कैलिब्रेशन
माइक्रोस्कोप पिक्सेल आकार कैलकुलेटर (µm प्रति पिक्सेल)
पता लगाएँ कि आपकी इमेज में एक पिक्सेल कितने माइक्रोमीटर को कवर करता है। तीन तरीके: कैमरा और ऑब्जेक्टिव से, स्टेज माइक्रोमीटर जैसी किसी मापी गई दूरी से, या होल-स्लाइड इमेज पिरामिड के किसी लेवल के लिए। यही संख्या स्केल बार, लंबाई या क्षेत्रफल के माप को सही बनाती है।
नमूने पर पिक्सेल आकार की गणना कैसे होती है
पिक्सेल आकार (µm/px) = कैमरा पिक्सेल (µm) × बिनिंग ÷ (ऑब्जेक्टिव × कैमरा एडैप्टर)
कैमरे का अपना पिक्सेल (उदाहरण के लिए कई sCMOS कैमरों पर 6.5 µm, आम CMOS सेंसर पर 3.45 µm) ऑब्जेक्टिव और किसी भी कैमरा एडैप्टर के ज़रिए नमूने पर प्रोजेक्ट होता है। 2 × 2 बिनिंग चार पिक्सेल को एक में मिला देती है, जिससे पिक्सेल आकार दोगुना हो जाता है। माइक्रोस्कोप के आइपीस की इसमें कोई भूमिका नहीं होती।
हल किया गया उदाहरण: 6.5 µm पिक्सेल, 60× ऑब्जेक्टिव, 1× एडैप्टर, बिना बिनिंग: 6.5 ÷ 60 = 0.108 µm प्रति पिक्सेल, यानी 9.2 पिक्सेल प्रति µm। इसकी तुलना अपने ऑब्जेक्टिव के Nyquist पिक्सेल आकार से करें, ताकि पता चले कि कैमरा ऑप्टिक्स को ठीक से सैंपल करता है या नहीं।
स्टेज माइक्रोमीटर से कैलिब्रेट करना
यह सूत्र मानता है कि नाममात्र मैग्निफ़िकेशन बिल्कुल सटीक हैं; आम तौर पर वे कुछ प्रतिशत के भीतर होते हैं। जिन मापों को आप प्रकाशित करेंगे, उनके लिए हर ऑब्जेक्टिव को एक बार कैलिब्रेट करें: एक स्टेज माइक्रोमीटर (रेखांकित स्केल वाली स्लाइड, अक्सर 1 mm जो 10 µm के 100 भागों में बँटा होता है) की इमेज लें, जितने भाग समा सकें उनके साथ-साथ एक रेखा खींचें, और वास्तविक लंबाई को रेखा की पिक्सेल में लंबाई से भाग दें।
हल किया गया उदाहरण: माइक्रोमीटर के 100 µm, 400 पिक्सेल में फैले हैं: 100 ÷ 400 = 0.25 µm प्रति पिक्सेल। Fiji में Analyze › Set Scale यही करता है; SlideScope में, जब फ़ाइल में पिक्सेल आकार न हो, तो View › Set Pixel Size… उसे उस इमेज के लिए सेव करता है।
होल-स्लाइड इमेज में माइक्रॉन प्रति पिक्सेल (MPP)
स्लाइड स्कैनर बेस लेवल का पिक्सेल आकार फ़ाइल में दर्ज करते हैं (Aperio SVS "MPP" लिखता है, दूसरे फ़ॉर्मैट इसके समकक्ष टैग)। परंपरा के अनुसार 40× स्कैन लगभग 0.25 µm प्रति पिक्सेल और 20× स्कैन लगभग 0.5 µm प्रति पिक्सेल होता है; सटीक मान स्कैनर पर निर्भर करता है (OpenSlide की CMU-1 टेस्ट स्लाइड, जो 20× पर Aperio स्कैन है, 0.499 µm/px दर्ज करती है)। पिरामिड का हर लेवल MPP को अपने डाउनसैंपल से गुणा करता है, इसलिए 40× स्लाइड का लेवल 2, जिसका डाउनसैंपल 16 है, 4 µm प्रति पिक्सेल होता है, जो लगभग 2.5× के बराबर है।
इसे Python में openslide.OpenSlide(path).properties["openslide.mpp-x"] से पढ़ें (देखें Python में SVS फ़ाइलें पढ़ना)। SlideScope सहित डेस्कटॉप व्यूअर इसे अपने-आप पढ़ते हैं और इसी से स्केल बार बनाते हैं।
प्रश्न
माइक्रॉन प्रति पिक्सेल की गणना कैसे करें?
कैमरा पिक्सेल आकार को नमूने और कैमरे के बीच के कुल मैग्निफ़िकेशन (ऑब्जेक्टिव × कैमरा एडैप्टर) से भाग दें, और बिनिंग से गुणा करें। या स्टेज माइक्रोमीटर की इमेज लें और किसी ज्ञात लंबाई को उसकी पिक्सेल में लंबाई से भाग दें।
पैथोलॉजी में MPP क्या है?
माइक्रॉन प्रति पिक्सेल: होल-स्लाइड इमेज में नमूने पर एक पिक्सेल की चौड़ाई। परंपरा के अनुसार लगभग 0.25 µm/px को 40× और 0.5 µm/px को 20× कहा जाता है।
मेरी इमेज गलत स्केल बार क्यों दिखाती है?
फ़ाइल में पिक्सेल आकार नहीं है या गलत है (कुछ TIFF एक्सपोर्ट 1 पिक्सेल प्रति इंच स्टोर करते हैं)। कैलिब्रेशन से पिक्सेल आकार सेट करें; Fiji में Analyze › Set Scale का उपयोग करें, SlideScope में View › Set Pixel Size…।
क्या आइपीस से पिक्सेल आकार बदलता है?
नहीं। कैमरा ऑब्जेक्टिव (और एडैप्टर) से बनी इमेज देखता है, आइपीस के ज़रिए नहीं।
क्या यह कैलकुलेटर मुफ़्त है?
हाँ। यह आपके ब्राउज़र में चलता है और कहीं कुछ नहीं भेजता। SlideScope, उसी टीम का बनाया डेस्कटॉप माइक्रोस्कोपी ऐप, एक पेड ऐप है जिसके साथ मुफ़्त सैंपल लाइब्रेरी (हर टूल के साथ) मिलती है और आपकी अपनी इमेज के लिए सदस्यता लेनी होती है।
स्रोत
परिणाम सैद्धांतिक या अंकगणितीय हैं; क्लिनिकल या विनियमित काम में इन पर भरोसा करने से पहले इन्हें अपने उपकरण के दस्तावेज़ों से मिलाकर जाँच लें।
अपनी असली इमेज पर मापें
SlideScope 34 माइक्रोस्कोप और स्लाइड-स्कैनर फ़ॉर्मैट खोलता है, जिनमें CZI, ND2, SVS और LIF शामिल हैं, और उनके अपने कैलिब्रेशन के साथ, इसलिए लंबाई, क्षेत्रफल, कोशिका गणना और स्केल बार बिना कुछ सेट किए µm में मिलते हैं। हर टूल बिल्ट-इन सैंपल पर मुफ़्त में आज़माएँ; अपनी इमेज खोलने के लिए सदस्यता ज़रूरी है। पहले ही तय कर चुके हैं? अभी सब्सक्राइब करें।