ללמוד את SlideScope

מהתקנה לתוצאות אמיתיות

כל מדריך למטה הוא משימה שמישהו באמת צריך לסיים, עם הערכת זמן כנה ושלושה צעדים. התחילו במסלול הפתיחה אם SlideScope חדש לכם, או קפצו ישר לעבודה שלפניכם.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

להתחיל כאן

בערך עשר דקות, פעם אחת. עשו אותם לפי הסדר וכל השאר בעמוד הזה יתיישב.

  1. התקנה והפעלה

    הורידו את הגרסה החתומה ל-Windows או macOS והתחברו עם החשבון שבו השתמשתם לתקופת הניסיון או למנוי. ההפעלה נקשרת למחשב, ומנוי אחד מכסה שני מכשירים, כך שהמחשב הנייד ותחנת העבודה יכולים להישאר מחוברים שניהם.

  2. לפתוח שקופית ראשונה

    גררו קובץ CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM או TIFF אל החלון. אין שלב ייבוא ואין המרה: SlideScope קורא את פירמידת הסורק ישירות, כך ששקופית בגודל ג׳יגה־פיקסל נפתחת גם במחשב נייד רגיל.

  3. להתמצא

    גלילה לזום, גרירה להזזה, ומנווט התצוגה הכללית מאפשר לקפוץ על פני השקופית בלי לאבד את המקום. הציצו מוקדם בלוח המטא־נתונים: גודל הפיקסל הרשום שם הוא מה שהופך כל מדידה בהמשך למכוילת ולא למשוערת.

מדריכים לפי משימה

בחרו את זה שמתאים למה שאתם מנסים לעשות היום.

לספור גרעינים בתמונת פלואורסצנציה

6 דק׳
  1. פתחו את התמונה וסמנו את האזור שברצונכם לספור. כימות של אזור במקום שקופית שלמה שומר על ריצה מהירה ומשאיר את התוצאה על הרקמה שמעניינת אתכם.
  2. בלוח הכימות בחרו גרעינים, קבעו את InstanSeg כמנוע, והגדירו את ערוץ הפילוח ל-DAPI או לצביעה הגרעינית שלכם. בריצה הראשונה אל תיגעו בהגדרות המתקדמות.
  3. הריצו, ואז קראו את שכבת־העל לפני שאתם קוראים את המספר. לחצו על כל עצם שנראה שגוי והוציאו אותו, ואז ייצאו יחד את ה-CSV ואת סיכום השיטות.

למדוד מבנה במיקרומטרים

4 דק׳
  1. ודאו שלוח המטא־נתונים מציג גודל פיקסל. אם הסורק תיעד אותו, המדידות יוצאות במיקרומטרים אמיתיים; אם לא, כיילו ידנית לפני שאתם מודדים משהו.
  2. בחרו בכלי המדידה ומתחו על פני המבנה. מרחקים ושטחים מחושבים ברזולוציה המלאה של השקופית, לא ברמת הזום שבה אתם צופים במקרה.
  3. שמרו את המדידה כדי שתישאר צמודה לשקופית, ומאוחר יותר ייצאו את הטבלה כ-CSV או את האזורים כ-GeoJSON כשתצטרכו אותם במקום אחר.

להשוות H&E מול ה-IHC המקביל

5 דק׳
  1. פתחו את השקופית הראשונה ואז את השנייה לצידה. שני החלוניות ננעלות על אותו חלק ברקמה ובאותה הגדלה.
  2. קנה המידה מותאם במיקרומטרים ולא לפי מקדם זום, כך ששתי סריקות ברזולוציות שונות באמת מתאימות זו לזו. הזיזו או הגדילו חלונית אחת והשנייה עוקבת.
  3. הוסיפו הערות בחלונית שבה זה הגיוני. ההערות נשארות צמודות לשקופית שלהן ולחשבון שלכם, כך שמי שיבדוק אחריכם יראה אותן.

לכמת תיקייה שלמה בריצה אחת

8 דק׳
  1. קודם כול הביאו תמונה אחת למצב נכון. כווננו את סוג העצם, המנוע, הערוץ וגבולות השטח על תמונה מייצגת אחת עד ששכבת־העל נראית נכונה.
  2. שמרו את ההגדרות האלה כמתכון ותנו לו שם שתזהו בעוד שלושה חודשים.
  3. בחרו ריצת אצווה על תיקייה, כוונו אותה לספרייה ותנו לה לרוץ. תקבלו ייצוא לכל תמונה בנוסף ל-CSV מסכם לאצווה, כשכל התמונות נותחו בהגדרות זהות.

לשתף בדיוק את התצוגה שאתם רואים

3 דק׳
  1. נווטו לשדה הראייה שאתם רוצים שהאדם השני יראה, בזום ובמישור שבהם אתם רוצים שיראה אותו.
  2. צרו קישור לתצוגה משותפת. הוא נושא את השקופית יחד עם המיקום, הזום והמישור, כך שאף אחד לא צריך לחפש בתוך סריקה בגודל ג׳יגה־פיקסל.
  3. שלחו אותו. מי שמותקן אצלו SlideScope פותח בלחיצה אחת דרך הסכימה ‎slidescope://‎; מי שלא, רואה תחילה באתר לאן הקישור מצביע.

עיון

השאירו את אלה פתוחים בלשונית בזמן העבודה.

שאלות נפוצות

אני לגמרי חדש בזה. איפה מתחילים?

עברו על שלושת צעדי הפתיחה לפי הסדר ואז על מדריך המדידה. ארבעת הדברים האלה מכסים את רוב מה שמשתמש חדש צריך בשבוע הראשון. את מדריך הספירה כדאי לעשות אחריהם גם אם עדיין נדמה לכם שאינכם זקוקים לכימות, כי זו הדרך המהירה ביותר להבין איך SlideScope מתייחס לכיול.

האם צריך ללמוד לתכנת?

לא. שום דבר בעמוד הזה אינו דורש סקריפט, מאקרו, תוסף או סביבת Python. הכימות מונע ממתכונים שמורים ולא מקוד: זו העסקה — פחות גמיש מפלטפורמה שניתן לתכנת, הרבה יותר מהיר להגיע לתוצאה.

איך מכשירים את שאר אנשי המעבדה?

שלחו להם קישור לתצוגה משותפת שמצביע על שקופית אמיתית מהעבודה שלכם, יחד עם העמוד הזה. לפתוח משהו מוכר עדיף על קובץ הדגמה מלאכותי, והקישור מבטיח שיראו את אותו שדה ראייה שראיתם ולא פינה אחרת של הסריקה.

ללמוד על התמונות שלכם

תקופת הניסיון של 14 יום היא בגישה מלאה. עברו על המדריכים האלה עם השקופיות שהמעבדה שלכם באמת מתעסקת איתן, לא עם קובץ לדוגמה.

התחלת תקופת ניסיון