Windows या macOS पर SlideScope में ZEISS CZI फ़ाइलें बिना पहले बदलें खोलें। फ़ाइल में सहेजे गए चैनल और चित्र के आयाम देखें। स्थानीय रूप से देखने पर चित्र अपलोड नहीं होता।
अपने कंप्यूटर के लिए Windows या Mac संस्करण डाउनलोड करें और इंस्टॉल करें। बिल्ट-इन सैंपल लाइब्रेरी हर टूल के साथ मुफ़्त है; अपनी छवियाँ मुफ़्त ट्रायल के साथ खुलती हैं, जिसके लिए चेकआउट पर PayPal या कार्ड की मंज़ूरी चाहिए।
SlideScope खोलें और .czi फ़ाइल को व्यूअर में खींचें।
यदि मौजूद हो तो दृश्य या स्थान चुनें, फिर उपलब्ध चैनल, Z-स्लाइस और समय बिंदु देखें।
मापने से पहले मेटाडेटा में पिक्सेल का आकार जाँचें। निर्यात करते समय मूल फ़ाइल रखें।
मल्टी-सीन CZI फ़ाइलें: हर सीन देखें और OME-TIFF में एक्सपोर्ट करें
एक CZI फ़ाइल में कई सीन हो सकते हैं: प्लेट के वेल, टाइल क्षेत्र, या स्लाइड के स्कैन क्षेत्र। SlideScope हर सीन को अलग से या सभी को एक साथ दिखाता है, और जो सीन आप देख रहे हैं उसे या सभी सीन को OME-TIFF में एक्सपोर्ट करता है। वीडियो और नीचे दिए चरण दो सीन वाली एक सार्वजनिक सैंपल फ़ाइल का उपयोग करते हैं।
पूरा वर्कफ़्लो देखें (1 मिनट 41 सेकंड)
दो सीन वाली CZI खोलना, सीन बदलना, XY Overview, चैनल, Details, एक सीन और सभी सीन एक्सपोर्ट करना, और OME-TIFF को दोबारा खोलना। नैरेशन अंग्रेज़ी में; कैप्शन साइट की हर भाषा में। Windows पर SlideScope 1.8.56 से रेंडर किया गया; macOS बिल्ड में वही कंट्रोल हैं। कैप्शन और ट्रांसक्रिप्ट अंग्रेज़ी नैरेशन से अनुवादित हैं; इनकी पेशेवर समीक्षा नहीं हुई है।ट्रांसक्रिप्ट
एक CZI फ़ाइल में कई सीन हो सकते हैं: प्लेट के वेल, टाइल क्षेत्र, या स्कैन क्षेत्र। हर सीन को देखने और OME-TIFF के रूप में एक्सपोर्ट करने का तरीका यह है।
दो सीन वाली CZI, सीधे खोली गई। कोई कन्वर्ज़न नहीं। Scene कंट्रोल एक सीन से अगले सीन पर ले जाता है। सीन 2 वेल D7 है। सीन 1 वेल D6 है। XY Overview हर सीन को वहीं रखता है जहाँ वह रिकॉर्ड हुआ था। ये दोनों वेल 9 mm की दूरी पर हैं।
चैनलों को एक व्यू में मिलाएँ। कोई चैनल बंद करके देखें कि उसका क्या योगदान है। ज़ूम इन करें। स्केल बार कैलिब्रेटेड रहता है। Details पिक्सेल आकार, चैनल और एक्विज़िशन सेटिंग्स दिखाता है।
एक्सपोर्ट के लिए File, फिर Export Current Image as TIFF चुनें। जब आप एक सीन देख रहे हों, तो केवल वही एक्सपोर्ट होता है। शुरू होने से पहले आप वह पिक्सेल आकार, चैनल और कम्प्रेशन देखते हैं जो लिखा जाएगा। सभी सीन एक्सपोर्ट करने के लिए पहले XY Overview चालू करें। सभी सीन एक OME-TIFF फ़ाइल में जाते हैं। हर सीन उसमें एक अलग इमेज है।
परिणाम खोलें। दोनों सीन मौजूद हैं, इमेज 1 और इमेज 2 के रूप में। पिक्सेल आकार और चैनल नाम सुरक्षित रहे।
मुफ़्त खाते से आप किसी भी ट्रायल से पहले स्थानीय इमेज खोल और देख सकते हैं। एक्सपोर्ट के लिए 3-दिन का ट्रायल या सदस्यता चाहिए। बड़ा टाइल्ड स्कैन पूरे स्कैन पर नहीं, अपने ओवरव्यू रिज़ॉल्यूशन पर एक्सपोर्ट होता है। macOS और Windows पर यह एक ही ऐप है। यह फ़ुटेज Windows पर रेंडर किया गया।
चरण 1
CZI फ़ाइल खोलें
File › Open File… चुनें (Windows पर Ctrl+O, Mac पर ⌘O) या .czi फ़ाइल को विंडो पर ड्रैग करें। पहला सीन तुरंत दिखाई देता है। कुछ भी कन्वर्ट नहीं होता और फ़ाइल अपलोड नहीं होती।
चरण 2
सीन एक-एक करके देखें
कई सीन वाली फ़ाइल में इमेज के नीचे Scene कंट्रोल दिखता है। − और + का उपयोग करें या कोई संख्या टाइप करें। हर सीन फ़ाइल से अपना आकार और नाम बनाए रखता है, जैसे कोई वेल (D6, D7) या टाइल क्षेत्र।
चरण 3
XY Overview में सभी सीन देखें
Scene कंट्रोल के बगल में XY Overview पर क्लिक करें, या View › XY Overview चुनें (Ctrl+Shift+X)। हर सीन वहीं दिखाया जाता है जहाँ वह रिकॉर्ड हुआ था, बीच के खाली हिस्सों समेत। किसी सीन को चुनने के लिए क्लिक करें और खोलने के लिए डबल-क्लिक करें। दूर-दूर स्थित सीन, जैसे 9 mm दूर के वेल, शुरू में छोटी टाइलों के रूप में दिखते हैं: उन्हें देखने के लिए ज़ूम इन करें।
चरण 4
चैनल, पिक्सेल आकार और मेटाडेटा जाँचें
Display में, रंगीन कंपोज़िट के लिए Blend channels into one view पर टिक करें, या अलग-अलग चैनल बंद करें। Details पिक्सेल आकार, आयाम, वर्तमान सीन और उसका आकार दिखाता है। ब्राइटनेस, कंट्रास्ट और रंग केवल वह बदलते हैं जो आप देखते हैं, संग्रहीत पिक्सेल कभी नहीं।
चरण 5
File › Export Current Image as TIFF चुनें
File › Export Current Image as TIFF… चुनें (Ctrl+Shift+C)। कोई फ़ोल्डर और नाम चुनें; SlideScope .ome.tif पर समाप्त होने वाला नाम सुझाता है।
चरण 6
एक सीन या सभी सीन एक्सपोर्ट करें
जब स्क्रीन पर एक ही सीन हो, तो केवल वही सीन एक्सपोर्ट होता है, sample_scene-2.ome.tif जैसे नाम के साथ। सभी सीन एक्सपोर्ट करने के लिए पहले XY Overview चालू करें: सभी सीन एक ही OME-TIFF फ़ाइल में जाते हैं, हर एक अपने आकार की अलग इमेज के रूप में। कुछ भी लिखे जाने से पहले, एक पुष्टि विंडो आकार, पिक्सेल आकार, चैनल और कम्प्रेशन दिखाती है।
चरण 7
परिणाम खोलें
एक्सपोर्ट पूरा होने पर Open Exported TIFF पर क्लिक करें। SlideScope हर एक्सपोर्ट किए गए सीन को एक इमेज के रूप में दिखाता है; Image कंट्रोल से उनके बीच जाएँ। प्रति फ़ाइल कई इमेज सपोर्ट करने वाले OME-TIFF रीडर, जैसे Fiji में Bio-Formats, उन्हें अलग-अलग सीरीज़ के रूप में दिखाते हैं।
एक्सपोर्ट किए गए OME-TIFF में क्या होता है
एक फ़ाइल। स्क्रीन पर दिख रहे सीन को एक्सपोर्ट करने से एक इमेज लिखी जाती है; XY Overview से एक्सपोर्ट करने पर हर सीन उसी फ़ाइल के अंदर अलग इमेज के रूप में लिखा जाता है, हर एक अपने आकार में। हर सीन के लिए अलग फ़ाइल नहीं बनती।
पिक्सेल बिना बदले, लॉसलेस कम्प्रेशन (Deflate) के साथ लिखे जाते हैं। ब्राइटनेस, कंट्रास्ट और गामा डिस्प्ले सेटिंग्स हैं और एक्सपोर्ट पर लागू नहीं होतीं।
माइक्रोमीटर में पिक्सेल आकार, Z स्टैक होने पर Z स्टेप, CZI में दर्ज चैनल नाम और व्यूअर में इस समय सेट चैनल रंग। जिस फ़ाइल में पिक्सेल आकार दर्ज नहीं है, वह उसके बिना एक्सपोर्ट होती है; SlideScope कोई कैलिब्रेशन नहीं गढ़ता।
रिज़ॉल्यूशन: जो सीन मेमोरी में समा जाते हैं, वे पूर्ण रिज़ॉल्यूशन पर एक्सपोर्ट होते हैं। एक बड़ा टाइल्ड स्कैन, जैसे स्लाइड स्कैनर का कोई क्षेत्र, अपने ओवरव्यू रिज़ॉल्यूशन पर एक्सपोर्ट होता है। पुष्टि विंडो अनुपात बताती है, उदाहरण के लिए 1:8, और दर्ज पिक्सेल आकार उसी अनुसार स्केल होता है। पूर्ण-रिज़ॉल्यूशन स्कैन SlideScope में क्षेत्र-दर-क्षेत्र देखा जा सकता है।
4,096 पिक्सेल से अधिक चौड़ी या ऊँची एकल एक्सपोर्ट इमेज को कम-रिज़ॉल्यूशन पिरामिड स्तर भी मिलते हैं। कई इमेज वाली फ़ाइल को नहीं मिलते। 2 GiB से बड़ी फ़ाइलें BigTIFF के रूप में लिखी जाती हैं।
कॉपी नहीं होता: CZI का बाकी एक्विज़िशन मेटाडेटा, और स्टेज निर्देशांकों के रूप में सीन की स्थितियाँ। मूल CZI को आर्काइव फ़ाइल के रूप में रखें।
आपको क्या चाहिए
Windows 10 या 11, या Apple Silicon या Intel पर macOS 14 या बाद का। बिल्ट-इन सैंपल लाइब्रेरी को हर टूल के साथ मुफ़्त में आज़माएँ। अपनी छवियाँ 3 दिन के मुफ़्त ट्रायल के साथ खोलें। एक्सपोर्ट के लिए 3-दिन का ट्रायल या सदस्यता चाहिए (ट्रायल के बाद $25.00 प्रति माह)।
अगर कुछ गलत दिखे
केवल एक सीन दिखता है
सीन के बीच तब जाया जा सकता है जब उनका पिक्सेल प्रकार और चैनल, Z प्लेन और टाइम पॉइंट एक जैसे हों। अगर ऐसा नहीं है, तो SlideScope पहला सीन दिखाता है और Details में कारण बताता है। अगर यह आपकी अपेक्षा के अनुसार नहीं है, तो हमें फ़ाइल भेजें।
रंग ZEN से अलग हैं
चैनल रंग फ़ाइल से लिए जाते हैं, जहाँ वह उन्हें दर्ज करती है। उन्हें Display › Channel colour… में बदलें; एक्सपोर्ट आपके सेट किए रंग दर्ज करता है।
एक्सपोर्ट स्कैन से छोटा है
बड़ा टाइल्ड स्कैन अपने ओवरव्यू रिज़ॉल्यूशन पर एक्सपोर्ट होता है, और कुछ भी लिखे जाने से पहले पुष्टि विंडो यह बताती है। पूर्ण-रिज़ॉल्यूशन स्कैन SlideScope में देखा जा सकता है।
एक्सपोर्ट ट्रायल शुरू करने को कहता है
देखना मुफ़्त खाते से काम करता है। एक्सपोर्ट के लिए निःशुल्क ट्रायल या सदस्यता चाहिए।
वीडियो और स्क्रीनशॉट में सैंपल: czitools सैंपल डेटा से S2_3x3_CH2.czi (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), DAPI और EGFP के साथ 3 × 3 मोज़ेक के दो सीन। कोई ग्राहक डेटा नहीं।
CZI फ़ाइल खोलने के तरीके
टूल
लागत
प्लैटफ़ॉर्म
किसके लिए सबसे उपयुक्त
ZEISS ZEN lite
मुफ़्त (डाउनलोड के लिए ZEISS ID ज़रूरी)
Windows
निर्माता का अपना व्यूअर, इमेज एक्विज़िशन सॉफ़्टवेयर के सबसे करीब
Fiji / ImageJ और Bio-Formats
मुफ़्त, ओपन सोर्स
Windows, macOS, Linux
प्लगइन और मैक्रो के साथ विश्लेषण; हर सीन एक अलग सीरीज़ के रूप में इम्पोर्ट होता है
QuPath
मुफ़्त, ओपन सोर्स
Windows, macOS, Linux
होल-स्लाइड इमेज विश्लेषण प्रोजेक्ट और स्क्रिप्टिंग
SlideScope
हर टूल के साथ मुफ़्त सैंपल, अपनी इमेज के लिए 3 दिन का मुफ़्त ट्रायल, फिर $25/माह से शुरू होने वाला सब्सक्रिप्शन
Windows 10+, macOS 14+ (Apple silicon और Intel)
CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, DICOM और TIFF के साथ-साथ CZI फ़ाइलें देखना, मापना और एनोटेट करना, जबकि फ़ाइलें आपके कंप्यूटर पर ही रहती हैं
आप ZEISS CZI फ़ाइलें इनसे खोल सकते हैं: ZEN lite, जो Windows के लिए ZEISS का मुफ़्त व्यूअर है; Fiji या QuPath, जो मुफ़्त हैं और Windows, Mac व Linux पर Bio-Formats के ज़रिए CZI पढ़ते हैं; या SlideScope, जो Windows और Mac के लिए एक डेस्कटॉप व्यूअर है और जिसमें मुफ़्त ट्रायल मिलता है। Apple silicon वाले Mac पर Bio-Formats, JPEG-XR से कंप्रेस की गई CZI फ़ाइलें नहीं पढ़ पाता। नीचे दिए गए चरण SlideScope का उपयोग करते हैं।
QuPath के दस्तावेज़ के अनुसार Bio-Formats फ़िलहाल Apple silicon पर JPEG-XR कंप्रेशन को सपोर्ट नहीं करता, और कई CZI फ़ाइलें JPEG-XR से कंप्रेस की गई होती हैं। इसके सुझाए गए उपाय हैं: फ़ाइल को किसी दूसरे कंप्यूटर पर कन्वर्ट करना, या QuPath के Intel बिल्ड पर स्विच करना। SlideScope, CZI के लिए Bio-Formats का उपयोग नहीं करता: यह Windows और Mac दोनों बिल्ड में अपने साथ बंडल किए गए JPEG XR डिकोडर से CZI पढ़ता है।
समीक्षकों को स्क्रिप्ट या प्लगइन सेटअप के बिना डेस्कटॉप इंटरफ़ेस चाहिए।
फ़ाइल में जहाँ चैनल, Z प्लेन, टाइम पॉइंट और सीन हों, उनके बीच जाएँ, Details में पिक्सेल आकार जाँचें और कैलिब्रेटेड इकाइयों में मापें।
माप, नोट्स और क्षेत्र स्लाइड से जुड़े रहते हैं और GeoJSON या CSV के रूप में एक्सपोर्ट होते हैं।
कार्यप्रवाह के अनुसार चुनें
जब अलग-अलग माइक्रोस्कोपी फ़ॉर्मैट खोलने और अपने ही कंप्यूटर पर सामान्य objects गिनने के लिए एक डेस्कटॉप ऐप चाहिए, तब SlideScope का मूल्यांकन करें। माइक्रोस्कोप नियंत्रण, प्रोग्राम योग्य इमेज प्रोसेसिंग, script आधारित विश्लेषण pipelines या संस्थागत इमेज प्रबंधन के लिए मूल टूल चुनें।
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: विस्तार योग्य प्रोसेसिंग, मैक्रो, प्लगइन, स्क्रिप्ट, सेगमेंटेशन, पैथोलॉजी विश्लेषण और वैज्ञानिक Python कार्यप्रवाह।
OMERO: केंद्रीय इमेज रिपॉज़िटरी, अनुमतियाँ, सहयोग और संस्थागत डेटा प्रबंधन।
CZI फ़ाइलों के बारे में प्रश्न
क्या CZI फ़ाइलें खोलने का कोई मुफ़्त तरीका है?
हाँ। ZEN lite (Windows) और Bio-Formats के साथ Fiji या QuPath मुफ़्त हैं। SlideScope डाउनलोड करना मुफ़्त है: बिल्ट-इन सैंपल लाइब्रेरी हर टूल के साथ मुफ़्त है, और अपनी इमेज आप 3 दिन के मुफ़्त ट्रायल (PayPal या कार्ड ज़रूरी) के साथ खोलते हैं; ट्रायल के बाद यह एक सब्सक्रिप्शन है।
Mac पर CZI खोलना
macOS 14 या नया संस्करण इस्तेमाल करें। अपने Mac के अनुसार Apple Silicon या Intel डाउनलोड चुनें और खोलने से पहले फ़ाइल स्थानीय स्टोरेज में कॉपी करें।
यदि फ़ाइल न खुले
जाँचें कि फ़ाइल पूरी कॉपी हुई है। समस्या बनी रहे तो ऐप का संस्करण, फ़ाइल फ़ॉर्मैट और त्रुटि संदेश सहायता टीम को बताएँ।
यह किसके लिए है?
Research labs, microscopy facilities, educators, students और pathology review teams के लिए।
SlideScope स्वतंत्र है और Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari या OMERO से संबद्ध नहीं है। उत्पाद नाम केवल तथ्यात्मक तुलना के लिए उपयोग किए गए हैं।
SlideScope डाउनलोड करें
Windows और macOS के लिए एक ही केंद्रित कार्यक्षेत्र में पूरी स्लाइड, फ़्लोरेसेंस चैनल और इमेज स्टैक देखें।
