Định lượng cục bộ

Đếm nhân, tế bào và hạt mà không để lọt một điểm ảnh nào ra ngoài

Định lượng cục bộ biến tiêu bản bạn đang xem thành những con số. Phân vùng và đo lường chạy ngay trên máy của bạn, nên ảnh chưa công bố và ảnh từ bệnh nhân không bao giờ rời khỏi máy, còn kết quả hiện ra trong chính cửa sổ đang mở ảnh.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Vì sao nên định lượng ở đây

Điểm ảnh của bạn ở lại máy bạn

Phân vùng và đo lường chạy cục bộ. Chỉ trọng số mô hình được tải về, và SlideScope xác minh mã băm SHA-256 trước khi nạp. Không phần nào của ảnh được tải lên, và đó chính là khác biệt quyết định với dữ liệu chưa công bố, bệnh phẩm từ bệnh nhân và các hội đồng đạo đức.

Hai bộ máy, cả hai đều minh bạch

Dùng trọng số học sâu InstanSeg đã được xác minh cho nhân và tế bào, hoặc dùng ngưỡng cổ điển tường minh với tự chọn Otsu, phát hiện cực tính, làm mượt và giới hạn diện tích. Bạn luôn biết con số nào do bộ máy nào tạo ra, và bản tóm tắt phương pháp có ghi lại.

Xây dựng để tái lập được

Mỗi lần chạy được mô tả bằng một công thức đã lưu: loại đối tượng, bộ máy, kênh, ngưỡng, giới hạn diện tích, kênh dấu ấn. Nạp lại công thức, chạy lại thư mục, bạn nhận đúng kết quả phân tích đó. Bản tóm tắt phương pháp xuất ra được viết để dán thẳng vào bản thảo.

Bạn nhận được gì

  • Số lượng đối tượng, kèm mật độ đã hiệu chuẩn trên mỗi milimét vuông ở bất cứ đâu có ghi kích thước điểm ảnh
  • Diện tích, chu vi và các chỉ số hình dạng cho từng đối tượng
  • Cường độ trung bình ở mọi kênh, không chỉ kênh dùng để phân vùng
  • Phân loại đối tượng dương tính với dấu ấn (tùy chọn) theo một hoặc hai kênh dấu ấn
  • Phân bố kích thước và cường độ trên toàn bộ quần thể đối tượng
  • Lớp phủ có thể chỉnh sửa, nên đối tượng bị phân vùng sai có thể loại ra trước khi xuất

Xuất dữ liệu hợp với công việc thật

  • Bảng đối tượng CSV để làm thống kê trong R, Python, Prism hoặc bảng tính
  • Đường bao GeoJSON mà QuPath và ASAP nhập trực tiếp
  • Mask TIFF có gán nhãn, với công thức nhúng trong siêu dữ liệu tệp
  • PNG có chú giải cho hình minh họa và bài trình bày
  • JSON tóm tắt để dùng theo hướng lập trình về sau
  • Bản tóm tắt phương pháp thành văn, sẵn sàng dán vào bản thảo

Năm phút từ ảnh đến con số

  1. Chọn vùng

    Định lượng cả ảnh hoặc chỉ vùng bạn đã chọn. Làm việc trên một vùng giúp tiêu bản gigapixel vẫn mượt và giữ phân tích đúng trên mô bạn thực sự quan tâm.

  2. Chọn đối tượng và bộ máy

    Nhân, tế bào hoặc hạt. InstanSeg cho nhân và tế bào; ngưỡng cổ điển cho những trường hợp còn lại hoặc khi bạn cần một quy tắc hoàn toàn tường minh.

  3. Kiểm tra lớp phủ

    Kết quả hiện ra dưới dạng lớp phủ trên ảnh. Lướt bảng đối tượng, xem các giá trị ngoại lai và loại bỏ những gì phân vùng đọc sai. Chưa có gì là chung cuộc cho tới khi bạn quyết định.

  4. Xuất kết quả hoặc chạy cả thư mục

    Xuất trọn gói, hoặc lưu thiết lập thành công thức và chạy cùng một phân tích trên cả thư mục trong một lượt, kèm bản tóm tắt lô gộp chung.

Câu hỏi thường gặp

Ảnh của tôi có rời khỏi máy tính không?

Không. Phân vùng và đo lường chạy trong tiến trình SlideScope ngay trên máy bạn. Yêu cầu mạng duy nhất là tải trọng số mô hình một lần, và SlideScope xác minh mã băm SHA-256 của cả tệp nén lẫn mô hình trước khi nạp bất kỳ đoạn mã nào.

Tôi nên dùng bộ máy nào?

Dùng InstanSeg cho nhân và tế bào ở cả trường sáng lẫn huỳnh quang: nó tách các đối tượng chạm nhau tốt hơn hẳn so với ngưỡng. Dùng bộ máy cổ điển cho hạt, cho các phép nhuộm ít gặp, hoặc bất cứ khi nào bạn cần một quy tắc phát biểu được chính xác trong phần phương pháp.

Có thể tin các con số này để công bố không?

Hãy xem đó là kết quả nghiên cứu cần bạn kiểm soát chất lượng. SlideScope hiển thị phân vùng dưới dạng lớp phủ chỉnh sửa được chính là để bạn kiểm tra, và nó xuất bản tóm tắt phương pháp mô tả từng con số được tạo ra thế nào. Kết quả chưa được thẩm định cho chẩn đoán hay quyết định lâm sàng.

Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu. Kết quả cần được kiểm soát chất lượng bằng mắt và chưa được thẩm định cho chẩn đoán hay quyết định lâm sàng.

Định lượng tiêu bản của chính bạn ngay tuần này

Bản dùng thử 14 ngày là quyền truy cập đầy đủ, gồm cả định lượng cục bộ và chạy lô theo thư mục. Hãy thử trên chính những ảnh phòng thí nghiệm của bạn đang xử lý.

Bắt đầu dùng thử