CZI कन्वर्ज़न

Windows और Mac पर CZI को TIFF या OME-TIFF में बदलें

CZI फ़ाइलों को OME-TIFF में बदलें, यानी वह ओपन TIFF जो चैनल के नाम और पिक्सेल आकार बनाए रखता है: वेंडर के सॉफ़्टवेयर से, मुफ़्त Fiji या bfconvert से, Python की कुछ पंक्तियों से, या बिना कोड के SlideScope में। सादे TIFF के बजाय OME-TIFF चुनें: सादा TIFF आम तौर पर कैलिब्रेशन और चैनल मेटाडेटा खो देता है। और अप्रकाशित डेटा को ऑनलाइन कन्वर्टर से दूर रखें, जो आपकी फ़ाइल अपलोड करते हैं।

SlideScope डाउनलोड करेंकन्वर्ज़न के सभी विकल्प
लॉसलेस OME-TIFFचैनल और कैलिब्रेशन सुरक्षितकोई अपलोड नहीं

CZI को TIFF में बदलने के तरीके

टूललागतप्लैटफ़ॉर्मटिप्पणियाँ
ZEISS ZENपेड; ZEN lite मुफ़्त हैकेवल WindowsImage Export (TIFF) और OME TIFF Export; OME TIFF Export के लिए टाइल उपलब्ध नहीं हैं
Bio-Formats के साथ Fiji / ImageJमुफ़्त, ओपन सोर्सWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter से OME-TIFF में; Apple silicon पर JPEG-XR CZI नहीं पढ़ सकता
bfconvert (Bio-Formats टूल)मुफ़्त, ओपन सोर्सWindows, macOS, Linuxकमांड लाइन; बैच, BigTIFF, पिरामिड, कम्प्रेशन
Python (bioio, pylibCZIrw)मुफ़्त, ओपन सोर्सWindows, macOS, Linuxस्क्रिप्ट से कन्वर्ज़न; Python ज़रूरी
SlideScopeपेड; अपनी फ़ाइलें एक्सपोर्ट करने के लिए सदस्यता ज़रूरीWindows 10/11, macOS 14+चैनल और कैलिब्रेशन के साथ लॉसलेस OME-TIFF, मल्टी-सीन CZI का हर सीन, बिना कोड, बिना अपलोड

रिसर्च डेटा के लिए ऑनलाइन कन्वर्टर ही वह विकल्प है जिससे बचना चाहिए: वे फ़ाइल को किसी और के सर्वर पर अपलोड करते हैं, और कई तो CZI पढ़ ही नहीं सकते (उदाहरण के लिए, convert.guru कहता है कि इसके लिए ZEN चाहिए)।

ZEISS ZEN (Windows) में CZI को TIFF में बदलें

  1. CZI को ZEN में खोलें और Processing टैब पर जाएँ।
  2. Method के अंतर्गत Export/Import › OME TIFF Export चुनें (या सादे TIFF, BMP या JPEG के लिए Image Export)।
  3. आउटपुट फ़ोल्डर और विकल्प सेट करें और Apply पर क्लिक करें। कई फ़ाइलों के लिए, Image Export मेथड के साथ Processing › Batch इस्तेमाल करें।

ZEISS के अनुसार OME TIFF Export के लिए टाइल उपलब्ध नहीं हैं। ZEN lite, ZEISS का मुफ़्त संस्करण है; ZEISS इसके एक्सपोर्ट फ़ंक्शन की सूची नहीं देता, हालाँकि University of Arizona की एक इंस्टॉल गाइड एक्सपोर्ट के लिए इसके इस्तेमाल का वर्णन करती है। ZEN सिर्फ़ Windows पर चलता है।

Fiji में या bfconvert से CZI को OME-TIFF में बदलें (मुफ़्त)

  1. Fiji में CZI फ़ाइल खोलें (यह Bio-Formats इम्पोर्टर से होकर खुलती है)।
  2. Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter चुनें और .ome.tif के रूप में सेव करें। 4 GB से बड़ी फ़ाइलों के लिए .ome.btf जैसा BigTIFF एक्सटेंशन इस्तेमाल करें; सादा .tif 4 GB तक सीमित है।

Fiji खोले बिना, Bio-Formats के कमांड-लाइन टूल टर्मिनल से कन्वर्ट करते हैं (Bio-Formats साइट से bftools.zip डाउनलोड करें):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

आउटपुट फ़ॉर्मैट एक्सटेंशन से तय होता है; जब तक आप -compression न दें, आउटपुट अनकम्प्रेस्ड होता है; -series 0 केवल एक सीरीज़ कन्वर्ट करता है। पिरामिड रूप के लिए -noflat चाहिए, जिसे केवल OME-TIFF सपोर्ट करता है।

Python में CZI कन्वर्ट करें

bioio CZI पढ़ता है (bioio-czi प्लगइन के साथ) और OME-TIFF लिखता है (bioio-ome-tiff के साथ):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

ZEISS का अपना pylibCZIrw CZI के प्लेन और क्षेत्र पढ़ता है (pyczi.open_czi(path), फिर read(plane=...)) लेकिन TIFF नहीं लिखता: अगर आपको इस पर पूरा नियंत्रण चाहिए कि क्या लिखा जाए, तो इसे tifffile के साथ इस्तेमाल करें।

SlideScope में CZI को OME-TIFF में बदलें (बिना कोड)

  1. Windows या Mac पर SlideScope में CZI फ़ाइल खोलें।
  2. File › Export Current Image as TIFF… चुनें और गंतव्य चुनें। SlideScope चैनल के नाम, रंग और पिक्सेल आकार के साथ एक लॉसलेस OME-TIFF (.ome.tif) लिखता है, और मूल फ़ाइल को कभी नहीं बदलता। अगर मल्टी-सीन CZI को एक बार में एक सीन करके देखा जा रहा है, तो स्क्रीन पर दिख रहा सीन उसी सीन के अपने रिज़ॉल्यूशन पर एक्सपोर्ट होता है।
  3. कई फ़ाइलों के लिए, File › Open Folder चुनें, फ़ाइलें चुनें, और हर फ़ाइल का एक OME-TIFF पाने के लिए “Export the selected files…” चलाएँ, जिसमें हर सीन या पोज़िशन उसके अंदर अपनी अलग इमेज के रूप में रहती है; इसके बजाय “Extract scenes from the selected files…” हर सीन या पोज़िशन को एक अलग फ़ाइल के रूप में लिखता है। बड़े स्लाइड स्कैन के लिए “Full resolution: every scanned pixel” चुनें।
  4. परिणाम को Fiji, QuPath या किसी भी OME-TIFF रीडर में खोलें: Fiji .ome.tif फ़ाइलें Bio-Formats को सौंपता है, जो कैलिब्रेशन और चैनल पढ़ता है।

अपनी फ़ाइलें एक्सपोर्ट करने के लिए सदस्यता ज़रूरी है; बिल्ट-इन सैंपल मुफ़्त में एक्सपोर्ट होते हैं। कन्वर्ज़न आपके अपने कंप्यूटर पर चलता है; कुछ भी अपलोड नहीं होता।

CZI कन्वर्ज़न से जुड़े सवाल

क्या मैं CZI को मुफ़्त में TIFF में बदल सकता हूँ?

हाँ। Fiji (मुफ़्त) Bio-Formats के ज़रिए CZI खोलता है और Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter से OME-TIFF सेव करता है, और मुफ़्त bfconvert कमांड टर्मिनल से यही काम करती है। Windows PC पर, ZEISS ZEN भी CZI को TIFF और OME-TIFF में एक्सपोर्ट करता है।

मुझे TIFF एक्सपोर्ट करना चाहिए या OME-TIFF?

OME-TIFF। यह अब भी एक TIFF ही है जिसे ज़्यादातर प्रोग्राम खोलते हैं, लेकिन यह अपने मेटाडेटा में चैनल के नाम, पिक्सेल आकार और Z व समय की संरचना बनाए रखता है। सादा TIFF आम तौर पर केवल पिक्सेल रखता है, इसलिए दूसरे सॉफ़्टवेयर में किए गए माप µm के बजाय पिक्सेल में आते हैं।

मेरा एक्सपोर्ट किया गया TIFF काला या बहुत गहरा क्यों दिखता है?

ज़्यादातर माइक्रोस्कोप इमेज 12- या 16-bit होती हैं, और जो व्यूअर पूरी 0-65,535 रेंज दिखाता है उसमें वे गहरी दिखती हैं। डेटा ठीक है: 8-bit में बदलने के बजाय ब्राइटनेस और कंट्रास्ट एडजस्ट करें (Fiji में Image › Adjust › Brightness/Contrast), क्योंकि 8-bit में बदलने से जानकारी खो जाती है।

Mac पर मेरी CZI Fiji में क्यों नहीं खुलती?

QuPath के दस्तावेज़ीकरण के अनुसार, कई CZI फ़ाइलें JPEG-XR कम्प्रेस्ड होती हैं, और Bio-Formats, Apple silicon Mac पर JPEG-XR डिकोड नहीं कर सकता। Windows या Intel कंप्यूटर पर कन्वर्ट करें, या SlideScope इस्तेमाल करें, जो Windows और Mac दोनों पर अपने बिल्ट-इन JPEG XR डिकोडर से CZI पढ़ता है।

मैं CZI फ़ाइलों का पूरा फ़ोल्डर कैसे कन्वर्ट करूँ?

ZEN में, Image Export मेथड के साथ Processing › Batch इस्तेमाल करें। bfconvert के साथ, शेल स्क्रिप्ट में फ़ाइलों पर लूप चलाएँ। SlideScope में, फ़ोल्डर खोलें, फ़ाइलें चुनें और हर फ़ाइल का एक OME-TIFF पाने के लिए “Export the selected files…” चलाएँ, या हर सीन की एक फ़ाइल के लिए “Extract scenes from the selected files…”।

क्या SlideScope मुफ़्त है?

SlideScope एक पेड ऐप है जिसके साथ मुफ़्त सैंपल लाइब्रेरी (हर टूल के साथ) मिलती है; आपकी अपनी इमेज के लिए $35/माह से सदस्यता ज़रूरी है।

बिल्ट-इन सैंपल लाइब्रेरी को हर टूल के साथ मुफ़्त में आज़माएँ। अपनी इमेज खोलने के लिए सदस्यता ज़रूरी है: $35/माह, जिसका शुल्क सब्सक्राइब करते ही लिया जाता है (PayPal या कार्ड), और आप अपने खाते से कभी भी रद्द कर सकते हैं। वार्षिक बिलिंग $349.99/वर्ष पर उपलब्ध है, जो लगभग दो महीने मुफ़्त के बराबर पड़ती है।

बिना अपलोड किए कन्वर्ट करें

बिल्ट-इन सैंपल पर इसे मुफ़्त आज़माएँ, फिर सदस्यता के साथ अपनी CZI फ़ाइलें खोलें और लॉसलेस OME-TIFF एक्सपोर्ट करें। पहले ही तय कर चुके हैं? अभी सब्सक्राइब करें।

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