Công cụ tính kích thước pixel kính hiển vi (µm trên mỗi pixel)

Máy tính kích thước điểm ảnh

Cách tính kích thước pixel tại mẫu

kích thước pixel (µm/px) = pixel camera (µm) × binning ÷ (vật kính × bộ chuyển đổi camera)

Pixel của chính camera (ví dụ 6,5 µm trên nhiều camera sCMOS, 3,45 µm trên các cảm biến CMOS phổ biến) được chiếu lên mẫu vật qua vật kính và bộ chuyển đổi camera nếu có. Binning 2 × 2 gộp bốn pixel thành một, làm kích thước pixel tăng gấp đôi. Thị kính của kính hiển vi không đóng vai trò gì.

Ví dụ minh họa: pixel 6,5 µm, vật kính 60×, bộ chuyển đổi 1×, không binning: 6,5 ÷ 60 = 0,108 µm trên mỗi pixel, tức 9,2 pixel trên mỗi µm. Hãy so sánh với kích thước pixel Nyquist của vật kính để xem camera có lấy mẫu đúng mức so với hệ quang học hay không.

Hiệu chuẩn bằng trắc vi vật kính

Công thức giả định độ phóng đại danh định là chính xác; thực tế chúng thường lệch trong vòng vài phần trăm. Với các phép đo bạn sẽ công bố, hãy hiệu chuẩn mỗi vật kính một lần: chụp ảnh trắc vi vật kính (một tiêu bản có thang chia vạch, thường là 1 mm chia thành 100 vạch, mỗi vạch 10 µm), vẽ một đường dọc theo càng nhiều vạch càng tốt trong khung hình, rồi chia chiều dài thực cho chiều dài đường kẻ tính bằng pixel.

Ví dụ minh họa: 100 µm trên trắc vi vật kính trải dài 400 pixel: 100 ÷ 400 = 0,25 µm trên mỗi pixel. Trong Fiji, Analyze › Set Scale làm việc tương tự; trong SlideScope, View › Set Pixel Size… lưu giá trị này cho ảnh đó khi tệp không có sẵn kích thước pixel.

Micromet trên mỗi pixel (MPP) trong ảnh toàn tiêu bản

Máy quét tiêu bản ghi kích thước pixel ở mức gốc vào tệp (Aperio SVS ghi "MPP", các định dạng khác dùng một thẻ tương đương). Theo quy ước, ảnh quét 40× có khoảng 0,25 µm trên mỗi pixel và ảnh quét 20× khoảng 0,5 µm trên mỗi pixel; giá trị chính xác tùy thuộc vào máy quét (tiêu bản thử nghiệm CMU-1 của OpenSlide, một ảnh quét Aperio ở 20×, ghi 0,499 µm/px). Mỗi mức của kim tự tháp nhân MPP với hệ số giảm mẫu của nó, nên mức 2 của một tiêu bản 40× có hệ số giảm mẫu 16 là 4 µm trên mỗi pixel, tương đương khoảng 2,5×.

Đọc giá trị này trong Python bằng openslide.OpenSlide(path).properties["openslide.mpp-x"] (xem đọc tệp SVS bằng Python). Các trình xem trên máy tính, bao gồm SlideScope, tự động đọc giá trị này và dùng nó để vẽ thanh tỷ lệ.

Câu hỏi

Nguồn

• Nikon MicroscopyU — Trường nhìn
• API Python của OpenSlide (openslide.mpp-x)

Kết quả mang tính lý thuyết hoặc số học; hãy đối chiếu với tài liệu của thiết bị trước khi dựa vào chúng cho công việc lâm sàng hoặc công việc chịu quản lý.