CZI-conversie

CZI naar TIFF of OME-TIFF converteren op Windows en Mac

Converteer CZI-bestanden naar OME-TIFF, de open TIFF die kanaalnamen en pixelgrootte bewaart: met de software van de fabrikant, met het gratis Fiji of bfconvert, met een paar regels Python, of zonder code in SlideScope. Kies liever OME-TIFF dan een gewone TIFF: een gewone TIFF verliest meestal de kalibratie en de kanaalmetadata. En houd ongepubliceerde data weg van online converters, want die uploaden je bestand.

SlideScope downloadenAlle conversieopties
Verliesvrije OME-TIFFKanalen en kalibratie blijven behoudenGeen upload

Manieren om CZI naar TIFF te converteren

ToolKostenPlatformsOpmerkingen
ZEISS ZENBetaald; ZEN lite is gratisAlleen WindowsImage Export (TIFF) en OME TIFF Export; tegels zijn niet beschikbaar voor OME TIFF Export
Fiji / ImageJ met Bio-FormatsGratis, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter naar OME-TIFF; kan JPEG-XR-CZI niet lezen op Apple silicon
bfconvert (Bio-Formats-tools)Gratis, open sourceWindows, macOS, LinuxOpdrachtregel; batch, BigTIFF, piramides, compressie
Python (bioio, pylibCZIrw)Gratis, open sourceWindows, macOS, LinuxConversie met scripts; vereist Python
SlideScopeBetaald; voor het exporteren van je eigen bestanden heb je een abonnement nodigWindows 10/11, macOS 14+Verliesvrije OME-TIFF met kanalen en kalibratie, elke scène van een CZI met meerdere scènes, zonder code, zonder upload

Online converters zijn de enige optie die je voor onderzoeksdata moet vermijden: ze uploaden het bestand naar de server van een ander, en een aantal kan CZI helemaal niet lezen (convert.guru zegt bijvoorbeeld dat je ZEN nodig hebt).

CZI naar TIFF converteren in ZEISS ZEN (Windows)

  1. Open de CZI in ZEN en ga naar het tabblad Processing.
  2. Kies onder Method voor Export/Import › OME TIFF Export (of Image Export voor gewone TIFF, BMP of JPEG).
  3. Stel de uitvoermap en de opties in en klik op Apply. Gebruik voor veel bestanden Processing › Batch met de methode Image Export.

ZEISS vermeldt dat tegels niet beschikbaar zijn voor OME TIFF Export. ZEN lite is de gratis editie van ZEISS; ZEISS somt de exportfuncties ervan niet op, al beschrijft een installatiegids van de University of Arizona hoe je hem voor export gebruikt. ZEN werkt alleen op Windows.

CZI naar OME-TIFF converteren in Fiji of met bfconvert (gratis)

  1. Open in Fiji het CZI-bestand (het gaat via de Bio-Formats-importer).
  2. Kies Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter en sla op als .ome.tif. Gebruik voor bestanden van meer dan 4 GB een BigTIFF-extensie zoals .ome.btf; een gewone .tif is beperkt tot 4 GB.

Zonder Fiji te openen converteren de Bio-Formats-opdrachtregeltools vanuit een terminal (download bftools.zip van de Bio-Formats-site):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Het uitvoerformaat volgt de extensie; de uitvoer is ongecomprimeerd tenzij je -compression meegeeft; -series 0 converteert maar één serie. Voor de piramidevorm is -noflat nodig, en dat ondersteunt alleen OME-TIFF.

CZI converteren in Python

bioio leest CZI (met de plugin bioio-czi) en schrijft OME-TIFF (met bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

Het eigen pylibCZIrw van ZEISS leest CZI-vlakken en -regio's (pyczi.open_czi(path), daarna read(plane=...)) maar schrijft geen TIFF: combineer het met tifffile als je volledige controle wilt over wat er wordt weggeschreven.

CZI naar OME-TIFF converteren in SlideScope (zonder code)

  1. Open het CZI-bestand in SlideScope op Windows of Mac.
  2. Kies File › Export Current Image as TIFF… en kies een doellocatie. SlideScope schrijft een verliesvrije OME-TIFF (.ome.tif) met de kanaalnamen, kleuren en pixelgrootte, en wijzigt het originele bestand nooit. Bekijk je een CZI met meerdere scènes één scène tegelijk, dan wordt de scène op het scherm geëxporteerd, op de eigen resolutie van die scène.
  3. Voor veel bestanden kies je File › Open Folder, selecteer je de bestanden en voer je “Export the selected files…” uit voor één OME-TIFF per bestand, waarin elke scène of positie als een eigen beeld bewaard blijft; “Extract scenes from the selected files…” schrijft in plaats daarvan elke scène of positie als een apart bestand weg. Kies voor grote coupescans “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Open het resultaat in Fiji, QuPath of een andere OME-TIFF-lezer: Fiji geeft .ome.tif-bestanden door aan Bio-Formats, dat de kalibratie en kanalen inleest.

Voor het exporteren van je eigen bestanden heb je een abonnement nodig; de ingebouwde voorbeelden exporteer je gratis. De conversie draait op je eigen computer; er wordt niets geüpload.

Vragen over CZI-conversie

Kan ik CZI gratis naar TIFF converteren?

Ja. Fiji (gratis) opent CZI via Bio-Formats en slaat OME-TIFF op met Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, en de gratis opdracht bfconvert doet hetzelfde vanuit een terminal. Op een Windows-pc exporteert ZEISS ZEN CZI ook naar TIFF en OME-TIFF.

Moet ik TIFF of OME-TIFF exporteren?

OME-TIFF. Het is nog steeds een TIFF die de meeste programma's openen, maar het bewaart de kanaalnamen, de pixelgrootte en de Z- en tijdstructuur in de metadata. Een gewone TIFF bewaart meestal alleen de pixels, waardoor metingen in andere software in pixels uitkomen in plaats van in µm.

Waarom ziet mijn geëxporteerde TIFF er zwart of heel donker uit?

De meeste microscoopbeelden zijn 12- of 16-bit, en een viewer die het volledige bereik van 0-65.535 toont, laat ze er donker uitzien. De data is in orde: pas helderheid en contrast aan (Image › Adjust › Brightness/Contrast in Fiji) in plaats van naar 8-bit te converteren, wat informatie weggooit.

Waarom opent mijn CZI niet in Fiji op een Mac?

Veel CZI-bestanden zijn met JPEG-XR gecomprimeerd, en volgens de documentatie van QuPath kan Bio-Formats JPEG-XR niet decoderen op Macs met Apple silicon. Converteer op een Windows- of Intel-computer, of gebruik SlideScope, dat CZI leest met een eigen meegeleverde JPEG XR-decoder, op zowel Windows als Mac.

Hoe converteer ik een hele map met CZI-bestanden?

Gebruik in ZEN Processing › Batch met de methode Image Export. Met bfconvert doorloop je de bestanden in een shellscript. Open in SlideScope de map, selecteer de bestanden en voer “Export the selected files…” uit voor één OME-TIFF per bestand, of “Extract scenes from the selected files…” voor één bestand per scène.

Is SlideScope gratis?

SlideScope is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool); voor je eigen beelden heb je een abonnement nodig vanaf $35/maand.

Verken de ingebouwde voorbeeldbibliotheek gratis, met elke tool. Voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig: $35/maand, gefactureerd wanneer je je abonneert (PayPal of kaart), en je kunt altijd opzeggen vanuit je account. Jaarlijkse facturering is beschikbaar voor $349.99/jaar, wat neerkomt op ongeveer twee maanden gratis.

Converteren zonder te uploaden

Probeer het gratis op de ingebouwde voorbeelden, open daarna je eigen CZI-bestanden en exporteer verliesvrije OME-TIFF met een abonnement. Al besloten? Nu abonneren.

SlideScope downloaden