果您只在 Windows 上打开某一家厂商的格式，该厂商的免费查看器可能就已足够；如需脚本化分析，QuPath 和 Fiji 是免费开源的选择。

在您自己的 CZI 文件上试一试

免费探索内置示例库，可使用所有工具。打开您自己的图像需要订阅。订阅费用为每月 $35.00，订阅时扣费（PayPal 或银行卡）。可随时在账户中取消。

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