Học dùng SlideScope

Từ lúc cài xong đến kết quả thật

Mỗi hướng dẫn bên dưới là một công việc ai đó thực sự cần hoàn tất, kèm ước lượng thời gian thành thật và ba bước. Hãy bắt đầu từ lộ trình nhập môn nếu SlideScope còn mới với bạn, hoặc nhảy thẳng tới việc đang chờ bạn.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Bắt đầu ở đây

Khoảng mười phút, chỉ một lần. Làm theo thứ tự thì mọi thứ còn lại trên trang này sẽ sáng ra.

  1. Cài đặt và kích hoạt

    Tải bản dựng đã ký cho Windows hoặc macOS rồi đăng nhập bằng tài khoản bạn đã dùng cho bản dùng thử hoặc gói thuê bao. Kích hoạt gắn với máy, và một gói thuê bao bao được hai thiết bị, nên laptop và máy trạm của bạn có thể cùng đăng nhập.

  2. Mở tiêu bản đầu tiên

    Kéo một tệp CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM hoặc TIFF thả vào cửa sổ. Không có bước nhập liệu, cũng không phải chuyển đổi: SlideScope đọc thẳng kim tự tháp của máy quét, nên tiêu bản gigapixel vẫn mở được trên một chiếc laptop bình thường.

  3. Làm quen với giao diện

    Cuộn để phóng to, kéo để di chuyển, và dùng bộ điều hướng tổng quan để nhảy khắp tiêu bản mà không lạc chỗ. Hãy xem bảng siêu dữ liệu sớm: kích thước điểm ảnh ghi ở đó chính là thứ khiến mọi phép đo về sau là đã hiệu chuẩn chứ không phải áng chừng.

Hướng dẫn theo công việc

Chọn cái khớp với việc bạn định làm hôm nay.

Đếm nhân trên ảnh huỳnh quang

6 phút
  1. Mở ảnh và chọn vùng bạn muốn đếm. Định lượng một vùng thay vì cả tiêu bản giúp quá trình chạy nhanh và giữ kết quả trên đúng mô bạn quan tâm.
  2. Trong bảng định lượng, chọn Nhân, đặt bộ máy là InstanSeg, và trỏ kênh phân vùng vào DAPI hoặc phép nhuộm nhân của bạn. Lần chạy đầu, đừng động vào các thiết lập nâng cao.
  3. Chạy xong, hãy đọc lớp phủ trước khi đọc con số. Bấm vào bất kỳ đối tượng nào trông sai để loại ra, rồi xuất CSV cùng bản tóm tắt phương pháp.

Đo một cấu trúc theo micromet

4 phút
  1. Xác nhận bảng siêu dữ liệu có hiện kích thước điểm ảnh. Nếu máy quét đã ghi, phép đo sẽ ra micromet thật; nếu không, hãy hiệu chuẩn thủ công trước khi đo bất cứ thứ gì.
  2. Chọn công cụ đo rồi kéo ngang cấu trúc. Khoảng cách và diện tích được tính ở độ phân giải đầy đủ của tiêu bản, không phải ở mức thu phóng bạn tình cờ đang xem.
  3. Lưu phép đo để nó gắn liền với tiêu bản, rồi xuất bảng dưới dạng CSV hoặc các vùng dưới dạng GeoJSON khi cần dùng ở nơi khác.

So H&E với IHC tương ứng

5 phút
  1. Mở tiêu bản thứ nhất, rồi mở tiêu bản thứ hai bên cạnh. Cả hai khung đều khóa vào cùng một vị trí mô ở cùng độ phóng đại.
  2. Tỉ lệ được khớp theo micromet chứ không theo hệ số thu phóng, nên hai bản quét ở độ phân giải khác nhau thực sự tương ứng. Kéo hoặc phóng một khung, khung kia đi theo.
  3. Chú thích ở khung nào hợp lý thì làm ở đó. Ghi chú vẫn gắn với tiêu bản của chính nó và với tài khoản của bạn, nên người xem sau sẽ thấy.

Định lượng cả một thư mục trong một lượt

8 phút
  1. Làm đúng một ảnh trước đã. Chỉnh loại đối tượng, bộ máy, kênh và giới hạn diện tích trên một ảnh đại diện cho tới khi lớp phủ trông đúng.
  2. Lưu các thiết lập đó thành công thức và đặt cho nó cái tên mà ba tháng nữa bạn vẫn nhận ra.
  3. Chọn chạy lô theo thư mục, trỏ vào thư mục đó rồi để nó chạy. Bạn nhận được kết quả xuất theo từng ảnh cộng thêm một CSV tóm tắt lô gộp chung, với mọi ảnh đều được phân tích bằng thiết lập giống hệt nhau.

Chia sẻ đúng khung hình bạn đang xem

3 phút
  1. Di chuyển tới đúng vùng nhìn bạn muốn người kia thấy, ở mức thu phóng và mặt cắt bạn muốn họ thấy.
  2. Tạo liên kết chia sẻ khung nhìn. Nó mang theo tiêu bản cùng vị trí, mức thu phóng và mặt cắt, nên không ai phải mò mẫm trong một bản quét gigapixel.
  3. Gửi đi. Ai đã cài SlideScope sẽ mở bằng một cú nhấp qua lược đồ slidescope://; ai chưa cài sẽ thấy trên trang web trước xem liên kết trỏ tới đâu.

Tra cứu

Hãy để sẵn những mục này trong một thẻ trong lúc làm việc.

Câu hỏi thường gặp

Tôi hoàn toàn mới. Nên bắt đầu từ đâu?

Làm ba bước nhập môn theo thứ tự, rồi tới hướng dẫn đo. Bốn việc đó bao phủ phần lớn những gì một người dùng mới cần trong tuần đầu. Hướng dẫn đếm đáng làm tiếp theo ngay cả khi bạn nghĩ mình chưa cần định lượng, bởi đó là con đường nhanh nhất để hiểu SlideScope xử lý hiệu chuẩn ra sao.

Tôi có phải học lập trình không?

Không. Không có gì trên trang này đòi hỏi script, macro, plugin hay môi trường Python. Định lượng chạy bằng các công thức đã lưu chứ không phải bằng mã: đó là đánh đổi — kém linh hoạt hơn một nền tảng lập trình được, nhưng ra kết quả nhanh hơn nhiều.

Làm sao đào tạo những người khác trong phòng thí nghiệm?

Gửi cho họ một liên kết chia sẻ khung nhìn trỏ tới một tiêu bản thật trong công việc của chính bạn, kèm theo trang này. Mở một thứ quen thuộc hiệu quả hơn tệp hướng dẫn dựng sẵn, và liên kết bảo đảm họ thấy đúng vùng nhìn bạn đã thấy chứ không phải một góc khác của bản quét.

Học ngay trên ảnh của bạn

Bản dùng thử 14 ngày là quyền truy cập đầy đủ. Hãy làm theo các hướng dẫn này bằng chính những tiêu bản phòng thí nghiệm của bạn đang xử lý, không phải tệp mẫu.

Bắt đầu dùng thử