Kalibrasyon
Mikroskop piksel boyutu hesaplayıcısı (piksel başına µm)
Görüntünüzde bir pikselin kaç mikrometreyi kapsadığını bulun. Üç yolu var: kamera ve objektiften, tabla mikrometresi gibi ölçülmüş bir mesafeden ya da bir tam slayt görüntü piramidinin bir düzeyi için. Ölçek çubuğunu, uzunluk veya alan ölçümünü doğru kılan işte bu sayıdır.
Numunedeki piksel boyutu nasıl hesaplanır?
piksel boyutu (µm/px) = kamera pikseli (µm) × binning ÷ (objektif × kamera adaptörü)
Kameranın kendi pikseli (örneğin birçok sCMOS kamerada 6,5 µm, yaygın CMOS sensörlerde 3,45 µm), objektif ve varsa kamera adaptörü aracılığıyla numuneye yansıtılır. 2 × 2 binning dört pikseli bir pikselde birleştirir ve piksel boyutunu iki katına çıkarır. Mikroskobun okülerinin bunda hiçbir rolü yoktur.
Örnek hesaplama: 6,5 µm pikseller, 60× objektif, 1× adaptör, binning yok: 6,5 ÷ 60 = piksel başına 0,108 µm, yani µm başına 9,2 piksel. Kameranın optiği doğru örnekleyip örneklemediğini görmek için bunu objektifinizin Nyquist piksel boyutu ile karşılaştırın.
Tabla mikrometresiyle kalibrasyon
Formül, nominal büyütmelerin tam olarak doğru olduğunu varsayar; genellikle birkaç yüzde içinde doğrudurlar. Yayımlayacağınız ölçümler için her objektifi bir kez kalibre edin: bir tabla mikrometresini (cetvel gibi ölçeklendirilmiş bir slayt; çoğu zaman 10 µm’lik 100 bölmeye ayrılmış 1 mm) görüntüleyin, sığabildiği kadar çok bölme boyunca bir çizgi çizin ve gerçek uzunluğu çizginin piksel cinsinden uzunluğuna bölün.
Örnek hesaplama: Mikrometrenin 100 µm’si 400 piksele karşılık geliyor: 100 ÷ 400 = piksel başına 0,25 µm. Fiji’de Analyze › Set Scale aynı işi yapar; SlideScope’ta ise View › Set Pixel Size…, dosya piksel boyutu taşımadığında bu değeri o görüntü için saklar.
Tam slayt görüntülerinde piksel başına mikron (MPP)
Slayt tarayıcıları temel düzeyin piksel boyutunu dosyaya kaydeder (Aperio SVS bunu "MPP" olarak yazar, diğer biçimler eşdeğer bir etiket kullanır). Teamül olarak 40× bir tarama yaklaşık piksel başına 0,25 µm, 20× bir tarama ise yaklaşık piksel başına 0,5 µm’dir; kesin değer tarayıcıya bağlıdır (20× bir Aperio taraması olan OpenSlide CMU-1 test slaytı 0,499 µm/px kaydeder). Her piramit düzeyi MPP’yi kendi küçültme katsayısıyla çarpar; dolayısıyla küçültme katsayısı 16 olan 40× bir slaytın 2. düzeyi piksel başına 4 µm’dir ve bu yaklaşık 2,5×’e eşdeğerdir.
Python’da openslide.OpenSlide(path).properties["openslide.mpp-x"] ile okuyun (bkz. SVS dosyalarını Python’da okuma). SlideScope dahil masaüstü görüntüleyiciler bu değeri otomatik olarak okur ve ölçek çubuğunu ona göre çizer.
Sorular
Piksel başına mikron nasıl hesaplanır?
Kamera piksel boyutunu numune ile kamera arasındaki toplam büyütmeye (objektif × kamera adaptörü) bölün ve binning değeriyle çarpın. Ya da bir tabla mikrometresini görüntüleyin ve bilinen bir uzunluğu piksel cinsinden uzunluğuna bölün.
Patolojide MPP nedir?
Piksel başına mikron: tam slayt görüntüsünde bir pikselin numune üzerindeki genişliği. Teamül olarak yaklaşık 0,25 µm/px 40×, 0,5 µm/px ise 20× olarak adlandırılır.
Görüntüm neden yanlış ölçek çubuğu gösteriyor?
Dosyada piksel boyutu yoktur ya da yanlış bir değer vardır (bazı TIFF dışa aktarımları inç başına 1 piksel saklar). Piksel boyutunu kalibrasyonla ayarlayın; Fiji’de Analyze › Set Scale, SlideScope’ta View › Set Pixel Size… kullanın.
Oküler piksel boyutunu değiştirir mi?
Hayır. Kamera, oküler üzerinden değil, objektifin (ve adaptörün) oluşturduğu görüntüyü görür.
Bu hesaplayıcı ücretsiz mi?
Evet. Tarayıcınızda çalışır ve hiçbir yere bir şey göndermez. Aynı ekibin geliştirdiği masaüstü mikroskopi uygulaması SlideScope ise ücretsiz bir örnek kitaplığı (tüm araçlarla) ve kendi görüntüleriniz için abonelik sunan ücretli bir uygulamadır.
Kaynaklar
Sonuçlar kuramsal veya aritmetiktir; klinik ya da düzenlemeye tabi çalışmalarda bunlara güvenmeden önce cihazınızın belgeleriyle karşılaştırın.
Gerçek görüntüleriniz üzerinde ölçün
SlideScope, aralarında CZI, ND2, SVS ve LIF’in de bulunduğu 34 mikroskop ve slayt tarayıcı biçimini kendi kalibrasyonlarıyla açar; böylece uzunluklar, alanlar, hücre sayıları ve ölçek çubukları hiçbir ayar yapmadan µm cinsinden elde edilir. Tüm araçları yerleşik örneklerde ücretsiz deneyin; kendi görüntülerinizi açmak için abonelik gerekir. Kararınızı verdiniz mi? Hemen abone olun.