SlideScope सीखें

इंस्टॉल से असली परिणामों तक

नीचे हर गाइड एक ऐसा काम है जिसे किसी को सचमुच पूरा करना होता है, ईमानदार समय-अनुमान और तीन चरणों के साथ। यदि SlideScope आपके लिए नया है तो शुरुआती रास्ते से शुरू करें, वरना सीधे उस काम पर जाएँ जो आपके सामने है।

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

यहाँ से शुरू करें

लगभग दस मिनट, केवल एक बार। इन्हें क्रम से करें और इस पृष्ठ का बाकी सब समझ में आ जाएगा।

  1. इंस्टॉल और सक्रिय करें

    Windows या macOS के लिए हस्ताक्षरित build डाउनलोड करें और उसी खाते से साइन इन करें जो आपने trial या subscription के लिए इस्तेमाल किया था। सक्रियण मशीन से जुड़ता है, और एक subscription दो उपकरणों को कवर करता है, इसलिए आपका laptop और workstation दोनों साइन इन रह सकते हैं।

  2. अपनी पहली स्लाइड खोलें

    CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM या TIFF फ़ाइल को विंडो पर खींचकर छोड़ें। न कोई import चरण है, न रूपांतरण: SlideScope scanner की pyramid सीधे पढ़ता है, इसलिए gigapixel स्लाइड भी साधारण laptop पर खुल जाती है।

  3. रास्ता पहचानें

    ज़ूम के लिए स्क्रॉल करें, खिसकाने के लिए खींचें, और overview navigator से स्लाइड पर बिना जगह खोए कूदें। Metadata panel जल्दी देख लें: वहाँ दर्ज pixel आकार ही हर आगामी माप को अनुमान के बजाय कैलिब्रेटेड बनाता है।

काम के हिसाब से गाइड

वही चुनें जो आज आप करने जा रहे हैं।

Fluorescence image में nuclei गिनना

6 मिनट
  1. Image खोलें और वह क्षेत्र चुनें जिसे गिनना है। पूरी स्लाइड के बजाय क्षेत्र मापने से चलना तेज़ रहता है और परिणाम उसी ऊतक पर रहता है जो आपको चाहिए।
  2. Quantify panel में Nuclei चुनें, engine में InstanSeg लें, और segmentation channel अपने DAPI या nuclear stain पर सेट करें। पहली बार advanced settings को न छेड़ें।
  3. चलाएँ, फिर संख्या से पहले overlay पढ़ें। जो object गलत लगे उस पर क्लिक करके हटाएँ, फिर CSV और methods summary साथ में export करें।

किसी संरचना को माइक्रोमीटर में मापना

4 मिनट
  1. पुष्टि करें कि metadata panel में pixel आकार दिख रहा है। यदि scanner ने दर्ज किया है तो माप असली माइक्रोमीटर में आते हैं; नहीं तो कुछ भी मापने से पहले हाथ से कैलिब्रेट करें।
  2. माप उपकरण चुनें और संरचना पर खींचें। दूरियाँ और क्षेत्रफल स्लाइड की पूरी resolution पर गिने जाते हैं, उस zoom स्तर पर नहीं जिस पर आप देख रहे हैं।
  3. माप सहेजें ताकि वह स्लाइड से जुड़ा रहे, और बाद में ज़रूरत होने पर तालिका CSV या क्षेत्र GeoJSON के रूप में export करें।

H&E की उसके IHC से तुलना करना

5 मिनट
  1. पहली स्लाइड खोलें, फिर दूसरी उसके बगल में। दोनों पैनल ऊतक के एक ही हिस्से पर, एक ही आवर्धन पर टिके रहते हैं।
  2. स्केल माइक्रोमीटर में मिलाया जाता है, zoom गुणक से नहीं, इसलिए अलग resolution वाले दो scan वास्तव में मेल खाते हैं। किसी एक पैनल को खिसकाएँ या ज़ूम करें, दूसरा साथ चलता है।
  3. जिस पैनल पर उचित लगे वहीं टिप्पणी करें। नोट अपनी स्लाइड और आपके खाते से जुड़े रहते हैं, इसलिए अगला समीक्षक उन्हें देखेगा।

पूरे folder को एक बार में मापना

8 मिनट
  1. पहले एक image को ठीक करें। एक प्रतिनिधि image पर object प्रकार, engine, channel और क्षेत्रफल सीमाएँ तब तक समायोजित करें जब तक overlay सही न दिखे।
  2. उन settings को recipe के रूप में सहेजें और ऐसा नाम दें जो तीन महीने बाद भी पहचान सकें।
  3. Folder batch चुनें, directory दिखाएँ और चलने दें। हर image के export के साथ एक संयुक्त batch summary CSV मिलती है, और हर image समान settings से विश्लेषित होती है।

ठीक वही दृश्य साझा करना जो आप देख रहे हैं

3 मिनट
  1. उस दृश्य-क्षेत्र पर जाएँ जो आप दूसरे व्यक्ति को दिखाना चाहते हैं, उसी zoom और plane पर जिस पर दिखाना है।
  2. साझा दृश्य लिंक बनाएँ। यह स्लाइड के साथ स्थिति, zoom और plane भी ले जाता है, इसलिए किसी को gigapixel scan में खोजना नहीं पड़ता।
  3. भेज दें। जिनके पास SlideScope इंस्टॉल है वे slidescope:// स्कीम से एक क्लिक में खोलते हैं; जिनके पास नहीं है वे पहले वेबसाइट पर देखते हैं कि लिंक किस ओर इशारा करता है।

अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न

मैं बिलकुल नया हूँ। कहाँ से शुरू करूँ?

तीनों शुरुआती चरण क्रम से करें, फिर माप वाली गाइड। ये चार चीज़ें पहले सप्ताह में नए उपयोगकर्ता की अधिकांश ज़रूरत पूरी कर देती हैं। इसके बाद गिनती वाली गाइड करने लायक है, भले ही अभी आपको परिमाणन की ज़रूरत न लगे, क्योंकि यह समझने का सबसे तेज़ रास्ता है कि SlideScope कैलिब्रेशन को कैसे संभालता है।

क्या मुझे programming सीखनी होगी?

नहीं। इस पृष्ठ की किसी चीज़ के लिए script, macro, plugin या Python environment ज़रूरी नहीं है। परिमाणन code के बजाय सहेजी गई recipes से चलता है: यही सौदा है — programmable platform जितना लचीला नहीं, पर परिणाम तक कहीं तेज़।

अपनी प्रयोगशाला के बाकी लोगों को कैसे सिखाऊँ?

उन्हें अपने ही काम की किसी असली स्लाइड की ओर इशारा करता साझा दृश्य लिंक इस पृष्ठ के साथ भेजें। परिचित चीज़ खोलना बनावटी tutorial फ़ाइल से बेहतर काम करता है, और लिंक यह सुनिश्चित करता है कि वे scan का कोई और कोना नहीं, वही दृश्य-क्षेत्र देखें जो आपने देखा।

अपनी ही images पर सीखें

14-दिन का trial पूर्ण पहुँच देता है। इन गाइडों को नमूना फ़ाइल पर नहीं, उन्हीं स्लाइडों पर आज़माएँ जिनसे आपकी प्रयोगशाला सचमुच जूझ रही है।

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