显微镜图像查看器

如何打开 CZI 文件

使用 Windows 或 macOS 版 SlideScope 打开 ZEISS CZI 文件，无需预先转换。查看文件中保存的通道和图像维度。本地查看不会将图像上传到服务器。

下载 SlideScope支持的文件格式
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.17.2

如何打开 CZI 文件

  1. 下载适合电脑的 Windows 或 Mac 版本并安装。内置示例库免费开放，所有工具均可使用；打开您自己的图像需开始免费试用，结账时需通过 PayPal 或银行卡授权。
  2. 打开 SlideScope，将 .czi 文件拖入查看器。
  3. 如有多个场景或位置，请先选择，再查看可用的通道、Z 切片和时间点。
  4. 测量前检查元数据中的像素大小。导出时保留原始文件。

安装帮助反馈文件或格式替代方案

多场景 CZI 文件：查看每个场景并导出 OME-TIFF

CZI 文件可以包含多个场景：板上的孔、拼接区域或切片的扫描区域。SlideScope 可单独显示每个场景，也可将所有场景一起显示，并可将当前查看的场景或全部场景导出为 OME-TIFF。下方的视频和步骤使用一个公开的双场景示例文件。

观看完整流程（1 分 41 秒）

打开双场景 CZI、切换场景、XY Overview、通道、Details、导出单个场景和全部场景，以及重新打开 OME-TIFF。旁白为英语；字幕提供本站的所有语言。画面由 Windows 上的 SlideScope 1.8.56 渲染；macOS 版具有相同的控件。 字幕和文字稿译自英语旁白，未经专业审校。
文字稿

CZI 文件可包含多个场景：板孔、拼接区域或扫描区域。 下面介绍如何查看每个场景，并导出为 OME-TIFF。

直接打开一个双场景 CZI，无需转换。 Scene 控件可在场景之间逐个切换。 场景 2 是孔 D7，场景 1 是孔 D6。 XY Overview 将每个场景放在其记录位置。 这两个孔相距 9 mm。

将各通道合成为一个视图。 关闭某个通道，看看它贡献了什么。 放大后，比例尺仍保持校准。 Details 列出像素尺寸、通道和采集设置。

要导出，选择 File，再选 Export Current Image as TIFF。 查看单个场景时，只导出该场景。 开始前会显示将写入的像素尺寸、通道和压缩方式。 要导出全部场景，请先打开 XY Overview。 所有场景写入一个 OME-TIFF 文件，每个场景都是其中的独立图像。

打开结果。两个场景都在，分别为图像 1 和图像 2。 像素尺寸和通道名称均已保留。

免费账户可在任何试用之前打开并查看本地图像。 导出需要 3 天试用或订阅。 大型拼接扫描按概览分辨率导出，而非完整扫描。 macOS 和 Windows 上是同一款应用。本视频在 Windows 上渲染。

第 1 步

打开 CZI 文件

选择 File › Open File…（Windows 上按 Ctrl+O，Mac 上按 ⌘O），或将 .czi 文件拖到窗口中。第一个场景会立即显示。文件不会被转换，也不会被上传。

第 2 步

逐个浏览场景

包含多个场景的文件会在图像下方显示 Scene 控件。使用 − 和 + 或输入编号。每个场景保留各自的尺寸以及文件中的名称，例如孔位（D6、D7）或拼接区域。

SlideScope 显示 CZI 文件的场景 2（共 2 个），图像下方的 Scene 控件设为 2 of 2。
第 3 步

在 XY Overview 中查看所有场景

点击 Scene 控件旁的 XY Overview，或选择 View › XY Overview（Ctrl+Shift+X）。每个场景都绘制在其记录位置，场景之间的空隙也会保留。单击场景可将其选中，双击可将其打开。相距较远的场景（例如相距 9 mm 的孔）起初显示为小图块：放大即可查看。

XY Overview 显示示例文件的两个场景，标记为 D6 和 D7，位于相距 9 mm 的记录位置。
第 4 步

检查通道、像素尺寸和元数据

在 Display 中勾选 Blend channels into one view 以获得彩色合成图，或关闭单个通道。Details 列出像素尺寸、维度、当前场景及其尺寸。亮度、对比度和颜色只改变显示效果，从不改变存储的像素。

Details 面板列出 100 nm 的像素尺寸、两个通道、两个 XY 位置以及当前场景：第 1 个，共 2 个（D6）。
第 5 步

选择 File › Export Current Image as TIFF

选择 File › Export Current Image as TIFF…（Ctrl+Shift+C）。选择文件夹和文件名；SlideScope 会建议一个以 .ome.tif 结尾的文件名。

File 菜单已打开，Export Current Image as TIFF 处于高亮状态。
第 6 步

导出一个场景或全部场景

屏幕上显示单个场景时，只导出该场景，文件名例如 sample_scene-2.ome.tif。要导出全部场景，请先打开 XY Overview：所有场景都写入同一个 OME-TIFF 文件，每个场景作为独立图像并保持各自的尺寸。写入任何内容之前，确认信息会显示尺寸、像素尺寸、通道和压缩方式。

场景 2（D7）的导出确认：以全分辨率单独导出为无损 OME-TIFF，记录 0.1 µm 的像素尺寸、通道名称和颜色。
第 7 步

打开导出结果

导出完成后点击 Open Exported TIFF。SlideScope 将每个导出的场景显示为一张图像；使用 Image 控件逐个浏览。支持单个文件包含多张图像的 OME-TIFF 阅读器（例如 Fiji 中的 Bio-Formats）会将它们列为不同的系列。

导出的 OME-TIFF 在 SlideScope 中重新打开，显示图像 2（共 2 张），20 µm 比例尺完好。

导出的 OME-TIFF 包含哪些内容

  • 一个文件。导出屏幕上的场景会写入一张图像；从 XY Overview 导出会将每个场景作为独立图像写入同一个文件，各自保持自身尺寸。不会为每个场景分别创建文件。
  • 像素按原样写入，采用无损压缩（Deflate）。亮度、对比度和 gamma 属于显示设置，不会应用到导出文件中。
  • 以微米为单位的像素尺寸、存在 Z 堆栈时的 Z 步长、CZI 中记录的通道名称，以及查看器中当前设置的通道颜色。未记录像素尺寸的文件导出时也不带像素尺寸；SlideScope 不会自行编造校准信息。
  • 分辨率：能装入内存的场景以全分辨率导出。大型拼接扫描（例如切片扫描仪的扫描区域）以其概览分辨率导出。确认信息会注明比例（例如 1:8），记录的像素尺寸也会相应换算。全分辨率扫描仍可在 SlideScope 中逐区域查看。
  • 宽度或高度超过 4,096 像素的单张导出图像还会生成降分辨率的金字塔层级。包含多张图像的文件则不会。超过 2 GiB 的文件以 BigTIFF 格式写入。
  • 不会复制的内容：CZI 中其余的采集元数据，以及作为载物台坐标的场景位置。请保留原始 CZI 作为存档文件。
从 XY Overview 导出时的确认：文件包含 2 个场景，每个场景都作为 OME-TIFF 中的独立图像写入，保持各自的尺寸，采用无损压缩，并记录每张图像各自的像素尺寸、通道名称和颜色。

所需条件

Windows 10 或 11，或在 Apple Silicon 或 Intel 上运行的 macOS 14 或更高版本。免费探索内置示例库，所有工具均可使用。打开您自己的图像需开始 3 天免费试用。 导出需要 3 天试用或订阅（试用结束后每月 US$25.00）。

如果显示有误

只显示一个场景

只有当各场景具有相同的像素类型以及相同的通道、Z 平面和时间点时，才能逐个切换。否则，SlideScope 会显示第一个场景，并在 Details 中说明原因。如果这与您的预期不符，请将文件发送给我们。

颜色与 ZEN 中不同

如果文件记录了通道颜色，则使用文件中的颜色。可在 Display › Channel colour… 中更改；导出时会记录您设置的颜色。

导出结果小于扫描

大型拼接扫描以其概览分辨率导出，确认信息会在写入任何内容之前说明这一点。全分辨率扫描仍可在 SlideScope 中查看。

导出时要求开始试用

使用免费账户即可查看。导出需要免费试用或订阅。

视频和截图中的示例：来自 czitools 示例数据的 S2_3x3_CH2.czi（Sebastian Rhode / ZEISS，GPL-3.0），为 3 × 3 拼接图中的两个场景，含 DAPI 和 EGFP。不含任何客户数据。

打开 CZI 文件的方法

工具费用平台适用场景
ZEISS ZEN lite免费（下载需要 ZEISS ID）Windows厂商官方查看器，与采集软件最为接近
Fiji / ImageJ 搭配 Bio-Formats免费、开源Windows、macOS、Linux借助插件和宏进行分析；每个场景作为一个序列导入
QuPath免费、开源Windows、macOS、Linux全切片图像分析项目和脚本编写
SlideScope内置示例免费（所有工具），3 天免费试用可打开您自己的图像，之后订阅 $25/月起Windows 10+、macOS 14+（Apple 芯片和 Intel）查看、测量和标注 CZI，同时支持 CZI、ND2、SVS、NDPI、MRXS、DICOM 和 TIFF，文件始终保存在您自己的电脑上

您可以使用 ZEISS 官方的免费 Windows 查看器 ZEN lite 打开 ZEISS CZI 文件；也可以使用免费的 Fiji 或 QuPath，它们通过 Bio-Formats 在 Windows、Mac 和 Linux 上读取 CZI；或者使用 SlideScope，一款适用于 Windows 和 Mac 的桌面查看器，提供免费试用。在 Apple 芯片的 Mac 上，Bio-Formats 无法读取 JPEG-XR 压缩的 CZI 文件。以下步骤以 SlideScope 为例。

来源：全切片图像查看器对比：平台与价格，均附来源链接（英文）。

另请参阅：ZEISS ZEN lite：在哪里下载、Mac 版问题与替代方案。

在 Mac 上用 Fiji 或 QuPath 打不开 CZI 文件？

QuPath 文档指出，Bio-Formats 目前在 Apple 芯片上不支持 JPEG-XR 压缩，而许多 CZI 文件正是采用 JPEG-XR 压缩的。文档建议的解决办法是在另一台电脑上转换文件，或改用 Intel 版 QuPath。SlideScope 读取 CZI 不依赖 Bio-Formats：其 Windows 版和 Mac 版均使用自带的 JPEG XR 解码器读取 CZI。

来源：QuPath 文档：支持的图像格式（英文）。

何时适合选择 SlideScope

  • Zeiss CZI 显微图像
  • 审阅人员需要无需编写脚本或配置插件的桌面界面。
  • 在文件包含通道、Z 平面、时间点和场景时逐个浏览，在 Details 中检查像素尺寸，并以校准单位进行测量。
  • 测量、笔记和区域始终与切片关联，并可导出为 GeoJSON 或 CSV。

按工作流程选择

如果需要一款桌面软件既能统一打开多种显微文件、又能在本机完成常规对象定量，可评估 SlideScope。若需要显微镜控制、可编程图像处理、脚本化分析流程或机构级图像管理，应继续使用相应专业平台。

Fiji/ImageJ、QuPath、napari: 可扩展处理、宏、插件、脚本、分割、病理分析和 Python 科学计算流程。

OMERO: 集中式图像库、权限、协作和机构级数据管理。

关于 CZI 文件的问题

有免费打开 CZI 文件的方法吗？

有。ZEN lite（Windows）以及搭配 Bio-Formats 的 Fiji 或 QuPath 都是免费的。 SlideScope 可免费下载，内置示例库免费开放，所有工具均可使用；打开您自己的图像需开始 3 天免费试用（需绑定 PayPal 或银行卡）；试用结束后转为订阅制。

在 Mac 上打开 CZI

使用 macOS 14 或更高版本。选择与 Mac 匹配的 Apple Silicon 或 Intel 下载版本，打开前将文件复制到本地存储。

文件无法打开时

确认文件已复制完成。如果仍然失败，请将应用版本、文件格式和错误信息告知支持团队，以便我们排查。

适合谁使用？

适合科研实验室、显微成像平台、教学用户和病理审阅团队。

格式文档

阅读原始格式文档。

CZI

中文相关搜索词

独立性与商标说明

SlideScope 为独立产品，与 Leica Biosystems、ZEISS、Nikon、ImageJ、Fiji、QuPath、napari 或 OMERO 无关联。产品名称仅用于客观比较和替代方案检索。

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